PDB-7op2: Chadox1/ Chimpanzee adenovirus Y25 fiber knob protein

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB / ID: 7op2
• タイトル: Chadox1/ Chimpanzee adenovirus Y25 fiber knob protein
• 要素: Fiber
• キーワード: VIRAL PROTEIN / Fiber knob / adenovirus / fiber protein / spike / fiber / chimpanzee adenovirus / simian adenovirus / ChAdOx1 / ChAd-Y25 / Y25 / Chimp Ad / ChAdV-Y25 / cell binding / CAR

機能・相同性

分子機能:

adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / metal ion binding

ドメイン・相同性:

Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain

構成要素:

Fiber

• 生物種: Chimpanzee adenovirus Y25 (ウイルス)
• 手法: X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
• データ登録者: Rizkallah, P.J. / Baker, A.T. / Parker, A.L. / Teijeira Crespo, A. / Lipka-Lloyd, M.

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: ChAdOx1 interacts with CAR and PF4 with implications for thrombosis with thrombocytopenia syndrome.
著者: Alexander T Baker / Ryan J Boyd / Daipayan Sarkar / Alicia Teijeira-Crespo / Chun Kit Chan / Emily Bates / Kasim Waraich / John Vant / Eric Wilson / Chloe D Truong / Magdalena Lipka-Lloyd / Petra Fromme / Josh Vermaas / Dewight Williams / LeeAnn Machiesky / Meike Heurich / Bolni M Nagalo / Lynda Coughlan / Scott Umlauf / Po-Lin Chiu / Pierre J Rizkallah / Taylor S Cohen / Alan L Parker / Abhishek Singharoy / Mitesh J Borad /
要旨: Vaccines derived from chimpanzee adenovirus Y25 (ChAdOx1), human adenovirus type 26 (HAdV-D26), and human adenovirus type 5 (HAdV-C5) are critical in combatting the severe acute respiratory coronavirus 2 (SARS-CoV-2) pandemic. As part of the largest vaccination campaign in history, ultrarare side effects not seen in phase 3 trials, including thrombosis with thrombocytopenia syndrome (TTS), a rare condition resembling heparin-induced thrombocytopenia (HIT), have been observed. This study demonstrates that all three adenoviruses deployed as vaccination vectors versus SARS-CoV-2 bind to platelet factor 4 (PF4), a protein implicated in the pathogenesis of HIT. We have determined the structure of the ChAdOx1 viral vector and used it in state-of-the-art computational simulations to demonstrate an electrostatic interaction mechanism with PF4, which was confirmed experimentally by surface plasmon resonance. These data confirm that PF4 is capable of forming stable complexes with clinically relevant adenoviruses, an important step in unraveling the mechanisms underlying TTS.

#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: The Structure of ChAdOx1/AZD-1222 Reveals Interactions with CAR and PF4 with Implications for Vaccine-induced Immune Thrombotic Thrombocytopenia
著者: Baker, A.T. / Boyd, R.J. / Sarkar, D. / Vant, J. / Crespo, A.T. / Truong, C.D. / Bates, E. / Wilson, E. / Chan, C.K. / Lipka-Lloyd, M. / Fromme, P. / Nagalo, M.B. / Heurich, M. / Williams, D. / Chiu, P.L. / Rizkallah, P.J. / Parker, A.L. / Singharoy, A. / Borad, M.J.

履歴

登録	2021年5月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月29日	Group: Database references / Refinement description カテゴリ: citation / citation_author / database_2 / pdbx_refine_tls_group Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.journal_id_ISSN / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

集合体

登録構造単位

A: Fiber

B: Fiber

C: Fiber

D: Fiber

E: Fiber

F: Fiber

G: Fiber

H: Fiber

I: Fiber

J: Fiber

K: Fiber

L: Fiber

ヘテロ分子

概要:

• 249 kDa, 12 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	248,521	37
ポリマ－	246,937	12
非ポリマー	1,584	25
水	21,726	1206

1

A: Fiber

B: Fiber

C: Fiber

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 根拠: homology
• 61.9 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	61,898	6
ポリマ－	61,734	3
非ポリマー	164	3
水	54	3

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	6570 Å2
ΔGint	-28 kcal/mol
Surface area	21710 Å2
手法	PISA

2

D: Fiber

E: Fiber

F: Fiber

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 62.2 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	62,245	10
ポリマ－	61,734	3
非ポリマー	511	7
水	54	3

