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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oml | ||||||
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タイトル | Bacillus subtilis phosphoglucomutase GlmM (metal bound) | ||||||
要素 | Phosphoglucosamine mutase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / Phosphoglucosamine Mutase / glucosamine-6-phosphate / glucosamine-1-phosphate / c-di-AMP / diadenylate cyclase / metal-bound protein. | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphoglucosamine mutase / phosphoglucosamine mutase activity / phosphomannomutase activity / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Pathania, M. / Grundling, A.G. / Freemont, P. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021 タイトル: Structural basis for the inhibition of the Bacillus subtilis c-di-AMP cyclase CdaA by the phosphoglucomutase GlmM. 著者: Pathania, M. / Tosi, T. / Millership, C. / Hoshiga, F. / Morgan, R.M.L. / Freemont, P.S. / Grundling, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7oml.cif.gz | 97.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7oml.ent.gz | 72.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7oml.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7oml_validation.pdf.gz | 427.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7oml_full_validation.pdf.gz | 432.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7oml_validation.xml.gz | 17 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7oml_validation.cif.gz | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/7oml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/7oml | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ojrC 7ojsC 7olhC 3pdkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50314.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 遺伝子: glmM, ybbT, BSU01770 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O34824, phosphoglucosamine mutase |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.83 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.05 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 30% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550 buffer |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.99 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→48.15 Å / Num. obs: 15955 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 20.2 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å / Num. unique obs: 2503 / CC1/2: 0.39 / Rpim(I) all: 1.46 / % possible all: 97.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Bacillus anthracis GlmM 3PDK 解像度: 2.9→48.149 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.76 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 145.77 Å2 / Biso mean: 45.0009 Å2 / Biso min: 13.98 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.9→48.149 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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