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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ork | ||||||
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タイトル | La Crosse virus polymerase in transcription mode with cleaved capped RNA entering the polymerase active site | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / RNA-dependent RNA polymerase | ||||||
機能・相同性 | ![]() host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding ...host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
![]() | Arragain, B. / Durieux Trouilleton, Q. / Baudin, F. / Cusack, S. / Schoehn, G. / Malet, H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural snapshots of La Crosse virus polymerase reveal the mechanisms underlying Peribunyaviridae replication and transcription. 著者: Benoît Arragain / Quentin Durieux Trouilleton / Florence Baudin / Jan Provaznik / Nayara Azevedo / Stephen Cusack / Guy Schoehn / Hélène Malet / ![]() ![]() 要旨: Segmented negative-strand RNA bunyaviruses encode a multi-functional polymerase that performs genome replication and transcription. Here, we establish conditions for in vitro activity of La Crosse ...Segmented negative-strand RNA bunyaviruses encode a multi-functional polymerase that performs genome replication and transcription. Here, we establish conditions for in vitro activity of La Crosse virus polymerase and visualize its conformational dynamics by cryo-electron microscopy, unveiling the precise molecular mechanics underlying its essential activities. We find that replication initiation is coupled to distal duplex promoter formation, endonuclease movement, prime-and-realign loop extension and closure of the polymerase core that direct the template towards the active site. Transcription initiation depends on C-terminal region closure and endonuclease movements that prompt primer cleavage prior to primer entry in the active site. Product realignment after priming, observed in replication and transcription, is triggered by the prime-and-realign loop. Switch to elongation results in polymerase reorganization and core region opening to facilitate template-product duplex formation in the active site cavity. The uncovered detailed mechanics should be helpful for the future design of antivirals counteracting bunyaviral life threatening pathogens. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 430.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 337.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 869.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 885.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 66 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 102.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 13040MC ![]() 7oriC ![]() 7orjC ![]() 7orlC ![]() 7ormC ![]() 7ornC ![]() 7oroC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 2.2 TB Data #1: Unaligned multiframe micrographs of LACV-L incubated with capped RNA 14-mer, 3' vRNA 1-25, 5' 1-17BPm, UTP, ATP, MgCl2 [micrographs - multiframe]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 264751.062 Da / 分子数: 1 / 変異: H34K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: A5HC98, RNA-directed RNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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-RNA鎖 , 3種, 3分子 HTP
#2: RNA鎖 | 分子量: 5466.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: 5prime vRNA extremity of La Crosse virus M segment. Nucleotides G2, U3, A9 and C10 mutated into C2, G3, C9 and G10 由来: (合成) ![]() |
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#3: RNA鎖 | 分子量: 7882.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
#4: RNA鎖 | 分子量: 4935.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
-非ポリマー , 4種, 52分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-ZN / | #7: 化合物 | ChemComp-ATP / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: La Crosse virus polymerase in transcription mode with cleaved capped RNA entering the polymerase active site タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.284 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 詳細: 50 mM TRIS-HCl pH 8, 150 mM NaCl, 5 mM BME, 100 uM ATP/UTP and 5mM MgCl2. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.35 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: 1.3 uM LACV-L FLCI-Strep were sequentially incubated for 1h at 4 degree with (i) 1.9 uM 5prime 1-17 BPm and 3.9 uM commercial 14-mer capped primer, (ii) 1.9 uM 3prime vRNA 1-25. LACV-L FLCI- ...詳細: 1.3 uM LACV-L FLCI-Strep were sequentially incubated for 1h at 4 degree with (i) 1.9 uM 5prime 1-17 BPm and 3.9 uM commercial 14-mer capped primer, (ii) 1.9 uM 3prime vRNA 1-25. LACV-L FLCI-Strep bound to vRNAs and capped primer was incubated with 100 uM ATP/UTP and 2mM MgCl2 for 1h at 30 degree. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 25mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: blot force 1 2 sec |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 倍率(補正後): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 18000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Calibrated defocus min: 800 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 18000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 70 K / 最低温度: 70 K |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 15573 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4615689 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 76579 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 60.74 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6Z6G PDB chain-ID: A / Accession code: 6Z6G / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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