PDB-7oma: Thosea asigna virus RdRP domain elongation complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oma

タイトル

Thosea asigna virus RdRP domain elongation complex

要素

RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*UP*U)-3')
RNA (5'-R(P*CP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')
RNA-dependent RNA polymeraseRNA依存性RNAポリメラーゼ

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) /

RdRP (RNA依存性RNAポリメラーゼ) /

polymerase (ポリメラーゼ)

機能・相同性

RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA/RNA polymerase superfamily /

ATP binding / PYROPHOSPHATE 2- /

リボ核酸 /

RNA依存性RNAポリメラーゼ

機能・相同性情報

生物種

Thosea asigna virus (ウイルス)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Ferrero, D.S. / Falqui, M. / Verdaguer, N.

資金援助

スペイン, 2件

引用

ジャーナル: Viruses / 年: 2021
タイトル: Snapshots of a Non-Canonical RdRP in Action.
著者: Ferrero, D.S. / Falqui, M. / Verdaguer, N.

履歴

登録	2021年5月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_scat_Cromer_Mann_a5 / _atom_type.pdbx_scat_Cromer_Mann_b5 ..._atom_type.pdbx_scat_Cromer_Mann_a5 / _atom_type.pdbx_scat_Cromer_Mann_b5 / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oma.cif.gz	608.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oma.ent.gz	426.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oma.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/7oma ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/7oma	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7om2C 7om6C 7om7C 7om9C 4xhiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7om7-2 5cx6-d 7om6-d 5cyr-d 4xhi-d 7om2-d 7om7-1 3mau-d 3ale-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #249 - 2020年9月 SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#116 - 2009年8月
硫酸転移酵素 (Sulfotransferases)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)

登録構造単位

B: RNA-dependent RNA polymerase

A: RNA-dependent RNA polymerase

C: RNA-dependent RNA polymerase

D: RNA-dependent RNA polymerase

E: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*UP*U)-3')

F: RNA (5'-R(P*CP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')

G: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*UP*U)-3')

H: RNA (5'-R(P*CP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')

I: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*UP*U)-3')

J: RNA (5'-R(P*CP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')

L: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*UP*U)-3')

K: RNA (5'-R(P*CP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')

ヘテロ分子

330 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: RNA-dependent RNA polymerase

A: RNA-dependent RNA polymerase

E: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*UP*U)-3')

F: RNA (5'-R(P*CP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')

G: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*UP*U)-3')

H: RNA (5'-R(P*CP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Protein is a dimer in solution.
165 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: RNA-dependent RNA polymerase

D: RNA-dependent RNA polymerase

I: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*UP*U)-3')

J: RNA (5'-R(P*CP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')

L: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*UP*U)-3')

K: RNA (5'-R(P*CP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
165 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.794, 207.305, 115.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.101, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	RNA-dependent RNA polymerase / RNA依存性RNAポリメラーゼ分子量: 77110.609 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thosea asigna virus (ウイルス) / 遺伝子: RdRp / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6A562
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(PAPAPAPUPUPUPU)-3') 分子量: 2801.710 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主*: synthetic construct (人工物)
#3: RNA鎖	RNA (5'-R(PCPAPAPAPAPUPUPU)-3') 分子量: 2495.545 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#4: 化合物	ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2- / ピロリン酸塩分子量: 175.959 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₇P₂
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M sodium acetate pH4.6, 0.22M (NH4)SO4, 28% PEG2000MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→67.78 Å / Num. obs: 57906 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 57.14 Å² / CC_1/2: 0.951 / R_merge(I) obs: 0.3841 / Net I/σ(I): 6.79
反射シェル	解像度: 3.1→3.211 Å / R_merge(I) obs: 2.066 / Mean I/σ(I) obs: 1.22 / Num. unique obs: 5770 / CC_1/2: 0.391 / R_pim(I) all: 0.8418 / % possible all: 99.84

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XHI

4xhi

解像度: 3.1→67.78 Å / SU ML: 0.425 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.6409
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2579	2836	4.9 %
R_work	0.2309	55013	-
obs	0.2322	57849	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→67.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19942	1256	32	0	21230

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0057	21794
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.858	29765
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0466	3336
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0062	3612
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.6218	8276

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1-3.15	0.3379	147	0.3463	2720	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.15-3.21	0.3504	170	0.3282	2726	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.21-3.27	0.3741	139	0.3303	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.27-3.34	0.3421	131	0.3082	2766	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.34-3.41	0.2977	131	0.2959	2799	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.41-3.49	0.3226	158	0.2702	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.49-3.58	0.3378	143	0.2631	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
3.58-3.68	0.2855	142	0.2511	2701	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.68-3.78	0.2611	137	0.2393	2777	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.78-3.91	0.276	135	0.2281	2726	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.91-4.05	0.2427	125	0.2272	2767	X-RAY DIFFRACTION	99.79
4.05-4.21	0.2489	116	0.2128	2802	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.21-4.4	0.2203	140	0.1908	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4-4.63	0.1783	153	0.1792	2736	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.63-4.92	0.2229	163	0.1855	2737	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.92-5.3	0.1939	138	0.1958	2764	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.3-5.83	0.2351	170	0.2115	2707	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.83-6.68	0.2855	136	0.2282	2785	X-RAY DIFFRACTION	99.9
6.68-8.41	0.2552	126	0.2159	2801	X-RAY DIFFRACTION	99.9
8.41-67.78	0.2218	136	0.2072	2790	X-RAY DIFFRACTION	99.52

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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