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- PDB-7ok2: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa LpxA in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ok2
タイトルCrystal structure of Pseudomonas aeruginosa LpxA in complex with compound 3
要素Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
キーワードTRANSFERASE / ACYLTRANSFERASE / FATTY ACIDS / LIPID A / LEFT-HANDED PARALLEL BETA-HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase activity / lipid A biosynthetic process / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP N-acetylglucosamine O-acyltransferase, C-terminal / UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase, C-terminal domain superfamily / Udp N-acetylglucosamine O-acyltransferase; Domain 2 / Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VFN / Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Ryan, M.D. / Parkes, A.L. / Southey, M. / Andersen, O.A. / Zahn, M. / Barker, J. / DeJonge, B.L.M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of Novel UDP- N -Acetylglucosamine Acyltransferase (LpxA) Inhibitors with Activity against Pseudomonas aeruginosa .
著者: Ryan, M.D. / Parkes, A.L. / Corbett, D. / Dickie, A.P. / Southey, M. / Andersen, O.A. / Stein, D.B. / Barbeau, O.R. / Sanzone, A. / Thommes, P. / Barker, J. / Cain, R. / Compper, C. / Dejob, ...著者: Ryan, M.D. / Parkes, A.L. / Corbett, D. / Dickie, A.P. / Southey, M. / Andersen, O.A. / Stein, D.B. / Barbeau, O.R. / Sanzone, A. / Thommes, P. / Barker, J. / Cain, R. / Compper, C. / Dejob, M. / Dorali, A. / Etheridge, D. / Evans, S. / Faulkner, A. / Gadouleau, E. / Gorman, T. / Haase, D. / Holbrow-Wilshaw, M. / Krulle, T. / Li, X. / Lumley, C. / Mertins, B. / Napier, S. / Odedra, R. / Papadopoulos, K. / Roumpelakis, V. / Spear, K. / Trimby, E. / Williams, J. / Zahn, M. / Keefe, A.D. / Zhang, Y. / Soutter, H.T. / Centrella, P.A. / Clark, M.A. / Cuozzo, J.W. / Dumelin, C.E. / Deng, B. / Hunt, A. / Sigel, E.A. / Troast, D.M. / DeJonge, B.L.M.
履歴
登録2021年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
2: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
3: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
4: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
A: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
B: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
C: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
D: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
E: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
F: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
G: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
H: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
I: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
J: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
K: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
L: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
M: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
N: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
O: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
P: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
Q: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
R: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
S: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
T: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
U: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
V: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
W: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
X: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
Y: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
Z: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)865,32591
ポリマ－849,93030
非ポリマー15,39461
水181
1
1: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
Y: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
Z: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5239
ポリマ－84,9933
非ポリマー1,5306
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7370 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area31050 Å2
手法PISA
2
2: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
3: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
4: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5239
ポリマ－84,9933
非ポリマー1,5306
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7380 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area31030 Å2
手法PISA
3
A: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
B: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
C: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,61910
ポリマ－84,9933
非ポリマー1,6267
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7700 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area31470 Å2
手法PISA
4
D: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
E: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
F: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5239
ポリマ－84,9933
非ポリマー1,5306
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7320 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area30920 Å2
手法PISA
5
G: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
H: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
I: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5239
ポリマ－84,9933
非ポリマー1,5306
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7370 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area31110 Å2
手法PISA
6
J: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
K: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
L: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5239
ポリマ－84,9933
非ポリマー1,5306
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7320 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area31360 Å2
手法PISA
7
M: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
N: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
O: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5239
ポリマ－84,9933
非ポリマー1,5306
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7350 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area31340 Å2
手法PISA
8
P: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
Q: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
R: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5239
ポリマ－84,9933
非ポリマー1,5306
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7360 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area31150 Å2
手法PISA
9
S: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
T: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
U: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5239
ポリマ－84,9933
非ポリマー1,5306
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7490 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area30950 Å2
手法PISA
10
V: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
W: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
X: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5239
ポリマ－84,9933
非ポリマー1,5306
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7340 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area31340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)247.292, 367.650, 372.076
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 ...
Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine acyltransferase


分子量: 28331.010 Da / 分子数: 30 / 断片: full-length protein / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain PA7) (バクテリア)
株: PA7 / 遺伝子: lpxA, PSPA7_1495 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLysS
参照: UniProt: A6V1E4, acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
#2: 化合物...
ChemComp-VFN / ~{N}-[(5-azanyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)methyl]-2-(2-chlorophenyl)sulfanyl-~{N}-[(4-cyanophenyl)methyl]ethanamide


分子量: 413.881 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H16ClN5O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.06 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 / 詳細: 1.6 M (NH4)2SO4, 10% 1,4-Dioxane, 0.1 M MES pH 6.7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→49.58 Å / Num. obs: 374109 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 94.52 Å2 / CC1/2: 0.925 / Rmerge(I) obs: 0.593 / Rpim(I) all: 0.368 / Net I/σ(I): 3.4
反射 シェル解像度: 2.89→2.94 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 3.259 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 18008 / CC1/2: 0.14 / Rpim(I) all: 2.18 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DEM

