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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7opy | ||||||
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タイトル | Camel GSTM1-1 in complex with S-(p-nitrobenzyl)glutathione | ||||||
![]() | Glutathione transferase![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Papageorgiou, A.C. / Poudel, N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and Functional Characterization of Camelus dromedarius Glutathione Transferase M1-1. 著者: Perperopoulou, F. / Poudel, N. / Papageorgiou, A.C. / Ataya, F.S. / Labrou, N.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 462.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 319.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 25803.877 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: Cadr_000010866 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: G9B5E4, ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GTB / #3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 化合物 | ChemComp-FMT / | ![]() #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.25 % / 解説: Rod-like crystals |
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結晶化![]() | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: Tris-HCl 100 mM, PEG 4000 24% (w/v), sodium formate 0.2 M, 2.5 mM GTB |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月9日 / 詳細: KB mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.05→88.7 Å / Num. obs: 55058 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 34.91 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rpim(I) all: 0.106 / Rrim(I) all: 0.175 / Net I/σ(I): 5 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.11 Å / 冗長度: 2.8 % / Num. unique obs: 4146 / CC1/2: 0.305 / % possible all: 90.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 1GTU 解像度: 2.05→88.69 Å / SU ML: 0.2955 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.3502 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.61 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→88.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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