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- PDB-4xhi: Crystal structure of native Thosea asigna virus RNA-dependent RNA... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xhi | ||||||
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Title | Crystal structure of native Thosea asigna virus RNA-dependent RNA polymerase (RdRP) at 2.15 Angstrom resolution | ||||||
![]() | RNA-dependent RNA polymerase | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / Polymerase / virus / RdRP | ||||||
Function / homology | RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA/RNA polymerase superfamily / ATP binding / metal ion binding / RNA-dependent RNA polymerase![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ferrero, D.S. / Buxaderas, M. / Rodriguez, J.F. / Verdaguer, N. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: The Structure of the RNA-Dependent RNA Polymerase of a Permutotetravirus Suggests a Link between Primer-Dependent and Primer-Independent Polymerases. Authors: Ferrero, D.S. / Buxaderas, M. / Rodriguez, J.F. / Verdaguer, N. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 538.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 441.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 473.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 481 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 52.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 76 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4xhaSC ![]() 5cx6C ![]() 5cyrC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 79540.461 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.22 Å3/Da / Density % sol: 61.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 12% PEG 8K, 750 mM lithium(III) sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 27, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.15→39 Å / Num. obs: 109020 / % possible obs: 97.5 % / Redundancy: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 9 |
Reflection shell | Resolution: 2.15→2.27 Å / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.294 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 95.6 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4XHA Resolution: 2.15→39.606 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.4 / Phase error: 19.85 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→39.606 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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