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- PDB-7ot8: DeNovoTIM6-SB, a de novo designed TIM barrel with a salt-bridge c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ot8
タイトルDeNovoTIM6-SB, a de novo designed TIM barrel with a salt-bridge cluster (crystal form 2)
要素DeNovoTIM6-SB
キーワードDE NOVO PROTEIN / TIM barrel / salt bridge cluster
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Kordes, S. / Romero-Romero, S. / Hocker, B.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)HO4022/2-3 ドイツ
European Research Council (ERC)ERC Consolidator grant 647548 Protein Lego ドイツ
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: A newly introduced salt bridge cluster improves structural and biophysical properties of de novo TIM barrels.
著者: Kordes, S. / Romero-Romero, S. / Lutz, L. / Hocker, B.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V.
履歴
登録2021年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DeNovoTIM6-SB
B: DeNovoTIM6-SB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5324
ポリマ－45,3392
非ポリマー1922
水88349
1
A: DeNovoTIM6-SB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6701
ポリマ－22,6701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DeNovoTIM6-SB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8623
ポリマ－22,6701
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.862, 74.899, 155.151
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 DeNovoTIM6-SB


分子量: 22669.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: M (N-terminal) and GLEHHHHHH (C-terminal) come from the expresion vector.
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET21b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.3
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.2 M sodium acetate pH 4.3, 31% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→42.56 Å / Num. obs: 22258 / % possible obs: 98.38 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 47.03 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1409 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.1471 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.22→2.31 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 1.18 / Mean I/σ(I) obs: 0.95 / Num. unique obs: 2081 / CC1/2: 0.464 / CC star: 0.796 / Rpim(I) all: 0.606 / Rrim(I) all: 2.26 / % possible all: 94.97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5bvl

5bvl


解像度: 2.22→42.56 Å / SU ML: 0.4223 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.1931
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3233 1066 4.8 %
Rwork0.2708 21131 -
obs0.2734 22197 98.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→42.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2537 0 10 49 2596
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00212584
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.40123526
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0416422
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022444
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.4116364
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.22-2.320.42181190.36182511X-RAY DIFFRACTION95.78
2.32-2.450.34921140.34212591X-RAY DIFFRACTION98.69
2.45-2.60.39911350.33632620X-RAY DIFFRACTION98.71
2.6-2.80.49021290.36582624X-RAY DIFFRACTION98.71
2.8-3.080.3371410.31462621X-RAY DIFFRACTION98.61
3.08-3.530.32271280.28822665X-RAY DIFFRACTION99.18
3.53-4.440.29071460.22182667X-RAY DIFFRACTION98.43
4.44-42.560.28991540.23542832X-RAY DIFFRACTION99.04
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.4203584119 Å / Origin y: -19.0455689419 Å / Origin z: -1.71533611234 Å
111213212223313233
T0.351505175709 Å20.00243251089081 Å20.0911052127641 Å2-0.32146489169 Å20.00510279552473 Å2--0.446586942038 Å2
L0.793269421363 °20.0431406786836 °21.18568101028 °2-1.21924200963 °2-0.0488803198815 °2--2.6041980894 °2
S-0.0252295129977 Å °0.0222037513954 Å °-0.0762723952807 Å °0.0736185716494 Å °0.000653011392092 Å °-0.0245033352463 Å °0.149661993466 Å °0.0267771864201 Å °0.0182090413915 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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