5dem


解像度: 2.89→49.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU R Cruickshank DPI: 0.373 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.343 / SU Rfree Blow DPI: 0.256 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.267
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 18696 5 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.194 373887 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 190.21 Å2 / Biso mean: 71.14 Å2 / Biso min: 29.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.5758 Å20 Å20 Å2
2--9.5167 Å20 Å2
3----4.9409 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.89→49.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数59220 0 995 1 60216
Biso mean--74.45 54.51 -
残基数----7740
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d20670SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes10920HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it61504HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion8040SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact75039SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d61504HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg83466HARMONIC21.26
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.78
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.49
LS精密化 シェル解像度: 2.89→2.91 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 374 5 %
Rwork0.2444 7104 -
all0.247 7478 -
obs--90.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1830.48460.5872.69671.27071.3804-0.0537-0.1289-0.15140.02130.03820.16050.21990.12820.01550.0063-0.00550.0123-0.2240.0352-0.0125-16.753-153.07193.3737
21.1004-0.03440.11412.1439-0.19681.811-0.03550.3885-0.0554-0.37920.1526-0.1325-0.2589-0.0953-0.11710.0156-0.00270.0614-0.07790.0483-0.2261-5.9987-31.954518.506
31.00410.57870.7031.46140.68322.723-0.00960.02250.1525-0.002-0.0610.2609-0.1082-0.03280.0706-0.09410.032-0.0948-0.1123-0.0324-0.0268-64.3145-62.399739.4839
41.54710.02-0.0072.0976-0.53422.397-0.00420.40990.0859-0.2195-0.12940.34080.0094-0.32250.1336-0.1140.0871-0.1809-0.034-0.0225-0.1944-34.8493-29.235128.8907
51.70010.15390.35551.26520.01550.56410.10760.14580.0865-0.1212-0.0575-0.106-0.0868-0.0034-0.05010.03690.027-0.0649-0.04010.0046-0.1731-40.3048-61.746720.2621
600.0193-0.021700.012500.0010.01540.01180.0031-0.0038-0.02750.0038-0.00430.00280.13550.0228-0.0301-0.20550.01220.0862-1.4869-70.965753.9254
71.88380.5007-0.66421.711-0.07831.09310.08430.4547-0.1163-0.29660.025-0.0064-0.02240.1422-0.10930.00940.06250.0811-0.0274-0.0638-0.220333.4123-55.88916.7959
80.7377-0.55190.32031.6905-0.43472.2894-0.0866-0.0477-0.1351-0.03090.01840.11020.0772-0.14460.0682-0.0327-0.022-0.0766-0.1362-0.0377-0.0772-51.8867-88.689429.5573
90.1238-0.07830.02880.107-0.01070.1441-0.00130.08290.0043-0.0594-0.02080.0352-0.0099-0.00010.02210.1509-0.0052-0.0147-0.2334-0.0325-0.0069-3.659-70.909454.7283
102.4882-0.3465-0.920.87870.25052.1701-0.11730.24760.2685-0.27650.00120.0224-0.2372-0.06990.11610.0573-0.0145-0.033-0.22480.1181-0.111427.4255-27.29926.0967
110.0527-0.0084-0.0441.81660.72841.7663-0.09710.14530.12490.02620.0198-0.1556-0.06160.14570.0773-0.01940.00350.1343-0.07420.0071-0.06247.9926-86.238725.5452
121.3418-0.11890.09161.636-0.76572.56820.02310.22530.1224-0.0163-0.0165-0.4235-0.08010.3359-0.0065-0.1509-0.06750.1153-0.1666-0.02620.030153.4156-41.19134.7628
130.91210.2367-0.20210.4055-0.47251.5453-0.06780.0333-0.201-0.0797-0.002-0.18760.148-0.01430.06980.00940.03120.1313-0.1509-0.04130.012142.8804-114.69335.7377
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151.849-0.3792-0.45951.04940.36320.76590.0060.20090.071-0.2140.04270.14940.051-0.0882-0.04870.05950.01150.0874-0.0934-0.0444-0.133122.1757-100.86117.7898
161.5025-0.5035-0.79111.560.49731.14020.0533-0.162-0.10430.093-0.0812-0.22780.00820.22530.0279-0.06910.0273-0.0105-0.16280.05410.045973.1511-112.49389.9518
