PDB-7ord: The crystal structure of the domain-swapped dimer of onconase (2)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ord

タイトル

The crystal structure of the domain-swapped dimer of onconase (2)

要素

Protein P-30

キーワード

HYDROLASE / Ribonuclease / Onconase / Onconase dimer / 3D domain swapping / antitumor activity

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA nuclease activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

Lithobates pipiens (カエル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.14 Å

データ登録者

Merlino, A. / Loreto, D.

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2021
タイトル: The crystal structure of the domain-swapped dimer of onconase highlights some catalytic and antitumor activity features of the enzyme.
著者: Gotte, G. / Campagnari, R. / Loreto, D. / Bettin, I. / Calzetti, F. / Menegazzi, M. / Merlino, A.

履歴

登録	2021年6月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ord.cif.gz	60.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ord.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ord.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ord_validation.pdf.gz	457.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ord_full_validation.pdf.gz	460.3 KB	表示
XML形式データ	7ord_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	7ord_validation.cif.gz	15 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/7ord ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/7ord	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7or6C 1oncS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7or6-d 4u7s-d 3u4h-1 3myf-1 4tyu-d 6z31-d 2hth-d 5ym7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (7) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (7)

登録構造単位

AAA: Protein P-30

BBB: Protein P-30

ヘテロ分子

24.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.750, 28.540, 61.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.240, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Protein P-30 / Onconase 分子量: 11973.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lithobates pipiens (カエル) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P22069, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.7 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 25% PEG 3350 0.2 M Ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→58.59 Å / Num. obs: 11313 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 5.9 % / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 2.14→2.18 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 11313 / CC_1/2: 0.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ONC

1onc

解像度: 2.14→58.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 7.645 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.345 / ESU R Free: 0.245 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2668	526	4.81 %
R_work	0.2118	10410	-
all	0.214	-	-
obs	-	10936	94.081 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.169 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.428 Å²	-0 Å²	0.077 Å²
2-	-	-0.043 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.455 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.14→58.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1652	0	9	97	1758

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1726
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1555
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.636	1.654	2343
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.235	1.582	3647
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.353	5	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.359	23.165	79
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.051	15	309
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.241	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	237
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1900
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	342
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	353
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	801
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	841
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.224	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.051	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.244	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.248	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.474	2.907	846
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.475	2.904	845
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.996	4.343	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.994	4.346	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.248	3.252	880
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.231	3.226	875
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.132	4.745	1285
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.128	4.709	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.414	35.131	1880
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.305	35.068	1872

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.14-2.196	0.424	16	0.279	516	X-RAY DIFFRACTION	60.9393
2.196-2.256	0.318	29	0.276	629	X-RAY DIFFRACTION	80.9348
2.256-2.321	0.327	31	0.27	674	X-RAY DIFFRACTION	88.7909
2.321-2.392	0.306	38	0.26	696	X-RAY DIFFRACTION	94.2234
2.392-2.471	0.323	39	0.261	704	X-RAY DIFFRACTION	98.5411
2.471-2.557	0.275	43	0.244	700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.557-2.653	0.252	34	0.247	651	X-RAY DIFFRACTION	99.8542
2.653-2.762	0.27	32	0.235	649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.762-2.884	0.368	32	0.243	636	X-RAY DIFFRACTION	99.7015
2.884-3.025	0.256	44	0.235	576	X-RAY DIFFRACTION	99.839
3.025-3.188	0.28	30	0.221	575	X-RAY DIFFRACTION	99.6705
3.188-3.381	0.275	24	0.191	530	X-RAY DIFFRACTION	100
3.381-3.613	0.277	24	0.188	521	X-RAY DIFFRACTION	98.3755
3.613-3.902	0.252	31	0.176	458	X-RAY DIFFRACTION	99.1886
4.272-4.774	0.237	19	0.151	416	X-RAY DIFFRACTION	99.5423
6.73-9.461	0.299	18	0.186	241	X-RAY DIFFRACTION	98.855

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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