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- PDB-7ool: Crystal structure of a Candidatus photodesmus katoptron thioredox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ool
タイトルCrystal structure of a Candidatus photodesmus katoptron thioredoxin chimera containing an ancestral loop
要素Thioredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE / QUIMERA FROM ANCESTRAL LPBCA
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol ether metabolic process / protein-disulfide reductase activity
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Thioredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Photodesmus katoptron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Ibarra-Molero, B. / Gamiz-Arco, G. / Risso, V. / Sanchez-Ruiz, J.M.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesRTI2018-097142-B-100 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBIO2016-74875-P スペイン
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Combining Ancestral Reconstruction with Folding-Landscape Simulations to Engineer Heterologous Protein Expression.
著者: Gamiz-Arco, G. / Risso, V.A. / Gaucher, E.A. / Gavira, J.A. / Naganathan, A.N. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M.
履歴
登録2021年5月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin
B: Thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,09311
ポリマ－24,1182
非ポリマー9759
水21612
1
A: Thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7307
ポリマ－12,0591
非ポリマー6716
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3634
ポリマ－12,0591
非ポリマー3043
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)140.080, 140.080, 140.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Space group name HallI2b2c3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y,-z+1/2,x
#5: z,-x,-y+1/2
#6: -y+1/2,z,-x
#7: -z,-x+1/2,y
#8: -z+1/2,x,-y
#9: y,-z,-x+1/2
#10: x,-y,-z+1/2
#11: -x+1/2,y,-z
#12: -x,-y+1/2,z
#13: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#14: z+1/2,x+1/2,y+1/2
#15: y+1/2,z+1/2,x+1/2
#16: -y+1/2,-z+1,x+1/2
#17: z+1/2,-x+1/2,-y+1
#18: -y+1,z+1/2,-x+1/2
#19: -z+1/2,-x+1,y+1/2
#20: -z+1,x+1/2,-y+1/2
#21: y+1/2,-z+1/2,-x+1
#22: x+1/2,-y+1/2,-z+1
#23: -x+1,y+1/2,-z+1/2
#24: -x+1/2,-y+1,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-306-

SO4

21A-401-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 2 through 71 or resid 73...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 2 through 71 or resid 73...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LYSILEA1 - 70
d_12ens_1SERGLYA72 - 82
d_13ens_1VALARGA84 - 98
d_14ens_1PHELEUA100 - 105
d_21ens_1LYSILEB2 - 71
d_22ens_1SERGLYB73 - 83
d_23ens_1VALARGB85 - 99
d_24ens_1PHELEUB101 - 106

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.984762654858, 0.145034824115, 0.0959552676601), (0.151766602828, 0.447338881635, 0.881393682326), (0.0849082555702, 0.882526387578, -0.462534067248)ベクター: 8. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.984762654858, 0.145034824115, 0.0959552676601), (0.151766602828, 0.447338881635, 0.881393682326), (0.0849082555702, 0.882526387578, -0.462534067248)
ベクター: 8.04048187856, -33.1379970876, 53.3593898357)

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Thioredoxin


分子量: 12059.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Photodesmus katoptron (バクテリア)
遺伝子: trx, O1U_0791 / Variant: Akat1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: S3DGC4

-
非ポリマー , 7種, 21分子

#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: HAMPTON RESEARCH: HRI: C33 & C34 PEG-ION: C13 / PH範囲: 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→44.33 Å / Num. obs: 19411 / % possible obs: 99.48 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 82.2 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 7.67
反射 シェル解像度: 2.85→2.93 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.935 / Mean I/σ(I) obs: 1.03 / Num. unique obs: 1077 / CC1/2: 0.454 / CC star: 0.79 / Rpim(I) all: 0.557 / % possible all: 99.91

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.582
最高解像度最低解像度
Rotation44.3 Å2.92 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
PHENIX1.19精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2TRX

2trx


解像度: 2.85→44.3 Å / SU ML: 0.5691 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 32.7486
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2867 962 4.96 %
Rwork0.2613 18449 -
obs0.2627 19411 93.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 71.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→44.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1648 0 63 12 1723
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00341761
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68852372
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0467281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042288
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9236252
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.765195382018 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-30.4821430.49182673X-RAY DIFFRACTION93.99
3-3.190.35671360.34592629X-RAY DIFFRACTION92.47
3.19-3.430.36851330.29672566X-RAY DIFFRACTION92.12
3.44-3.780.32911400.27322652X-RAY DIFFRACTION94.01
3.78-4.330.25651320.23552620X-RAY DIFFRACTION93.22
4.33-5.440.24191420.21292649X-RAY DIFFRACTION93.97
5.45-44.30.25881360.25342660X-RAY DIFFRACTION94.11
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.397419554490.433026640733-1.199670698183.53814970942-1.35973111873.973802490330.0765729870276-0.1622177231210.1860340811080.07901766064380.2096062442370.106717047943-0.247470738685-0.121069771745-0.0002866876077940.5983201192240.02185617144060.02134222043360.5764807370370.04265359001620.5375002110210.894379856920.48420725834.6059510092
24.17666864417-0.8808266155050.2994531703972.17580737729-0.3524261143033.91798781973-0.119041030705-0.5558273634330.00591647267480.3086718138550.0148593656387-0.0219774615113-0.4910661725250.1948802152660.0004531239669280.7786476392350.02432204036890.05598500156340.6890698812640.05804930558610.5904769449743.613437504638.2589526111655.958346511
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Label seq-ID: 1 - 106

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
11(chain 'A' and resid 2 through 107)AA2 - 107
22(chain 'B' and resid 1 through 106)BB1 - 106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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