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182.217-0.2758-0.16960.94420.01070.84570.08190.0707-0.0912-0.1139-0.0507-0.12040.2322-0.1099-0.03120.01940.03040.0123-0.25140.02240.037854.6785-132.63776.1129
192.5253-0.8158-0.26441.1913-0.00921.00340.0250.2727-0.0391-0.331-0.07380.29120.2145-0.18810.04880.0195-0.0559-0.1947-0.1413-0.0278-0.0967-79.4361-79.550665.3903
201.1112-0.0185-0.10681.87310.08710.4805-0.04940.16160.1151-0.07970.1038-0.18780.15260.1875-0.0544-0.0615-0.02120.0044-0.1565-0.01270.03575.3672-37.525474.4552
211.487-0.15120.45421.1549-0.42071.36710.0166-0.0036-0.00730.2071-0.01610.32770.1618-0.3321-0.0004-0.067-0.0670.0413-0.1858-0.00890.0461-83.9942-80.152295.7201
222.25950.26710.2430.84560.29090.75410.11360.16270.1178-0.2106-0.0999-0.1426-0.1544-0.0485-0.01380.0024-0.030.0604-0.17930.05230.00656.4775-18.272759.7285
231.3668-0.334-0.60852.02280.80393.3617-0.14170.2439-0.3318-0.21010.05040.21860.1878-0.13910.0914-0.0492-0.1156-0.0778-0.29-0.0581-0.0051-29.5934-127.66137.7259
241.0122-0.16860.20082.036-1.35341.4212-0.0275-0.16960.18820.1010.06080.0254-0.1532-0.1934-0.0332-0.04130.0595-0.0025-0.215-0.03870.0704-34.60185.919293.3626
251.47360.5835-1.12691.3751-0.73612.0568-0.141-0.09360.07670.00470.034-0.124-0.12310.03280.1071-0.0456-0.0466-0.0091-0.237-0.01770.060662.3212-14.265589.5507
260.8129-0.2832-0.18592.42741.00681.0059-0.03550.38470.2603-0.42790.07360.19620.025-0.195-0.0381-0.006-0.0465-0.12020.05740.0068-0.2389-23.2024-104.08719.1878
270.4611-0.0965-0.28212.56540.17420.8441-0.0102-0.037-0.0973-0.02590.07470.14890.0718-0.1828-0.0645-0.0504-0.0743-0.0109-0.18680.00790.0732-42.1305-142.82779.589
282.421-1.51940.44223.4899-0.23670.74790.1195-0.00130.1865-0.1889-0.0440.1204-0.20750.1155-0.0754-0.0487-0.04060.0437-0.2701-0.00830.0166-8.796711.496877.7856
291.38240.42330.71381.1740.45122.09640.02460.2253-0.1834-0.411-0.151-0.16980.15390.09290.12640.06130.03970.1258-0.1502-0.0942-0.1178-1.0869-123.61327.264
301.42330.76930.0141.6476-0.34121.09720.08430.1557-0.19730.0051-0.0945-0.15590.14610.06790.0102-0.0112-0.00440.0493-0.1367-0.0535-0.0563-16.829-147.93763.1417
310.9433-0.2736-0.26392.8519-0.00251.1536-0.1050.22710.2402-0.1370.07530.0507-0.1063-0.09420.0297-0.01560.0459-0.0628-0.17320.0463-0.0505-33.37180.085263.3517
321.7545-0.47981.09220.8156-0.04262.4202-0.00380.13980.4451-0.2939-0.02870.0048-0.23020.13950.03250.06830.07480.0157-0.27980.0899-0.0288-13.3925-9.118537.5724
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ 4|* }41 - 258
2X-RAY DIFFRACTION2{ N|* }N1 - 258
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|* }A1 - 258
4X-RAY DIFFRACTION4{ O|* }O1 - 258
5X-RAY DIFFRACTION5{ B|* }B1 - 258
6X-RAY DIFFRACTION6{ 6|* }61 - 30
7X-RAY DIFFRACTION7{ P|* }P1 - 258
8X-RAY DIFFRACTION8{ C|* }C1 - 258
9X-RAY DIFFRACTION9{ 7|* }71 - 31
10X-RAY DIFFRACTION10{ Q|* }Q1 - 258
11X-RAY DIFFRACTION11{ D|* }D1 - 258
12X-RAY DIFFRACTION12{ R|* }R1 - 258
13X-RAY DIFFRACTION13{ E|* }E1 - 258
14X-RAY DIFFRACTION14{ S|* }S1 - 258
15X-RAY DIFFRACTION15{ F|* }F1 - 258
16X-RAY DIFFRACTION16{ T|* }T1 - 258
17X-RAY DIFFRACTION17{ G|* }G1 - 258
18X-RAY DIFFRACTION18{ U|* }U1 - 258
19X-RAY DIFFRACTION19{ H|* }H1 - 258
20X-RAY DIFFRACTION20{ V|* }V1 - 258
21X-RAY DIFFRACTION21{ I|* }I1 - 258
22X-RAY DIFFRACTION22{ W|* }W1 - 258
23X-RAY DIFFRACTION23{ J|* }J1 - 258
24X-RAY DIFFRACTION24{ 1|* }11 - 258
25X-RAY DIFFRACTION25{ X|* }X1 - 258
26X-RAY DIFFRACTION26{ K|* }K1 - 258
27X-RAY DIFFRACTION27{ 2|* }21 - 258
28X-RAY DIFFRACTION28{ Y|* }Y1 - 258
29X-RAY DIFFRACTION29{ L|* }L1 - 258
30X-RAY DIFFRACTION30{ 3|* }31 - 258
31X-RAY DIFFRACTION31{ Z|* }Z1 - 258
32X-RAY DIFFRACTION32{ M|* }M1 - 258

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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