+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7om2 | |||||||||
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Title | Thosea asigna virus RdRP domain in complex with Mg+2 | |||||||||
Components | RNA-dependent RNA polymerase | |||||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / RdRP / polymerase | |||||||||
Function / homology | RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA/RNA polymerase superfamily / ATP binding / RNA-dependent RNA polymerase Function and homology information | |||||||||
Biological species | Thosea asigna virus | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.07 Å | |||||||||
Authors | Ferrero, D.S. / Falqui, M. / Verdaguer, N. | |||||||||
Funding support | Spain, 2items
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Citation | Journal: Viruses / Year: 2021 Title: Snapshots of a Non-Canonical RdRP in Action. Authors: Ferrero, D.S. / Falqui, M. / Verdaguer, N. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7om2.cif.gz | 668.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7om2.ent.gz | 458.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7om2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/7om2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/7om2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7om6C 7om7C 7om9C 7omaC 4xhiS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 77110.609 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thosea asigna virus / Gene: RdRp / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: Q6A562 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.42 Å3/Da / Density % sol: 64.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 19% PEG 3350, 0.18M MgSO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 10, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.07→80.51 Å / Num. obs: 116849 / % possible obs: 94.4 % / Redundancy: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 29.9 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 9.04 |
Reflection shell | Resolution: 2.07→2.14 Å / Redundancy: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 1.342 / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / Num. unique obs: 12183 / CC1/2: 0.601 / % possible all: 99.86 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4XHI Resolution: 2.07→80.51 Å / SU ML: 0.2086 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.1711 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 36.61 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.07→80.51 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 25.2522816818 Å / Origin y: -31.2313208633 Å / Origin z: -73.4543215453 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |