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- PDB-7om7: Thosea asigna virus RdRP domain in complex with RNA and nucleotid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7om7
タイトルThosea asigna virus RdRP domain in complex with RNA and nucleotide UMPNPP
要素
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')
  • RNA-dependent RNA polymerase
キーワードVIRAL PROTEIN / RdRP / polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-directed RNA polymerase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Permutotetravirus RNA-dependent RNA polymerase palm domain / Permutotetravirus RNA-dependent RNA polymerase thumb domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2KH / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / RNA / RNA-dependent RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Thosea asigna virus (ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ferrero, D.S. / Falqui, M. / Verdaguer, N.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBIO2017-83906-P スペイン
Spanish National Research Council2020AEP121 スペイン
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2021
タイトル: Snapshots of a Non-Canonical RdRP in Action.
著者: Ferrero, D.S. / Falqui, M. / Verdaguer, N.
履歴
登録2021年5月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-dependent RNA polymerase
B: RNA-dependent RNA polymerase
C: RNA-dependent RNA polymerase
D: RNA-dependent RNA polymerase
E: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')
F: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')
G: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')
H: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')
I: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')
J: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')
K: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')
L: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)329,53416
ポリマ－328,40712
非ポリマー1,1274
水9,440524
1
A: RNA-dependent RNA polymerase
B: RNA-dependent RNA polymerase
E: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')
F: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')
G: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')
H: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,2259
ポリマ－164,2036
非ポリマー1,0213
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13960 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area52420 Å2
手法PISA
2
C: RNA-dependent RNA polymerase
D: RNA-dependent RNA polymerase
I: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')
J: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')
K: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')
L: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,3107
ポリマ－164,2036
非ポリマー1061
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13680 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area53760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.480, 206.266, 115.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.745, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
RNA-dependent RNA polymerase


分子量: 77110.609 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thosea asigna virus (ウイルス) / 遺伝子: RdRp / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6A562
#2: RNA鎖
RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')


分子量: 2495.545 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 528分子

#3: 化合物 ChemComp-2KH / 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]uridine


分子量: 483.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M sodium acetate pH4.6, 0.22M (NH4)SO4, 28% PEG2000MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→59.09 Å / Num. obs: 122219 / % possible obs: 99.44 % / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 50.25 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1305 / Rpim(I) all: 0.0389 / Rrim(I) all: 0.1363 / Net I/σ(I): 17.25
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 1.717 / Num. unique obs: 12216 / CC1/2: 0.725 / Rpim(I) all: 0.5098 / Rrim(I) all: 1.792 / % possible all: 99.58

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XHI

4xhi


解像度: 2.4→59.09 Å / SU ML: 0.3188 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.6247
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2155 6025 4.93 %
Rwork0.2147 116194 -
obs0.2147 122219 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→59.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19957 1198 66 524 21745
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.010221788
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.391929750
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08313338
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00533609
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.69698249
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.430.35041960.35393831X-RAY DIFFRACTION99.43
2.43-2.460.32441950.34643886X-RAY DIFFRACTION99.59
2.46-2.490.33731850.33483905X-RAY DIFFRACTION99.71
2.49-2.520.34222130.32263895X-RAY DIFFRACTION99.76
2.52-2.550.31012110.31673813X-RAY DIFFRACTION99.58
2.55-2.590.32831790.31623911X-RAY DIFFRACTION99.68
2.59-2.620.31331940.30093860X-RAY DIFFRACTION99.73
2.62-2.660.29281920.30033862X-RAY DIFFRACTION99.53
2.66-2.70.32982070.31573909X-RAY DIFFRACTION99.47
2.7-2.750.3362270.32333815X-RAY DIFFRACTION99.26
2.75-2.790.28362220.30693832X-RAY DIFFRACTION99.41
2.79-2.850.29072100.2873815X-RAY DIFFRACTION99.06
2.85-2.90.30452030.27163903X-RAY DIFFRACTION99.3
2.9-2.960.26732110.2653818X-RAY DIFFRACTION98.8
2.96-3.020.26092010.26643819X-RAY DIFFRACTION98.94
3.02-3.090.25992110.25383863X-RAY DIFFRACTION99.08
3.09-3.170.23871670.24513876X-RAY DIFFRACTION99.07
3.17-3.260.26541770.24493884X-RAY DIFFRACTION99.24
3.26-3.350.24241930.24673901X-RAY DIFFRACTION99.49
3.35-3.460.23722070.23563859X-RAY DIFFRACTION99.36
3.46-3.580.21331880.21263883X-RAY DIFFRACTION99.51
3.58-3.730.21181990.19523918X-RAY DIFFRACTION99.37
3.73-3.90.1832260.19163818X-RAY DIFFRACTION99.68
3.9-4.10.17841800.18523903X-RAY DIFFRACTION99.88
4.1-4.360.16851910.16763905X-RAY DIFFRACTION99.85
4.36-4.70.15672300.1573885X-RAY DIFFRACTION99.88
4.7-5.170.16872230.1693898X-RAY DIFFRACTION99.69
5.17-5.920.1812330.17993827X-RAY DIFFRACTION99.41
5.92-7.450.18361730.18233955X-RAY DIFFRACTION99.3
7.45-59.090.16271810.16183945X-RAY DIFFRACTION99.21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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