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	7200 Å2
ΔGint	-19 kcal/mol
Surface area	22140 Å2
手法	PISA

3

G: Fiber

H: Fiber

I: Fiber

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 62.3 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	62,333	13
ポリマ－	61,734	3
非ポリマー	599	10
水	54	3

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	7440 Å2
ΔGint	-14 kcal/mol
Surface area	21830 Å2
手法	PISA

4

J: Fiber

K: Fiber

L: Fiber

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 62 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	62,045	8
ポリマ－	61,734	3
非ポリマー	310	5
水	54	3

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	6750 Å2
ΔGint	-23 kcal/mol
Surface area	21370 Å2
手法	PISA

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.427, 112.260, 98.605
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.610, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P1211

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	A
2	4	E
1	5	A
2	5	F
1	6	A
2	6	G
1	7	A
2	7	H
1	8	A
2	8	I
1	9	A
2	9	J
1	10	A
2	10	K
1	11	A
2	11	L
1	12	B
2	12	C
1	13	B
2	13	D
1	14	B
2	14	E
1	15	B
2	15	F
1	16	B
2	16	G
1	17	B
2	17	H
1	18	B
2	18	I
1	19	B
2	19	J
1	20	B
2	20	K
1	21	B
2	21	L
1	22	C
2	22	D
1	23	C
2	23	E
1	24	C
2	24	F
1	25	C
2	25	G
1	26	C
2	26	H
1	27	C
2	27	I
1	28	C
2	28	J
1	29	C
2	29	K
1	30	C
2	30	L
1	31	D
2	31	E
1	32	D
2	32	F
1	33	D
2	33	G
1	34	D
2	34	H
1	35	D
2	35	I
1	36	D
2	36	J
1	37	D
2	37	K
1	38	D
2	38	L
1	39	E
2	39	F
1	40	E
2	40	G
1	41	E
2	41	H
1	42	E
2	42	I
1	43	E
2	43	J
1	44	E
2	44	K
1	45	E
2	45	L
1	46	F
2	46	G
1	47	F
2	47	H
1	48	F
2	48	I
1	49	F
2	49	J
1	50	F
2	50	K
1	51	F
2	51	L
1	52	G
2	52	H
1	53	G
2	53	I
1	54	G
2	54	J
1	55	G
2	55	K
1	56	G
2	56	L
1	57	H
2	57	I
1	58	H
2	58	J
1	59	H
2	59	K
1	60	H
2	60	L
1	61	I
2	61	J
1	62	I
2	62	K
1	63	I
2	63	L
1	64	J
2	64	K
1	65	J
2	65	L
1	66	K
2	66	L

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 186 - 372 / Label seq-ID: 1 - 187

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	A	A
2	4	E	E
1	5	A	A
2	5	F	F
1	6	A	A
2	6	G	G
1	7	A	A
2	7	H	H
1	8	A	A
2	8	I	I
1	9	A	A
2	9	J	J
1	10	A	A
2	10	K	K
1	11	A	A
2	11	L	L
1	12	B	B
2	12	C	C
1	13	B	B
2	13	D	D
1	14	B	B
2	14	E	E
1	15	B	B
2	15	F	F
1	16	B	B
2	16	G	G
1	17	B	B
2	17	H	H
1	18	B	B
2	18	I	I
1	19	B	B
2	19	J	J
1	20	B	B
2	20	K	K
1	21	B	B
2	21	L	L
1	22	C	C
2	22	D	D
1	23	C	C
2	23	E	E
1	24	C	C
2	24	F	F
1	25	C	C
2	25	G	G
1	26	C	C
2	26	H	H
1	27	C	C
2	27	I	I
1	28	C	C
2	28	J	J
1	29	C	C
2	29	K	K
1	30	C	C
2	30	L	L
1	31	D	D
2	31	E	E
1	32	D	D
2	32	F	F
1	33	D	D
2	33	G	G
1	34	D	D
2	34	H	H
1	35	D	D
2	35	I	I
1	36	D	D
2	36	J	J
1	37	D	D
2	37	K	K
1	38	D	D
2	38	L	L
1	39	E	E
2	39	F	F
1	40	E	E
2	40	G	G
1	41	E	E
2	41	H	H
1	42	E	E
2	42	I	I
1	43	E	E
2	43	J	J
1	44	E	E
2	44	K	K
1	45	E	E
2	45	L	L
1	46	F	F
2	46	G	G
1	47	F	F
2	47	H	H
1	48	F	F
2	48	I	I
1	49	F	F
2	49	J	J
1	50	F	F
2	50	K	K
1	51	F	F
2	51	L	L
1	52	G	G
2	52	H	H
1	53	G	G
2	53	I	I
1	54	G	G
2	54	J	J
1	55	G	G
2	55	K	K
1	56	G	G
2	56	L	L
1	57	H	H
2	57	I	I
1	58	H	H
2	58	J	J
1	59	H	H
2	59	K	K
1	60	H	H
2	60	L	L
1	61	I	I
2	61	J	J
1	62	I	I
2	62	K	K
1	63	I	I
2	63	L	L
1	64	J	J
2	64	K	K
1	65	J	J
2	65	L	L
1	66	K	K
2	66	L	L

