PDB-7ory: Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7A alginate lyase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ory

タイトル

Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7A alginate lyase in complex with penta-mannuronic acid products

要素

Alginate lyase (PL7)

キーワード

LYASE / complex / beta jelly roll / mutant / alginate lyase

機能・相同性

Alginate lyase 2 / Alginate lyase / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / lyase activity / Alginate lyase (PL7)

機能・相同性情報

生物種

Paradendryphiella salina (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.46 Å

データ登録者

Fredslund, F. / Welner, D.H. / Wilkens, C.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7A alginate lyase in complex with penta-mannuronic acid products
著者: Fredslund, F. / Welner, D.H. / Wilkens, C.

履歴

登録	2021年6月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ory.cif.gz	179 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ory.ent.gz	119.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ory.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/7ory ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/7ory	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nczS 6ywf 7nl3 7nm6 7npp 7ny3 7o6h 7oof S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alginate lyase (PL7)

ヘテロ分子

26.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.800, 80.890, 81.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質

Alginate lyase (PL7)

分子量: 25468.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Paradendryphiella salina (菌類) / 遺伝子: PsAlg7A / 発現宿主:

Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A485PVH1

#2: 多糖

4-deoxy-alpha-L-erythro-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 528.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

#3: 多糖

beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 546.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpAb1-4DManpAb1-4DManpAb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a1122A-1b_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-ManpA]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 20% PEG 1500 and 0.1 M TBG buffer pH 4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.953798 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.46→40.45 Å / Num. obs: 40748 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.19 % / B_iso Wilson estimate: 24.77 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 20.17
反射シェル	解像度: 1.46→1.54 Å / Num. unique obs: 6313 / CC_1/2: 0.58

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER	1.19.2_4158	位相決定
PHENIX	1.19.2_4158	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7NCZ

7ncz

解像度: 1.46→40.45 Å / SU ML: 0.207 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.4337
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1986	2037	5 %
R_work	0.1767	38686	-
obs	0.1779	40723	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.46→40.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1742	0	73	191	2006

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0084	1904
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3778	2609
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1201	327
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0073	331
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.7422	641

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.46-1.49	0.4438	125	0.4312	2357	X-RAY DIFFRACTION	92.44
1.49-1.53	0.3744	133	0.3523	2557	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.53-1.57	0.3236	134	0.3076	2532	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.57-1.62	0.2912	135	0.2627	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
1.62-1.67	0.2875	135	0.2541	2579	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.67-1.73	0.3012	135	0.2489	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.8	0.2641	135	0.2209	2548	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.8-1.88	0.2269	135	0.1904	2563	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.88-1.98	0.1769	135	0.1777	2579	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.98-2.1	0.2005	136	0.1743	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.26	0.2022	137	0.1658	2598	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.26-2.49	0.2034	138	0.1673	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.49-2.85	0.2104	137	0.1714	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-3.59	0.1739	139	0.1669	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.59-40.45	0.1674	148	0.1514	2794	X-RAY DIFFRACTION	99.93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.12273607669	-0.770033761811	0.954062237935	3.09605346027	-1.7945493877	4.820300125	-0.077437925166	0.0297066440206	0.0432296814467	-0.272742073977	0.10061586866	-0.271235829978	0.286921387078	0.278959717101	-0.0345431158038	0.255991214695	0.0246306199819	0.0149021665503	0.169748240433	-0.0526298212118	0.174129165572	4.4460252337	12.7527148113	5.14217123689
2	1.49434043795	0.532744989548	0.707450767948	2.8814032094	0.720603342347	2.85870665308	0.018519068856	-0.194346210722	0.0435674504901	0.226285773636	-0.00438839393791	-0.0751220669917	0.0074552735881	-0.11717614947	0.00476814957089	0.195267301607	0.00367442893927	-0.0261086735136	0.210048270392	-0.0067758717604	0.190165498458	1.72557739415	22.4645138713	21.0984531118
3	4.75445838024	0.83803285219	0.579710255544	3.03091990159	1.34543346806	3.38324121333	-0.0313750061848	0.00658615780614	0.189564456889	0.241824593936	0.0540512325161	-0.308162055476	-0.325826412634	0.238698860226	-0.0392327605151	0.351900466566	-0.0373338567872	-0.0603970807761	0.189106182101	-0.00776842180002	0.243842149439	2.40675687433	20.5597776778	16.7401539501

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 0 through 63 )	0 - 63	2 - 43
2	2	chain 'A' and (resid 64 through 232 )	64 - 232	44 - 212
3	3	chain 'A' and (resid 233 through 248 )	233 - 247	213 - 227

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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