PDB-7omw: Thermus sp. 2.9 DarT in complex with NAD+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7omw

タイトル

Thermus sp. 2.9 DarT in complex with NAD+

要素

DarT domain-containing protein

キーワード

TOXIN / TOXIN-ANTITOXIN / DNA ADP-RIBOSYLATION / ADP-ribosyltransferase activity / DNA binding

機能・相同性

機能・相同性情報

glycosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus sp. 2.9 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Schuller, M. / Ariza, A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Molecular basis for DarT ADP-ribosylation of a DNA base.
著者: Schuller, M. / Butler, R.E. / Ariza, A. / Tromans-Coia, C. / Jankevicius, G. / Claridge, T.D.W. / Kendall, S.L. / Goh, S. / Stewart, G.R. / Ahel, I.

履歴

登録	2021年5月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7omw.cif.gz	104.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7omw.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7omw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7omw_validation.pdf.gz	752.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7omw_full_validation.pdf.gz	753.1 KB	表示
XML形式データ	7omw_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	7omw_validation.cif.gz	17.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/7omw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/7omw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7omuC 7omvC 7omxC 7omyC 7omzC 7on0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2c2t-1 3d80-d 3d84-d 2bb4-d 4k5z-d 3ghw-d 1dlr-d 5fck-d 5a0b-d 4cbn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: DarT domain-containing protein

ヘテロ分子

25.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.032, 61.745, 50.197
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.198, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	DarT domain-containing protein 分子量: 24437.170 Da / 分子数: 1 / 変異: E160A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus sp. 2.9 (バクテリア) / 遺伝子: QT17_01930 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A0B0SG80
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.95 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50 mM potassium thiocyanate, 20% (w/v) PEG2000MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→35.909 Å / Num. obs: 52232 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 5.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.041 / R_pim(I) all: 0.017 / R_rim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 20.3
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / R_merge(I) obs: 0.227 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 1891 / CC_1/2: 0.949 / R_pim(I) all: 0.155 / R_rim(I) all: 0.277

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: D_1292116023

解像度: 1.3→35.909 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.971 / SU B: 1.509 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.04 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1525	2518	4.823 %
R_work	0.131	49690	-
all	0.132	-	-
obs	-	52208	96.899 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.786 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.524 Å²	0 Å²	-2.648 Å²
2-	-	-0.37 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.662 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→35.909 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1627	0	65	175	1867

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	1792
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	1672
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.803	1.658	2447
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.45	1.574	3865
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.76	5	211
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.894	20.606	99
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.326	15	285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	223
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1993
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	433
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.273	0.2	331
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	1592
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	825
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	813
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.024	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.353	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.221	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.272	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.817	1.448	807
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.816	1.446	805
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.221	2.178	1008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.22	2.177	1009
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.083	1.942	985
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.039	1.943	985
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.827	2.74	1431
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.811	2.741	1431
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.176	18.282	1993
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.817	17.971	1970
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	7.617	3	3464

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.334	0.18	160	0.18	2747	X-RAY DIFFRACTION	73.0035
1.334-1.37	0.176	168	0.176	3202	X-RAY DIFFRACTION	86.9453
1.37-1.41	0.167	186	0.148	3468	X-RAY DIFFRACTION	98.2786
1.41-1.453	0.15	198	0.141	3468	X-RAY DIFFRACTION	100
1.453-1.501	0.162	149	0.124	3416	X-RAY DIFFRACTION	100
1.501-1.554	0.15	146	0.109	3280	X-RAY DIFFRACTION	99.9708
1.554-1.612	0.118	142	0.103	3139	X-RAY DIFFRACTION	100
1.612-1.678	0.127	162	0.099	3016	X-RAY DIFFRACTION	100
1.678-1.753	0.127	157	0.098	2899	X-RAY DIFFRACTION	100
1.753-1.838	0.139	120	0.1	2799	X-RAY DIFFRACTION	100
1.838-1.937	0.134	137	0.103	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.937-2.055	0.121	110	0.111	2499	X-RAY DIFFRACTION	100
2.055-2.196	0.141	110	0.116	2368	X-RAY DIFFRACTION	99.9597
2.196-2.372	0.118	111	0.116	2226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.372-2.598	0.146	122	0.118	1990	X-RAY DIFFRACTION	100
2.598-2.904	0.143	94	0.132	1828	X-RAY DIFFRACTION	100
2.904-3.352	0.146	86	0.144	1628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.352-4.103	0.175	69	0.149	1371	X-RAY DIFFRACTION	100
4.103-5.789	0.188	55	0.154	1076	X-RAY DIFFRACTION	100
5.789-35.909	0.26	36	0.214	606	X-RAY DIFFRACTION	99.6894

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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