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
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26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66

要素

#1: タンパク質

A B C D E F G H I J K L
Fiber

詳細:

分子量: 20578.074 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chimpanzee adenovirus Y25 (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): sg13009 / 参照: UniProt: G9G864

#2: 化合物

A-401 D-401 D-402 G-401
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

詳細:

分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#3: 化合物

A-402 C-401 D-403 E-401 F-401 G-402 G-403 G-404 G-405 H-401 H-402 H-403 I-401 I-402 J-401 J-402 K-401 L-401 L-402
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

詳細:

分子量: 62.068 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#4: 化合物

D-404 D-405 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム

詳細:

分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM

#5: 水

ChemComp-HOH / water

詳細:

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

• 研究の焦点であるリガンドがあるか: N

実験情報

実験

• 実験: 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

試料調製

• 結晶: マシュー密度: 2.2 ų/Da / 溶媒含有率: 44.19 %
• 結晶化: 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 ; 詳細: 0.1 M CaCl2, 0.1 M MgCl2, 0.1 M PIPES pH7.0, 22.5 % v/v PEG Smear Medium and 0.2 M CaCl2, 0.1 M Tris pH8.0, 20 % w/v PEG 6000

データ収集

• 回折: 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
• 放射光源: 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97628 Å
• 検出器: タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月17日
• 放射: プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
• 放射波長: 波長: 0.97628 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.897
1	1	-h,-k,l	2	0.103

• 反射: 解像度: 1.59→74.04 Å / Num. obs: 286462 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.288 / R_pim(I) all: 0.084 / R_rim(I) all: 0.3 / Net I/σ(I): 5.7 / Num. measured all: 3635051

反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Rmerge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC1/2	Rpim(I) all	Rrim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.59-1.68	13.4	3.342	557114	41679	0.367	0.948	3.476	0.8	99.9
5.03-74.04	14.4	0.094	133411	9275	0.998	0.025	0.097	19.7	100

位相決定

• 位相決定: 手法: 分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.65 Å	74.04 Å
Translation	1.65 Å	74.04 Å

解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
PHASER	2.8.3	位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
DIALS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KNB

1knb

解像度: 1.59→74.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / WR_factor R_free: 0.2195 / WR_factor R_work: 0.198 / FOM work R set: 0.6293 / SU B: 8.813 / SU ML: 0.136 / SU R Cruickshank DPI: 0.1121 / SU R_free: 0.1039 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	Rfactor	反射数	%反射	Selection details
Rfree	0.2441	14210	5 %	RANDOM
Rwork	0.2238	-	-	-
obs	0.2248	271539	99.74 %	-

• 溶媒の処理: イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.19 Ų / B_iso mean: 24.827 Ų / B_iso min: 12.2 Ų

	Baniso -1	Baniso -2	Baniso -3
1-	0.66 Å2	-0 Å2	-0 Å2
2-	-	-1.41 Å2	0 Å2
3-	-	-	0.74 Å2

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.59→74.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17093	0	104	1206	18403
Biso mean	-	-	29.72	31.27	-
残基数	-	-	-	-	2216

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	18000
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	16522
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.498	1.656	24583
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.339	1.575	38180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.927	5	2297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.853	24.404	747
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.598	15	2900
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.69	15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	2535
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	20624
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	4106

