PDB-7os3: Crystal structure of Rhizobium etli inducible L-asparaginase ReAV...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7os3

タイトル

Crystal structure of Rhizobium etli inducible L-asparaginase ReAV solved by S-SAD (orthorhombic form START)

要素

L-asparaginase II protein

キーワード

HYDROLASE / L-asparaginase / amidohydrolase / Rhizobium etli / S-SAD

機能・相同性

L-asparaginase II / L-asparaginase II / metal ion binding / L-asparaginase II protein

機能・相同性情報

生物種

Rhizobium etli (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.177 Å

データ登録者

Gilski, M. / Loch, J.I. / Imiolczyk, B. / Jaskolski, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of the elusive Rhizobium etli L-asparaginase reveal a peculiar active site.
著者: Loch, J.I. / Imiolczyk, B. / Sliwiak, J. / Wantuch, A. / Bejger, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M.

履歴

登録	2021年6月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7os3.cif.gz	253.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7os3.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7os3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/7os3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/7os3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7os5C 7os6C 7ou1C 7oz6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7os5-d 5yt3-2 7oz6-d 1hrn-d 3es8-5 2pzl-d 3es8-2 6ii2-3 4u49-d 7jv0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/74YTYQ / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.18150/74YTYQ

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: L-asparaginase II protein

BBB: L-asparaginase II protein

ヘテロ分子

79.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.150, 91.050, 105.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	L-asparaginase II protein 分子量: 39554.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Class 3 (R. etli) type L-asparaginase 由来: (組換発現) Rhizobium etli (strain CFN 42 / ATCC 51251) (根粒菌) 株: CFN 42 / ATCC 51251 / 遺伝子: ansA, RHE_PE00350 / プラスミド: pET151D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Magic / 参照: UniProt: Q2K0Z2
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.27 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 25% PEG3350, 0.2 M Li2SO4, 0.01% (w/v) heptane-1,2,3-triol, 0.1 M Tris pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 2.0664 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 2.0664 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.177→69.024 Å / Num. obs: 75182 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 17.8 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 21.74
反射シェル	解像度: 2.18→2.23 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.694 / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Num. unique obs: 4503 / CC_1/2: 0.85 / % possible all: 79.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
HKL2Map		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.177→69.024 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 12.244 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.189
詳細: Hydrogens were added at their riding positions. Bijvoet pairs were merged for refinement.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2238	1000	2.52 %
R_work	0.1677	38687	-
all	0.169	-	-
obs	-	39687	98.611 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.053 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.307 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.432 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.738 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.177→69.024 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5321	0	4	314	5639

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	5412
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.017	5123
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.443	1.637	7315
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.318	1.582	11766
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.004	5	715
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.586	20.212	283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.661	15	877
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.47	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	706
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	6247
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	1237
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.213	0.2	5013
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	2685
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	2502
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	312
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.053	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.209	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.202	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.246	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.716	2.896	2869
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.712	2.895	2867
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.828	4.337	3581
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.825	4.337	3581
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.27	3.356	2543
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.269	3.356	2544
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.304	4.846	3734
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.304	4.847	3735
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.391	36.197	6097
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.344	35.975	6045

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.177-2.234	0.336	60	0.289	2353	0.29	2936	0.738	0.766	82.1867	0.261
2.234-2.295	0.346	72	0.245	2775	0.247	2849	0.783	0.842	99.9298	0.222
2.295-2.362	0.204	70	0.207	2716	0.207	2791	0.873	0.884	99.8209	0.187
2.362-2.434	0.266	67	0.198	2601	0.2	2688	0.873	0.91	99.256	0.173
2.434-2.514	0.264	67	0.188	2564	0.19	2632	0.881	0.916	99.962	0.168
2.514-2.602	0.271	64	0.177	2483	0.179	2547	0.902	0.927	100	0.157
2.602-2.7	0.209	62	0.161	2392	0.163	2454	0.929	0.943	100	0.142
2.7-2.81	0.221	59	0.162	2309	0.163	2369	0.931	0.949	99.9578	0.144
2.81-2.935	0.221	57	0.152	2203	0.154	2260	0.94	0.957	100	0.137
2.935-3.078	0.231	55	0.165	2126	0.167	2181	0.93	0.946	100	0.148
3.078-3.244	0.245	53	0.163	2030	0.165	2083	0.928	0.951	100	0.153
3.244-3.44	0.2	49	0.153	1902	0.155	1956	0.951	0.963	99.7444	0.147
3.44-3.677	0.156	47	0.143	1817	0.144	1864	0.968	0.969	100	0.141
3.677-3.971	0.203	44	0.135	1694	0.137	1738	0.958	0.973	100	0.138
3.971-4.348	0.214	40	0.138	1565	0.139	1605	0.959	0.973	100	0.146
4.348-4.859	0.22	37	0.143	1423	0.145	1462	0.962	0.97	99.8632	0.162
4.859-5.606	0.188	33	0.172	1262	0.172	1295	0.98	0.965	100	0.186
5.606-6.855	0.217	27	0.191	1079	0.192	1106	0.941	0.96	100	0.208
6.855-9.647	0.219	23	0.155	868	0.157	891	0.951	0.973	100	0.181
9.647-69.024	0.254	14	0.204	525	0.205	539	0.949	0.962	100	0.245

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1875	-0.1978	0.0102	0.5437	-0.015	0.0848	0.0347	-0.0172	-0.0191	-0.025	-0.0326	0.0163	-0.0064	-0.0231	-0.0022	0.055	0.0172	0.0002	0.0654	-0.0016	0.0031	42.0096	55.0906	22.4594
2	0.1759	-0.1391	-0.0701	0.3051	0.0226	0.1638	0.0223	-0.0275	0.0291	-0.0411	-0.0365	-0.0264	0.0303	0.043	0.0142	0.0501	0.0167	0.0088	0.0659	0.0086	0.0116	75.7366	38.8085	21.0849

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	-3 - 367
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	4 - 352

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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