+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7on2 | ||||||
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Title | SaFtsZ complexed with GDP (soaking in 10 mM CyDTA) | ||||||
Components | Cell division protein FtsZ | ||||||
Keywords | CELL CYCLE / Cell division protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information chloroplast fission / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / cell division site / protein polymerization / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.69 Å | ||||||
Authors | Fernandez-Tornero, C. / Ruiz, F.M. / Andreu, J.M. | ||||||
Citation | Journal: Plos Biol. / Year: 2022 Title: FtsZ filament structures in different nucleotide states reveal the mechanism of assembly dynamics. Authors: Ruiz, F.M. / Huecas, S. / Santos-Aledo, A. / Prim, E.A. / Andreu, J.M. / Fernandez-Tornero, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7on2.cif.gz | 215.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7on2.ent.gz | 143.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7on2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/7on2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/7on2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7ohhC 7ohkC 7ohlC 7ohnC 7oi2C 7ojaC 7ojbC 7ojcC 7ojdC 7ojzC 7omjC 7ompC 7omqC 7on3C 7on4C 6rvnS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 31940.100 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Gene: ftsZ / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P0A031 |
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#2: Chemical | ChemComp-GDP / |
#3: Chemical | ChemComp-K / |
#4: Chemical | ChemComp-EDO / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 47.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M lithium sulphate, 10% (v/v) ethylene glycol, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, and 26% polyethylene glycol 5000 monomethyl ether (+ 10 mM CyDTA for soaking, 23 h) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 0.9787 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 18, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9787 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.69→40.98 Å / Num. obs: 31990 / % possible obs: 96.53 % / Redundancy: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 28.63 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.23 |
Reflection shell | Resolution: 1.69→1.75 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / Num. unique obs: 2889 / CC1/2: 0.882 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6RVN Resolution: 1.69→40.98 Å / SU ML: 0.2199 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 31.2521 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.75 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.69→40.98 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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