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万見
- PDB-7ooc: Mycoplasma pneumoniae 30S subunit of ribosomes in chloramphenicol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ooc
タイトルMycoplasma pneumoniae 30S subunit of ribosomes in chloramphenicol-treated cells
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • 16S rRNA
キーワードRIBOSOME / In-cell cryo-electron tomography chloramphenicol-treated sub-tomogram analysis
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation ...ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S4/S9, N-terminal domain / Ribosomal Protein S4 Delta 41; Chain A, domain 1 / Ribosomal protein S6/Translation elongation factor EF1B / Ribosomal Protein S7 / Ribosomal protein S7/S5 / RNA-binding S4 domain / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S19, bacterial-type ...Ribosomal protein S4/S9, N-terminal domain / Ribosomal Protein S4 Delta 41; Chain A, domain 1 / Ribosomal protein S6/Translation elongation factor EF1B / Ribosomal Protein S7 / Ribosomal protein S7/S5 / RNA-binding S4 domain / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / : / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S4/S9 / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS9 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17
類似検索 - 構成要素
生物種Mycoplasma pneumoniae (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Xue, L. / Lenz, S. / Rappsilber, J. / Mahamid, J.
資金援助 ドイツ, 英国, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)426290502 ドイツ
Wellcome Trust103139 英国
Wellcome Trust203149 英国
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Visualizing translation dynamics at atomic detail inside a bacterial cell.
著者: Liang Xue / Swantje Lenz / Maria Zimmermann-Kogadeeva / Dimitry Tegunov / Patrick Cramer / Peer Bork / Juri Rappsilber / Julia Mahamid /
要旨: Translation is the fundamental process of protein synthesis and is catalysed by the ribosome in all living cells. Here we use advances in cryo-electron tomography and sub-tomogram analysis to ...Translation is the fundamental process of protein synthesis and is catalysed by the ribosome in all living cells. Here we use advances in cryo-electron tomography and sub-tomogram analysis to visualize the structural dynamics of translation inside the bacterium Mycoplasma pneumoniae. To interpret the functional states in detail, we first obtain a high-resolution in-cell average map of all translating ribosomes and build an atomic model for the M. pneumoniae ribosome that reveals distinct extensions of ribosomal proteins. Classification then resolves 13 ribosome states that differ in their conformation and composition. These recapitulate major states that were previously resolved in vitro, and reflect intermediates during active translation. On the basis of these states, we animate translation elongation inside native cells and show how antibiotics reshape the cellular translation landscapes. During translation elongation, ribosomes often assemble in defined three-dimensional arrangements to form polysomes. By mapping the intracellular organization of translating ribosomes, we show that their association into polysomes involves a local coordination mechanism that is mediated by the ribosomal protein L9. We propose that an extended conformation of L9 within polysomes mitigates collisions to facilitate translation fidelity. Our work thus demonstrates the feasibility of visualizing molecular processes at atomic detail inside cells.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Visualizing translation dynamics at atomic detail inside a bacterial cell.
著者: Liang Xue / Swantje Lenz / Maria Zimmermann-Kogadeeva / Dimitry Tegunov / Patrick Cramer / Peer Bork / Juri Rappsilber / Julia Mahamid /
要旨: Translation is the fundamental process of protein synthesis and is catalysed by the ribosome in all living cells. Here we use advances in cryo-electron tomography and sub-tomogram analysis to ...Translation is the fundamental process of protein synthesis and is catalysed by the ribosome in all living cells. Here we use advances in cryo-electron tomography and sub-tomogram analysis to visualize the structural dynamics of translation inside the bacterium Mycoplasma pneumoniae. To interpret the functional states in detail, we first obtain a high-resolution in-cell average map of all translating ribosomes and build an atomic model for the M. pneumoniae ribosome that reveals distinct extensions of ribosomal proteins. Classification then resolves 13 ribosome states that differ in their conformation and composition. These recapitulate major states that were previously resolved in vitro, and reflect intermediates during active translation. On the basis of these states, we animate translation elongation inside native cells and show how antibiotics reshape the cellular translation landscapes. During translation elongation, ribosomes often assemble in defined three-dimensional arrangements to form polysomes. By mapping the intracellular organization of translating ribosomes, we show that their association into polysomes involves a local coordination mechanism that is mediated by the ribosomal protein L9. We propose that an extended conformation of L9 within polysomes mitigates collisions to facilitate translation fidelity. Our work thus demonstrates the feasibility of visualizing molecular processes at atomic detail inside cells.
#2: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Visualizing translation dynamics at atomic detail inside a bacterial cell
著者: Xue, L. / Lenz, S. / Zimmermann-Kogadeeva, M. / Tegunov, D. / Cramer, P. / Bork, P. / Rappsilber, J. / Mahamid, J.
履歴
登録2021年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22022年10月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年7月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 30S ribosomal protein S3
D: 30S ribosomal protein S5
F: 30S ribosomal protein S7
A: 30S ribosomal protein S2
H: 30S ribosomal protein S9
J: 30S ribosomal protein S11
C: 30S ribosomal protein S4
S: 30S ribosomal protein S20
O: 30S ribosomal protein S16
K: 30S ribosomal protein S12
M: 30S ribosomal protein S14 type Z
I: 30S ribosomal protein S10
L: 30S ribosomal protein S13
N: 30S ribosomal protein S15
R: 30S ribosomal protein S19
T: 30S ribosomal protein S21
G: 30S ribosomal protein S8
Q: 30S ribosomal protein S18
E: 30S ribosomal protein S6
P: 30S ribosomal protein S17
5: 16S rRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)810,14023
ポリマ－810,01021
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 BDFAHJCSOKMILNRTGQEP

#1: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 30657.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P41205
#2: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 24138.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: Q50301
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17897.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75545
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 33468.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75560
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 15149.735 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75179
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 12709.851 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: Q50296
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 23817.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P46775
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 9993.599 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75237
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 10806.921 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: A0A0H3DLS7
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 15666.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75546
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 6901.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: Q50305
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 12226.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75581
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 14209.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: Q50297
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 9921.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75173
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10057.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75576
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S21


分子量: 7539.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P57079
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 15903.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: Q50304
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 12411.522 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75541
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 25430.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75543
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 9859.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: Q50309

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RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 3分子 5

#21: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 491243.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129
#22: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: cryo-electron tomograms of chloramphenicol-treated Mycoplasma pneumoniae cells
タイプ: RIBOSOME
詳細: ribosome sub-tomograms extracted in silico from cell tomograms, focused refinement on 30S
Entity ID: #1-#21 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Mycoplasma pneumoniae M129 cells grown on gold Quantifoil grids at 37 degrees Celsius before plunge freezing. Quick wash with PBS solution containing gold fiducial beads before blotting.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE-PROPANE
詳細: back-side blotting for 2-3 second before plunging manual plunger without an environmental chamber

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3750 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 3.2 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
9Coot0.9モデル精密化
10PHENIX1.18モデル精密化phenix real-space refine
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17890
詳細: Map generated by focused refinement on the 30S subunit in M
対称性のタイプ: POINT
EM volume selectionNum. of tomograms: 65 / Num. of volumes extracted: 17890
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeInitial refinement model-ID
13J9W

3j9w

3J9W1
25MMJ

5mmj

q5MMJ2
34YBB

4ybb

54YBB3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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