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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oqh | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of the transcription termination factor Rho from Mycobacterium tuberculosis | |||||||||
要素 | Transcription termination factor Rho | |||||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / transcription termination factor / RNA helicase / ATP-dependent / molecular motor | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATP-dependent activity, acting on RNA / helicase activity / DNA-templated transcription termination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / hydrolase activity / RNA binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å | |||||||||
データ登録者 | Saridakis, E. / Vishwakarma, R. / Lai Kee Him, J. / Martin, K. / Simon, I. / Cohen-Gonsaud, M. / Coste, F. / Bron, P. / Margeat, E. / Boudvillain, M. | |||||||||
資金援助 | フランス, 2件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structure of transcription termination factor Rho from Mycobacterium tuberculosis reveals bicyclomycin resistance mechanism. 著者: Emmanuel Saridakis / Rishi Vishwakarma / Josephine Lai-Kee-Him / Kevin Martin / Isabelle Simon / Martin Cohen-Gonsaud / Franck Coste / Patrick Bron / Emmanuel Margeat / Marc Boudvillain / 要旨: The bacterial Rho factor is a ring-shaped motor triggering genome-wide transcription termination and R-loop dissociation. Rho is essential in many species, including in Mycobacterium tuberculosis ...The bacterial Rho factor is a ring-shaped motor triggering genome-wide transcription termination and R-loop dissociation. Rho is essential in many species, including in Mycobacterium tuberculosis where rho gene inactivation leads to rapid death. Yet, the M. tuberculosis Rho [Rho] factor displays poor NTPase and helicase activities, and resistance to the natural Rho inhibitor bicyclomycin [BCM] that remain unexplained. To address these issues, we solved the cryo-EM structure of Rho at 3.3 Å resolution. The Rho hexamer is poised into a pre-catalytic, open-ring state wherein specific contacts stabilize ATP in intersubunit ATPase pockets, thereby explaining the cofactor preference of Rho. We reveal a leucine-to-methionine substitution that creates a steric bulk in BCM binding cavities near the positions of ATP γ-phosphates, and confers resistance to BCM at the expense of motor efficiency. Our work contributes to explain the unusual features of Rho and provides a framework for future antibiotic development. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7oqh.cif.gz | 398.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7oqh.ent.gz | 308.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7oqh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/7oqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/7oqh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 67362.703 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A045J3H4, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 #2: 化合物 | ChemComp-ATP / #3: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Transcription termination factor Rho from Mycrobacterium Tuberculosis タイプ: COMPLEX 詳細: The cryo-EM sample was prepared by mixing M tuberculosis Rho (0.6mg mL-1, as per nano-drop, A280) with 10uM dC20 oligonucleotide and 1mM ATP in a buffer (10mM Tris-HCl 150mM 5mM MgCl2 pH 7.6) ...詳細: The cryo-EM sample was prepared by mixing M tuberculosis Rho (0.6mg mL-1, as per nano-drop, A280) with 10uM dC20 oligonucleotide and 1mM ATP in a buffer (10mM Tris-HCl 150mM 5mM MgCl2 pH 7.6) by incubating 10min at 22 oC Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 / 細胞: Rosetta-DE3 / プラスミド: pET28b | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.9 | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. グリッドのタイプ: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: NITROGEN / 湿度: 22 % / 凍結前の試料温度: 295.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 165000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 10888 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2217252 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 986385 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 1PV4 Accession code: 1PV4 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.54 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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