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	5787	0.08
1	2	B	5787	0.08
2	1	A	5819	0.11
2	2	C	5819	0.11
3	1	A	6022	0.08
3	2	D	6022	0.08
4	1	A	5941	0.1
4	2	E	5941	0.1
5	1	A	5885	0.11
5	2	F	5885	0.11
6	1	A	6009	0.09
6	2	G	6009	0.09
7	1	A	5770	0.1
7	2	H	5770	0.1
8	1	A	5835	0.11
8	2	I	5835	0.11
9	1	A	6025	0.08
9	2	J	6025	0.08
10	1	A	5719	0.1
10	2	K	5719	0.1
11	1	A	5724	0.09
11	2	L	5724	0.09
12	1	B	5837	0.09
12	2	C	5837	0.09
13	1	B	5858	0.08
13	2	D	5858	0.08
14	1	B	5882	0.09
14	2	E	5882	0.09
15	1	B	5817	0.09
15	2	F	5817	0.09
16	1	B	5838	0.09
16	2	G	5838	0.09
17	1	B	5848	0.09
17	2	H	5848	0.09
18	1	B	5800	0.1
18	2	I	5800	0.1
19	1	B	5799	0.09
19	2	J	5799	0.09
20	1	B	5810	0.09
20	2	K	5810	0.09
21	1	B	5822	0.08
21	2	L	5822	0.08
22	1	C	5855	0.1
22	2	D	5855	0.1
23	1	C	5850	0.1
23	2	E	5850	0.1
24	1	C	5894	0.08
24	2	F	5894	0.08
25	1	C	5820	0.11
25	2	G	5820	0.11
26	1	C	5788	0.1
26	2	H	5788	0.1
27	1	C	5849	0.09
27	2	I	5849	0.09
28	1	C	5786	0.11
28	2	J	5786	0.11
29	1	C	5863	0.09
29	2	K	5863	0.09
30	1	C	5827	0.08
30	2	L	5827	0.08
31	1	D	5926	0.1
31	2	E	5926	0.1
32	1	D	5933	0.1
32	2	F	5933	0.1
33	1	D	6045	0.08
33	2	G	6045	0.08
34	1	D	5744	0.11
34	2	H	5744	0.11
35	1	D	5837	0.11
35	2	I	5837	0.11
36	1	D	5950	0.09
36	2	J	5950	0.09
37	1	D	5720	0.1
37	2	K	5720	0.1
38	1	D	5743	0.09
38	2	L	5743	0.09
39	1	E	5983	0.11
39	2	F	5983	0.11
40	1	E	5995	0.1
40	2	G	5995	0.1
41	1	E	5871	0.1
41	2	H	5871	0.1
42	1	E	5918	0.11
42	2	I	5918	0.11
43	1	E	5933	0.11
43	2	J	5933	0.11
44	1	E	5849	0.09
44	2	K	5849	0.09
45	1	E	5835	0.09
45	2	L	5835	0.09
46	1	F	5853	0.12
46	2	G	5853	0.12
47	1	F	5697	0.11
47	2	H	5697	0.11
48	1	F	5918	0.09
48	2	I	5918	0.09
49	1	F	5818	0.11
49	2	J	5818	0.11
50	1	F	5682	0.1
50	2	K	5682	0.1
51	1	F	5781	0.07
51	2	L	5781	0.07
52	1	G	5777	0.1
52	2	H	5777	0.1
53	1	G	5848	0.11
53	2	I	5848	0.11
54	1	G	5952	0.1
54	2	J	5952	0.1
55	1	G	5752	0.11
55	2	K	5752	0.11
56	1	G	5754	0.09
56	2	L	5754	0.09
57	1	H	5691	0.11
57	2	I	5691	0.11
58	1	H	5739	0.11
58	2	J	5739	0.11
59	1	H	5789	0.1
59	2	K	5789	0.1
60	1	H	5700	0.11
60	2	L	5700	0.11
61	1	I	5783	0.11
61	2	J	5783	0.11
62	1	I	5625	0.11
62	2	K	5625	0.11
63	1	I	5754	0.07
63	2	L	5754	0.07
64	1	J	5613	0.11
64	2	K	5613	0.11
65	1	J	5621	0.1
65	2	L	5621	0.1
66	1	K	5694	0.1
66	2	L	5694	0.1

