PDB-7or6: The crystal structure of the domain-swapped dimer of onconase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7or6

タイトル

The crystal structure of the domain-swapped dimer of onconase

要素

Protein P-30

キーワード

HYDROLASE / Ribonuclease / Onconase / Onconase dimer / 3D domain swapping / antitumor activity

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA nuclease activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

Lithobates pipiens (カエル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Merlino, A. / Loreto, D.

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2021
タイトル: The crystal structure of the domain-swapped dimer of onconase highlights some catalytic and antitumor activity features of the enzyme.
著者: Gotte, G. / Campagnari, R. / Loreto, D. / Bettin, I. / Calzetti, F. / Menegazzi, M. / Merlino, A.

履歴

登録	2021年6月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7or6.cif.gz	60.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7or6.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7or6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7or6_validation.pdf.gz	432.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7or6_full_validation.pdf.gz	434.8 KB	表示
XML形式データ	7or6_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	7or6_validation.cif.gz	14.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/7or6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/7or6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ordC 1oncS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ord-d 2qkl-d 4u05-d 6cqo-2 3d7q-1 4u7s-d 3mhe-d 3p42-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (7) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (7)

登録構造単位

AAA: Protein P-30

BBB: Protein P-30

23.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	28.290, 60.050, 101.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protein P-30 / Onconase 分子量: 11973.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lithobates pipiens (カエル) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P22069, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	溶媒含有率: 31.86 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350 0.2 M sodium citrate tribasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.12→51.72 Å / Num. obs: 10440 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.2 % / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.273 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 2.12→2.15 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 10440 / CC_1/2: 0.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ONC

1onc

解像度: 2.12→51.719 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 6.327 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.384 / ESU R Free: 0.237 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2432	499	5.154 %
R_work	0.1855	9182	-
all	0.188	-	-
obs	-	9681	92.863 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.241 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.111 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.162 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.051 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.12→51.719 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1652	0	0	92	1744

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	1743
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1578
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.564	1.654	2369
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.278	1.582	3703
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.978	5	216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.901	23.125	80
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.536	15	315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	26.743	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1930
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	348
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	348
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	1487
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	810
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	861
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.154	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.173	0.2	108
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.82	2.392	855
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.791	2.387	854
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.015	3.575	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.023	3.579	1075
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.515	2.676	888
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.511	2.673	887
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.967	3.889	1295
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.966	3.888	1295
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.955	28.043	1902
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.905	27.901	1887

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.12-2.175	0.303	24	0.241	510	X-RAY DIFFRACTION	68.8144
2.175-2.234	0.293	28	0.237	486	X-RAY DIFFRACTION	72.8045
2.234-2.299	0.199	40	0.197	530	X-RAY DIFFRACTION	79.0569
2.299-2.37	0.265	29	0.2	569	X-RAY DIFFRACTION	85.9195
2.37-2.447	0.28	36	0.215	568	X-RAY DIFFRACTION	92.4962
2.447-2.533	0.311	25	0.216	641	X-RAY DIFFRACTION	99.5516
2.533-2.628	0.246	28	0.23	596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.628-2.735	0.226	32	0.212	573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.735-2.857	0.303	32	0.201	572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.857-2.996	0.213	31	0.159	510	X-RAY DIFFRACTION	100
2.996-3.157	0.17	27	0.152	530	X-RAY DIFFRACTION	100
3.157-3.348	0.201	27	0.143	468	X-RAY DIFFRACTION	100
3.348-3.578	0.27	26	0.155	463	X-RAY DIFFRACTION	99.7959
3.578-3.863	0.249	23	0.16	417	X-RAY DIFFRACTION	100
3.863-4.229	0.19	23	0.158	398	X-RAY DIFFRACTION	99.763
4.229-4.725	0.208	15	0.156	382	X-RAY DIFFRACTION	99.7487
4.725-5.448	0.288	19	0.175	316	X-RAY DIFFRACTION	100
5.448-6.654	0.306	15	0.238	281	X-RAY DIFFRACTION	100
6.654-9.333	0.291	13	0.2	230	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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