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- PDB-7ati: Crystal structure of dimeric chlorite dismutase variant Q74V (CCl... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ati | ||||||
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Title | Crystal structure of dimeric chlorite dismutase variant Q74V (CCld Q74V) from Cyanothece sp. PCC7425 | ||||||
![]() | Chlorite dismutase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / chlorite dismutase / heme enzyme | ||||||
Function / homology | Heme-dependent peroxidase ChdC/CLD / Chlorite dismutase / Dimeric alpha-beta barrel / oxidoreductase activity / heme binding / metal ion binding / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chlorite dismutase![]() | ||||||
Biological species | Cyanothece sp. | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schmidt, D. / Mlynek, G. / Djinovic-Carugo, K. / Obinger, C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Arresting the Catalytic Arginine in Chlorite Dismutases: Impact on Heme Coordination, Thermal Stability, and Catalysis. Authors: Schmidt, D. / Serra, I. / Mlynek, G. / Pfanzagl, V. / Hofbauer, S. / Furtmuller, P.G. / Djinovic-Carugo, K. / Van Doorslaer, S. / Obinger, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 203.4 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 23.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 33.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7asbC ![]() 5mauS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 21801.883 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: Q74V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: Cyan7425_1434 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 / Details: 0.1 M TRIS, pH 8.5, 0.2 M MgCl2, 20 w/v % PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 27, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976252 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.51→36.34 Å / Num. obs: 68450 / % possible obs: 98.28 % / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 25.32 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.09327 / Rrim(I) all: 0.1012 / Net I/σ(I): 11.45 |
Reflection shell | Resolution: 1.51→1.564 Å / Num. unique obs: 6796 / CC1/2: 0.169 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5MAU Resolution: 1.51→36.34 Å / SU ML: 0.2438 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.654 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.82 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.51→36.34 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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