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- PDB-7okc: Crystal structure of Escherichia coli LpxA in complex with compound 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7okc
タイトルCrystal structure of Escherichia coli LpxA in complex with compound 1
要素Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
キーワードTRANSFERASE / ACYLTRANSFERASE / FATTY ACIDS / LIPID A / LEFT-HANDED PARALLEL BETA-HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase activity / lipid A biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP N-acetylglucosamine O-acyltransferase, C-terminal / UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase, C-terminal domain superfamily / Udp N-acetylglucosamine O-acyltransferase; Domain 2 / Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VFE / Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Ryan, M.D. / Parkes, A.L. / Southey, M. / Andersen, O.A. / Zahn, M. / Barker, J. / DeJonge, B.L.M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of Novel UDP- N -Acetylglucosamine Acyltransferase (LpxA) Inhibitors with Activity against Pseudomonas aeruginosa .
著者: Ryan, M.D. / Parkes, A.L. / Corbett, D. / Dickie, A.P. / Southey, M. / Andersen, O.A. / Stein, D.B. / Barbeau, O.R. / Sanzone, A. / Thommes, P. / Barker, J. / Cain, R. / Compper, C. / Dejob, ...著者: Ryan, M.D. / Parkes, A.L. / Corbett, D. / Dickie, A.P. / Southey, M. / Andersen, O.A. / Stein, D.B. / Barbeau, O.R. / Sanzone, A. / Thommes, P. / Barker, J. / Cain, R. / Compper, C. / Dejob, M. / Dorali, A. / Etheridge, D. / Evans, S. / Faulkner, A. / Gadouleau, E. / Gorman, T. / Haase, D. / Holbrow-Wilshaw, M. / Krulle, T. / Li, X. / Lumley, C. / Mertins, B. / Napier, S. / Odedra, R. / Papadopoulos, K. / Roumpelakis, V. / Spear, K. / Trimby, E. / Williams, J. / Zahn, M. / Keefe, A.D. / Zhang, Y. / Soutter, H.T. / Centrella, P.A. / Clark, M.A. / Cuozzo, J.W. / Dumelin, C.E. / Deng, B. / Hunt, A. / Sigel, E.A. / Troast, D.M. / DeJonge, B.L.M.
履歴
登録2021年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Data collection
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
改定 1.22021年10月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8523
ポリマ－28,3991
非ポリマー4532
水3,351186
1
A: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
ヘテロ分子

A: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
ヘテロ分子

A: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5579
ポリマ－85,1983
非ポリマー1,3596
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z+1/2,-x+1/2,-y1
crystal symmetry operation12_554-y+1/2,-z,x-1/21
Buried area6690 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area29400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.086, 96.086, 96.086
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1260-

HOH

21A-1285-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine acyltransferase


分子量: 28399.287 Da / 分子数: 1 / 断片: full-length protein / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLysS
参照: UniProt: C3TPH2, acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-VFE / 2-[2-(2-chlorophenyl)sulfanylethanoyl-[[4-(1,2,4-triazol-1-yl)phenyl]methyl]amino]-N-methyl-ethanamide


分子量: 429.923 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H20ClN5O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.34 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 1.8 M NaH2PO4 / Na2HPO4 pH 6.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→67.94 Å / Num. obs: 25927 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.3 % / Biso Wilson estimate: 20.218 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.249 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.256 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 1.84→1.87 Å / 冗長度: 18.2 % / Rmerge(I) obs: 2.704 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1274 / CC1/2: 0.687 / Rpim(I) all: 0.65 / Rrim(I) all: 2.782 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
REFMAC5.8.0222精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JF3

2jf3


解像度: 1.84→67.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 5.887 / SU ML: 0.087 / SU R Cruickshank DPI: 0.1215 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2176 1267 4.9 %RANDOM
Rwork0.1734 ---
obs0.1755 24607 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.72 Å2 / Biso mean: 27.521 Å2 / Biso min: 16.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.84→67.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1991 0 30 186 2207
Biso mean--31.53 34.45 -
残基数----264
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0142063
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171855
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5931.6672795
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9751.6484331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2155265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.48121.524105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.71115329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6661515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2277
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022424
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02391
LS精密化 シェル解像度: 1.841→1.888 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 77 -
Rwork0.256 1805 -
all-1882 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.0088 Å / Origin y: -3.945 Å / Origin z: -5.2556 Å
111213212223313233
T0.0201 Å2-0.0098 Å20.0052 Å2-0.0369 Å2-0.0061 Å2--0.0199 Å2
L1.9129 °2-0.1843 °20.8533 °2-0.5772 °2-0.0874 °2--1.451 °2
S0.0089 Å °-0.0247 Å °0.0027 Å °-0.025 Å °-0.0106 Å °0.0928 Å °0.019 Å °-0.1994 Å °0.0016 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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