LS精密化 シェル

解像度: 1.59→1.631 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	Rfactor	反射数	%反射
Rfree	0.421	1025	-
Rwork	0.432	19563	-
all	-	20588	-
obs	-	-	97.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°2)	L12 (°2)	L13 (°2)	L22 (°2)	L23 (°2)	L33 (°2)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å2)	T12 (Å2)	T13 (Å2)	T22 (Å2)	T23 (Å2)	T33 (Å2)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1908	1.1009	-0.0374	1.8475	0.0227	1.1317	0.019	0.0241	-0.0699	-0.0681	-0.0479	-0.046	-0.015	0.075	0.0289	0.198	-0.006	-0.0129	0.2015	0.0094	0.0061	61.9044	12.2995	-15.6472
2	2.4185	-0.1517	-0.0555	1.4367	-0.4472	1.6083	0.0513	-0.3097	0.2203	0.217	-0.0824	0.0267	-0.1796	0.0385	0.031	0.2796	-0.0546	-0.0038	0.2669	-0.0248	0.0235	54.6683	13.3986	10.9721
3	1.938	0.0849	0.7067	1.2915	0.0999	2.3465	0.0553	-0.0581	-0.1694	0.0465	-0.0532	0.0953	0.1409	-0.155	-0.002	0.2507	-0.0442	0.0038	0.1829	-0.0076	0.0246	40.4751	-1.628	-6.5326
4	0.9617	0.4149	-0.1251	2.1652	-0.0958	1.117	-0.0123	0.0458	-0.0091	-0.0944	-0.0287	-0.131	-0.0374	0.0804	0.0411	0.1783	-0.0062	0.0023	0.195	0.0119	0.0097	15.0165	37.6832	-15.5657
5	3.068	0.0067	-0.2279	1.2304	-0.3375	1.7692	0.0242	-0.2951	0.3417	0.2725	-0.0145	0.0011	-0.229	-0.0054	-0.0097	0.2688	-0.0156	-0.0002	0.2274	-0.0193	0.0403	8.5533	38.2225	11.3299
6	1.8314	-0.2454	1.0658	1.2422	-0.3926	1.6421	0.0121	-0.0628	-0.1728	0.0799	0.002	0.078	0.0907	-0.0983	-0.0141	0.1959	-0.0235	0.0138	0.1692	0.0017	0.0287	-6.3767	23.4962	-6.2634
7	0.4556	0.3766	0.1629	2.2307	-0.0278	0.8448	-0.0059	0.0504	0.0417	-0.0752	-0.0601	0.0309	-0.0228	-0.0334	0.0659	0.1806	-0.0089	-0.0181	0.1862	-0.0078	0.0091	33.2982	-14.3977	32.5321
8	2.8343	-0.2314	0.3037	1.2866	0.4424	1.8596	0.053	-0.3542	-0.2047	0.2849	-0.067	-0.0395	0.1396	-0.1219	0.014	0.3044	-0.0749	-0.0171	0.2366	0.0226	0.0194	37.3469	-14.5443	59.8042
9	1.5906	-0.1653	-0.5346	1.2089	0.1756	1.7847	-0.0197	-0.0222	0.1215	0.0621	-0.0191	-0.1266	-0.0711	0.1416	0.0388	0.2106	-0.0503	-0.0381	0.1712	0.0125	0.0288	53.5654	-0.0445	43.9965
10	0.9537	0.7889	-0.0923	2.4337	0.2595	1.2208	-0.0261	0.1246	0.0351	-0.2043	-0.0474	0.1234	-0.0194	-0.1105	0.0735	0.2046	0.0054	-0.017	0.2101	-0.0134	0.0098	-13.5206	11.5612	32.1123
11	2.1343	-0.0951	-0.076	1.4047	0.4852	1.6788	0.0002	-0.2365	-0.2197	0.2535	-0.0468	-0.0194	0.1846	0.0356	0.0467	0.2499	-0.0208	0.0046	0.1904	0.014	0.026	-9.2521	10.9619	59.5211
12	1.7844	-0.1211	-0.902	0.8861	0.2044	2.2386	0.0242	0.0086	0.142	0.0006	-0.0081	-0.0722	-0.1328	0.1687	-0.0161	0.2362	-0.0419	-0.0176	0.1797	0.0067	0.0193	6.7079	25.354	43.174

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	186 - 402
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	186 - 372
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	186 - 401
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	186 - 405
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	186 - 401
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	186 - 401
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	186 - 405
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	186 - 403
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	186 - 402
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	186 - 402
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	186 - 401
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	186 - 402