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- PDB-4oif: 3D structure of Gan42B, a GH42 beta-galactosidase from G. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oif
タイトル3D structure of Gan42B, a GH42 beta-galactosidase from G.
要素Beta-galactosidase
キーワードHYDROLASE / beta-galactosidase. Gan42B / beta-galactosidase / GH42 / Gan42B / homo-trimer / hydolase / Carbohydrate/Sugar Binding / intracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


galactose metabolic process / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-galactosidase C-terminal / Beta-galactosidase C-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 42 / Beta-galactosidase trimerisation / Beta-galactosidase trimerisation domain / Glycoside hydrolase, family 42, N-terminal / Beta-galactosidase / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Golgi alpha-mannosidase II ...Beta-galactosidase C-terminal / Beta-galactosidase C-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 42 / Beta-galactosidase trimerisation / Beta-galactosidase trimerisation domain / Glycoside hydrolase, family 42, N-terminal / Beta-galactosidase / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / using phases from it's GanBE323A mutant / 解像度: 2.448 Å
データ登録者Solomon, H.V. / Tabachnikov, O. / Feinberg, H. / Shoham, Y. / Shoham, G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic analysis of GanB, a GH42 intracellular beta-galactosidase from Geobacillus stearothermophilus.
著者: Solomon, H.V. / Tabachnikov, O. / Feinberg, H. / Govada, L. / Chayen, N.E. / Shoham, Y. / Shoham, G.
履歴
登録2014年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-galactosidase
B: Beta-galactosidase
C: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)242,79431
ポリマ－240,2953
非ポリマー2,49928
水27,0951504
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13720 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area66930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.840, 181.350, 196.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-galactosidase / Beta-gal


分子量: 80098.328 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
株: T-6 / 遺伝子: gan42B, ganB / プラスミド: pET9d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: F8TRX0, beta-galactosidase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.84 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 16-18% PEG 3350, 250 mM NaCl and 100 mM Hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月4日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Diamond crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.448→48.86 Å / Num. all: 95492 / Num. obs: 91957 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rsym value: 0.419 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.45→2.58 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.348 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Rsym value: 0.419 / % possible all: 88.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
REFMAC精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: using phases from it's GanBE323A mutant
開始モデル: PDB ENTRY 4OJW

4ojw
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.448→48.859 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU ML: 0.26 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.44 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2045 4594 5 %
Rwork0.1329 --
obs0.1365 91872 96.23 %
all-91878 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 13.375 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å20 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3----0.15 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.2369 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.448→48.859 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16922 0 153 1504 18579
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00817843
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0924234
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4266582
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0412504
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043128
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.448-2.47580.26911460.15722605X-RAY DIFFRACTION87
2.4758-2.50490.26351250.16722642X-RAY DIFFRACTION89
2.5049-2.53550.27141310.16552614X-RAY DIFFRACTION87
2.5355-2.56760.26451430.15892650X-RAY DIFFRACTION88
2.5676-2.60140.26281510.15492659X-RAY DIFFRACTION90
2.6014-2.6370.22911530.14992690X-RAY DIFFRACTION90
2.637-2.67470.24921520.14662698X-RAY DIFFRACTION90
2.6747-2.71460.23551520.1462757X-RAY DIFFRACTION93
2.7146-2.7570.22151440.14352795X-RAY DIFFRACTION93
2.757-2.80220.24551340.14322811X-RAY DIFFRACTION95
2.8022-2.85050.24581590.14272879X-RAY DIFFRACTION96
2.8505-2.90230.24971680.14562843X-RAY DIFFRACTION96
2.9023-2.95820.22161520.14682915X-RAY DIFFRACTION97
2.9582-3.01850.21861440.14512947X-RAY DIFFRACTION98
3.0185-3.08420.20951540.13892974X-RAY DIFFRACTION99
3.0842-3.15590.22861570.13632974X-RAY DIFFRACTION99
3.1559-3.23480.21611630.13482991X-RAY DIFFRACTION100
3.2348-3.32220.20771660.12592979X-RAY DIFFRACTION100
3.3222-3.420.19191510.12453062X-RAY DIFFRACTION100
3.42-3.53030.19071880.11852957X-RAY DIFFRACTION100
3.5303-3.65650.1691550.1193011X-RAY DIFFRACTION100
3.6565-3.80280.20761430.12073067X-RAY DIFFRACTION100
3.8028-3.97580.15421590.11693020X-RAY DIFFRACTION100
3.9758-4.18530.15451400.11013068X-RAY DIFFRACTION100
4.1853-4.44740.17441420.10643046X-RAY DIFFRACTION100
4.4474-4.79050.15161760.1083065X-RAY DIFFRACTION100
4.7905-5.27210.18141490.11683056X-RAY DIFFRACTION100
5.2721-6.03380.18891630.14053105X-RAY DIFFRACTION100
6.0338-7.59730.20371680.15253118X-RAY DIFFRACTION100
7.5973-48.86830.171660.14853280X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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