PDB-7oms: Bs164 in complex with mannocyclophellitol aziridine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oms

タイトル

Bs164 in complex with mannocyclophellitol aziridine

要素

Glyco_hydro_42M domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor complex

機能・相同性

Glycoside hydrolase, family 42 / Beta-galactosidase trimerisation / Beta-galactosidase trimerisation domain / beta-galactosidase activity / Class I glutamine amidotransferase-like / Glycoside hydrolase superfamily / carbohydrate metabolic process / Chem-VKH / Beta-galactosidase trimerisation domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides salyersiae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

McGregor, N. / Beenakker, T. / Kuo, C.L. / Wong, C.S. / Offren, W.A. / Armstrong, Z. / Codee, J.D.C. / Aerts, J.M.F.G. / Florea, B.I. / Overkleeft, H. / Davies, G.J.

引用

ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Synthesis of broad-specificity activity-based probes for exo -beta-mannosidases.
著者: McGregor, N.G.S. / Kuo, C.L. / Beenakker, T.J.M. / Wong, C.S. / Offen, W.A. / Armstrong, Z. / Florea, B.I. / Codee, J.D.C. / Overkleeft, H.S. / Aerts, J.M.F.G. / Davies, G.J.

履歴

登録	2021年5月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oms.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oms.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oms.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/7oms ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/7oms	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7odjC 7omiC 7op6C 7op7C 6t7gS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7oms-2 7omi-2 7omi-1 4oif-d 3tts-1 5dfa-d 4ojy-d 3tty-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Glyco_hydro_42M domain-containing protein

DDD: Glyco_hydro_42M domain-containing protein

CCC: Glyco_hydro_42M domain-containing protein

BBB: Glyco_hydro_42M domain-containing protein

FFF: Glyco_hydro_42M domain-containing protein

EEE: Glyco_hydro_42M domain-containing protein

ヘテロ分子

462 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Glyco_hydro_42M domain-containing protein

CCC: Glyco_hydro_42M domain-containing protein

BBB: Glyco_hydro_42M domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
231 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

DDD: Glyco_hydro_42M domain-containing protein

FFF: Glyco_hydro_42M domain-containing protein

EEE: Glyco_hydro_42M domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
231 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.335, 103.959, 170.127
Angle α, β, γ (deg.)	92.272, 97.708, 106.397
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains AAA DDD
2	1	Chains AAA CCC
3	1	Chains AAA BBB
4	1	Chains AAA FFF
5	1	Chains AAA EEE
6	1	Chains DDD CCC
7	1	Chains DDD BBB
8	1	Chains DDD FFF
9	1	Chains DDD EEE
10	1	Chains CCC BBB
11	1	Chains CCC FFF
12	1	Chains CCC EEE
13	1	Chains BBB FFF
14	1	Chains BBB EEE
15	1	Chains FFF EEE

#1: タンパク質	Glyco_hydro_42M domain-containing protein 分子量: 76676.672 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides salyersiae (バクテリア) 遺伝子: HMPREF1071_03408 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I9SUA3
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-VKH / (1~{R},2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-(hydroxymethyl)-7-azabicyclo[4.1.0]heptane-2,3,4-triol 分子量: 178.206 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₆NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 795 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M ammonium tartrate pH 7.0, 13 % PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.976246 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976246 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→99.597 Å / Num. obs: 277094 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 3.2
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 13602 / CC_1/2: 0.655

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6T7G

6t7g

解像度: 2.05→99.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 8.692 / SU ML: 0.213 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.23 / ESU R Free: 0.19 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2583	13624	4.929 %
R_work	0.2231	262789	-
all	0.225	-	-
obs	-	276413	97.814 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.039 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.451 Å²	2.825 Å²	-2.623 Å²
2-	-	3.296 Å²	-0.177 Å²
3-	-	-	-5.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→99.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	31275	0	134	795	32204

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	32260
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	28884
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.437	1.64	43706
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.287	1.575	67232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.648	5	3903
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.282	23.928	1609
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.5	15	5351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.399	15	88
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	4186
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	35950
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	6926
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	6334
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	27512
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	15608
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	14287
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.057	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.185	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.277	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.296	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.114	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.216	4.823	15639
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.217	4.823	15638
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.703	7.228	19533
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.703	7.228	19534
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.341	5.12	16621
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.341	5.12	16622
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.222	7.54	24173
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.222	7.54	24174
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.784	54.893	36282
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.785	54.874	36190
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.061	0.05	22413
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.06	0.05	22301
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.06	0.05	22389
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.065	0.05	22326
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.064	0.05	22323
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.059	0.05	22403
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.059	0.05	22435
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.061	0.05	22401
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.061	0.05	22480
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.061	0.05	22475
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.06	0.05	22500
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.063	0.05	22530
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.065	0.05	22430
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.062	0.05	22515
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.064	0.05	22473

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.103	0.383	945	0.374	19302	X-RAY DIFFRACTION	96.373
2.103-2.161	0.348	1037	0.343	18592	X-RAY DIFFRACTION	96.4475
2.161-2.223	0.328	934	0.316	18256	X-RAY DIFFRACTION	97.0025
2.223-2.292	0.344	922	0.314	17657	X-RAY DIFFRACTION	96.8615
2.292-2.367	0.307	862	0.273	17291	X-RAY DIFFRACTION	97.3873
2.367-2.45	0.299	866	0.258	16719	X-RAY DIFFRACTION	97.494
2.45-2.543	0.286	844	0.24	16230	X-RAY DIFFRACTION	97.7221
2.543-2.646	0.283	800	0.232	15588	X-RAY DIFFRACTION	97.8739
2.646-2.764	0.267	797	0.224	14884	X-RAY DIFFRACTION	97.6401
2.764-2.899	0.252	772	0.211	14297	X-RAY DIFFRACTION	98.0863
2.899-3.056	0.261	698	0.208	13644	X-RAY DIFFRACTION	98.3137
3.056-3.241	0.255	684	0.207	12923	X-RAY DIFFRACTION	98.5729
3.241-3.465	0.24	630	0.207	12242	X-RAY DIFFRACTION	98.7798
3.465-3.742	0.249	571	0.21	11259	X-RAY DIFFRACTION	98.7809
3.742-4.099	0.223	562	0.19	10501	X-RAY DIFFRACTION	99.1131
4.099-4.582	0.213	485	0.177	9429	X-RAY DIFFRACTION	99.14
4.582-5.291	0.216	427	0.185	8423	X-RAY DIFFRACTION	99.282
5.291-6.478	0.241	341	0.213	7083	X-RAY DIFFRACTION	99.5041
6.478-9.155	0.228	286	0.205	5454	X-RAY DIFFRACTION	99.6874
9.155-99.4	0.266	161	0.225	3015	X-RAY DIFFRACTION	99.4987

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関連情報:EMDBヘッダ

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