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万見
- PDB-7opb: IL7R in complex with an antagonist -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7opb
タイトルIL7R in complex with an antagonist
要素
  • IL7R binder
  • Interleukin-7 receptor subunit alpha
キーワードPROTEIN BINDING / protein binder / IL7R / antagonist
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-7 receptor activity / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / regulation of DNA recombination / positive regulation of T cell differentiation in thymus / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / interleukin-7-mediated signaling pathway / negative regulation of T cell apoptotic process / cellular homeostasis / cytokine receptor activity / regulation of cell size ...interleukin-7 receptor activity / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / regulation of DNA recombination / positive regulation of T cell differentiation in thymus / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / interleukin-7-mediated signaling pathway / negative regulation of T cell apoptotic process / cellular homeostasis / cytokine receptor activity / regulation of cell size / T cell homeostasis / hemopoiesis / B cell homeostasis / B cell proliferation / lymph node development / antigen binding / Interleukin-7 signaling / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / cytokine-mediated signaling pathway / T cell mediated cytotoxicity / cell morphogenesis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / T cell differentiation in thymus / gene expression / cell surface receptor signaling pathway / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / signal transduction / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
IL-7Ralpha, fibronectin type III domain / Fibronectin type III domain / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Fibronectin type III domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Interleukin-7 receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.144 Å
データ登録者Markovic, I. / Verschueren, K.H.G. / Verstraete, K. / Savvides, S.N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Design of protein-binding proteins from the target structure alone.
著者: Cao, L. / Coventry, B. / Goreshnik, I. / Huang, B. / Sheffler, W. / Park, J.S. / Jude, K.M. / Markovic, I. / Kadam, R.U. / Verschueren, K.H.G. / Verstraete, K. / Walsh, S.T.R. / Bennett, N. / ...著者: Cao, L. / Coventry, B. / Goreshnik, I. / Huang, B. / Sheffler, W. / Park, J.S. / Jude, K.M. / Markovic, I. / Kadam, R.U. / Verschueren, K.H.G. / Verstraete, K. / Walsh, S.T.R. / Bennett, N. / Phal, A. / Yang, A. / Kozodoy, L. / DeWitt, M. / Picton, L. / Miller, L. / Strauch, E.M. / DeBouver, N.D. / Pires, A. / Bera, A.K. / Halabiya, S. / Hammerson, B. / Yang, W. / Bernard, S. / Stewart, L. / Wilson, I.A. / Ruohola-Baker, H. / Schlessinger, J. / Lee, S. / Savvides, S.N. / Garcia, K.C. / Baker, D.
履歴
登録2021年5月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-7 receptor subunit alpha
B: Interleukin-7 receptor subunit alpha
C: Interleukin-7 receptor subunit alpha
D: IL7R binder
E: IL7R binder
F: IL7R binder
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,46612
ポリマ－87,9176
非ポリマー5496
水5,567309
1
A: Interleukin-7 receptor subunit alpha
D: IL7R binder
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5184
ポリマ－29,3062
非ポリマー2122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area13780 Å2
手法PISA
2
B: Interleukin-7 receptor subunit alpha
E: IL7R binder
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4744
ポリマ－29,3062
非ポリマー1682
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area13820 Å2
手法PISA
3
C: Interleukin-7 receptor subunit alpha
F: IL7R binder
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4744
ポリマ－29,3062
非ポリマー1682
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1900 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area13680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.182, 132.182, 58.877
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質 Interleukin-7 receptor subunit alpha / IL-7 receptor subunit alpha / IL-7R subunit alpha / IL-7R-alpha / IL-7RA / CDw127


分子量: 22862.211 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL7R / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P16871
#2: タンパク質 IL7R binder


分子量: 6443.422 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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非ポリマー , 4種, 315分子

#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.6 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0,1 M Phosphate/Citrate, 25% v/v PEG Smear Low Cryoprotected with 25% PEG-400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.144→43.96 Å / Num. obs: 62839 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.19 % / Biso Wilson estimate: 34.17 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.204 / Χ2: 1.02 / Net I/av σ(I): 6.92 / Net I/σ(I): 6.92
反射 シェル解像度: 2.144→2.27 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / Num. unique obs: 9978 / CC1/2: 0.442 / Rpim(I) all: 0.868 / Rrim(I) all: 1.94 / Χ2: 0.98 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DI2

3di2


解像度: 2.144→43.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU R Cruickshank DPI: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.171 / SU Rfree Blow DPI: 0.142 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.146
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2109 3093 -RANDOM
Rwork0.1938 ---
obs0.1946 62832 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 58.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.6303 Å20 Å20 Å2
2---4.6303 Å20 Å2
3---9.2606 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.144→43.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6169 0 36 309 6514
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0086367HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.978575HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2319SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1054HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6337HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion806SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4639SEMIHARMONIC0
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.49
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.61
LS精密化 シェル解像度: 2.144→2.16 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2104 62 -
Rwork0.2032 --
obs--83.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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