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- PDB-7ok6: Crystal structure of UNC119B in complex with LCK peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ok6
タイトルCrystal structure of UNC119B in complex with LCK peptide
要素
  • LCK peptide
  • Protein unc-119 homolog B
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Trafficking / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Trafficking of myristoylated proteins to the cilium / ciliary transition zone / lipoprotein transport / cilium assembly / cilium / nervous system development / lipid binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
GMP phosphodiesterase, delta subunit / GMP phosphodiesterase, delta subunit superfamily / GMP-PDE, delta subunit / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / Protein unc-119 homolog B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.949 Å
データ登録者Yelland, T. / Ismail, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Cancer Research UK
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: The Structural and Biochemical Characterization of UNC119B Cargo Binding and Release Mechanisms.
著者: Yelland, T. / Garcia, E. / Samarakoon, Y. / Ismail, S.
履歴
登録2021年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年11月30日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_type / citation ...atom_type / citation / citation_author / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
HHH: Protein unc-119 homolog B
AAA: Protein unc-119 homolog B
BBB: LCK peptide
CCC: LCK peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,51410
ポリマ－47,8314
非ポリマー6836
水3,189177
1
HHH: Protein unc-119 homolog B
BBB: LCK peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1443
ポリマ－23,9162
非ポリマー2281
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1530 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area8790 Å2
手法PISA
2
AAA: Protein unc-119 homolog B
CCC: LCK peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3707
ポリマ－23,9162
非ポリマー4555
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area8820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.083, 67.004, 106.691
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 HHHAAABBBCCC

#1: タンパク質 Protein unc-119 homolog B


分子量: 22923.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UNC119B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A6NIH7
#2: タンパク質・ペプチド LCK peptide


分子量: 992.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 183分子

#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30 % w/v PEG 4,000, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M CaCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91589 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91589 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.949→56.742 Å / Num. obs: 29562 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.949→2 Å / Num. unique obs: 2145 / CC1/2: 0.91

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6H6A

6h6a


解像度: 1.949→56.742 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 4.393 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.149 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2239 1477 5.007 %
Rwork0.1815 28022 -
all0.184 --
obs-29499 99.865 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 32.072 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.963 Å20 Å20 Å2
2--3.657 Å20 Å2
3----1.693 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.949→56.742 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2862 0 43 177 3082
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0133036
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0172768
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5941.6624086
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.291.5776400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0875354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.40820.513195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.88815500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0121531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2384
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023401
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02748
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.2488
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2020.22635
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.21388
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0910.21487
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2147
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0580.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0650.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1780.211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1990.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1370.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0420.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7343.1851413
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7333.1831412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0674.7541768
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.0664.7561769
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5123.5261623
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5123.5281624
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4025.1592318
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.4015.1622319
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.24235.6953179
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.22735.5473155
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.949-20.2661120.24120020.24221460.7820.80198.50890.214
2-2.0550.2991000.23320030.23621040.8520.8599.95250.206
2.055-2.1140.2661050.22719400.22920480.8680.87499.85350.201
2.114-2.1790.2621270.20818240.21219520.8820.89599.94880.184
2.179-2.2510.282930.19318360.19719300.8860.9299.94820.168
2.251-2.3290.231930.19117680.19318610.930.9251000.164
2.329-2.4170.223890.19517180.19718080.9170.92399.94470.168
2.417-2.5160.205820.17716390.17917210.9380.9371000.154
2.516-2.6270.255930.17915870.18416800.9310.9421000.156
2.627-2.7550.231640.17615290.17915930.9370.9451000.156
2.755-2.9040.209640.17214700.17415340.9430.951000.152
2.904-3.080.248620.16813750.17114370.9280.9551000.15
3.08-3.2920.213640.1812880.18213520.9340.951000.163
3.292-3.5540.19750.17512020.17612770.9550.9571000.164
3.554-3.8920.176540.16611250.16611790.9680.9651000.155
3.892-4.3490.179610.14410110.14610720.9680.9721000.14
4.349-5.0170.189460.1499150.159610.9560.9691000.143
5.017-6.1320.255440.1937890.1978330.9520.9571000.183
6.132-8.6220.242270.2056220.2066490.9430.9561000.194
8.622-56.7420.285220.2273780.2314010.9440.94299.75060.215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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