PDB-7om6: Thosea asigna virus RdRP domain in complex with RNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7om6

タイトル

Thosea asigna virus RdRP domain in complex with RNA

要素

RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')
RNA-dependent RNA polymerase

キーワード

VIRAL PROTEIN / RdRP / polymerase

機能・相同性

RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA/RNA polymerase superfamily / ATP binding / metal ion binding / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / RNA / RNA-dependent RNA polymerase

機能・相同性情報

生物種

Thosea asigna virus (ウイルス)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Ferrero, D.S. / Falqui, M. / Verdaguer, N.

資金援助

スペイン, 2件

引用

ジャーナル: Viruses / 年: 2021
タイトル: Snapshots of a Non-Canonical RdRP in Action.
著者: Ferrero, D.S. / Falqui, M. / Verdaguer, N.

履歴

登録	2021年5月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7om6.cif.gz	352.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7om6.ent.gz	227.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7om6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7om6_validation.pdf.gz	363.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7om6_full_validation.pdf.gz	379.6 KB	表示
XML形式データ	7om6_validation.xml.gz	51.7 KB	表示
CIF形式データ	7om6_validation.cif.gz	74.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/7om6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/7om6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7om2C 7om7C 7om9C 7omaC 4xhiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7om7-2 7oma-1 4xhi-d 5cx6-d 7om7-1 5cyr-d 7om2-d 2z6x-d 1e61-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RNA-dependent RNA polymerase

B: RNA-dependent RNA polymerase

C: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')

D: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')

E: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')

F: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*UP*U)-3')

ヘテロ分子

164 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.636, 204.028, 70.076
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.190, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	RNA-dependent RNA polymerase 分子量: 77110.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thosea asigna virus (ウイルス) / 遺伝子: RdRp / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6A562
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(PAPAPAPUPUPU)-3') 分子量: 2495.545 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M sodium acetate pH4.6, 0.25M (NH4)SO4, 26% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97895 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97895 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.18→49.3 Å / Num. obs: 94404 / % possible obs: 99.03 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 41.68 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 14.15
反射シェル	解像度: 2.18→2.26 Å / Num. unique obs: 9474 / CC_1/2: 0.737

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XHI

4xhi

解像度: 2.18→49.3 Å / SU ML: 0.2823 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.3438
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2412	4523	4.81 %
R_work	0.2287	89431	-
obs	0.2293	93954	99.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.18→49.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10013	588	14	555	11170

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0117	10895
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.6416	14861
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0891	1665
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0062	1811
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.5191	4133

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.18-2.2	0.3508	150	0.3716	2954	X-RAY DIFFRACTION	98.35
2.2-2.23	0.3618	122	0.3548	2965	X-RAY DIFFRACTION	98.82
2.23-2.26	0.3366	155	0.3396	3014	X-RAY DIFFRACTION	98.51
2.26-2.29	0.3955	143	0.3165	2911	X-RAY DIFFRACTION	98.8
2.29-2.32	0.3618	159	0.3238	2955	X-RAY DIFFRACTION	98.7
2.32-2.35	0.3036	138	0.3286	3034	X-RAY DIFFRACTION	98.51
2.35-2.38	0.3614	135	0.3085	2930	X-RAY DIFFRACTION	98.74
2.38-2.42	0.3114	146	0.3067	3009	X-RAY DIFFRACTION	98.72
2.42-2.46	0.3006	141	0.3104	2935	X-RAY DIFFRACTION	98.75
2.46-2.5	0.3307	141	0.2899	2971	X-RAY DIFFRACTION	97.43
2.5-2.54	0.2633	163	0.2914	2919	X-RAY DIFFRACTION	98.47
2.54-2.58	0.3009	160	0.2922	2963	X-RAY DIFFRACTION	99.27
2.58-2.63	0.293	156	0.2822	2980	X-RAY DIFFRACTION	99.46
2.63-2.69	0.2793	181	0.2819	2977	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.69-2.75	0.2686	165	0.2791	2982	X-RAY DIFFRACTION	99.27
2.75-2.81	0.3279	156	0.2887	2990	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.81-2.88	0.2844	134	0.2881	2983	X-RAY DIFFRACTION	99.46
2.88-2.96	0.3136	171	0.2674	2975	X-RAY DIFFRACTION	99.15
2.96-3.05	0.2191	144	0.2716	2958	X-RAY DIFFRACTION	98.41
3.05-3.14	0.2506	135	0.2423	2990	X-RAY DIFFRACTION	98.55
3.14-3.26	0.2685	148	0.2441	3008	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.26-3.39	0.2604	152	0.2382	2983	X-RAY DIFFRACTION	99.62
3.39-3.54	0.2462	155	0.2317	3010	X-RAY DIFFRACTION	99.5
3.54-3.73	0.2246	162	0.2086	2988	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.73-3.96	0.2255	130	0.1966	2995	X-RAY DIFFRACTION	99.27
3.96-4.27	0.2021	138	0.1783	3015	X-RAY DIFFRACTION	98.72
4.27-4.7	0.18	177	0.1716	2998	X-RAY DIFFRACTION	99.78
4.7-5.37	0.2002	147	0.1788	3016	X-RAY DIFFRACTION	99.72
5.37-6.77	0.1767	154	0.1969	2988	X-RAY DIFFRACTION	99.21
6.77-49.3	0.1891	165	0.1696	3035	X-RAY DIFFRACTION	99.5

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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