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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ok7 | ||||||
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Title | Crystal structure of the UNC119B ARL3 complex | ||||||
![]() |
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![]() | PROTEIN TRANSPORT / Complex / g-protein | ||||||
Function / homology | ![]() Trafficking of myristoylated proteins to the cilium / Trafficking of myristoylated proteins to the cilium / photoreceptor cell development / protein localization to ciliary membrane / intraciliary transport / post-Golgi vesicle-mediated transport / ciliary transition zone / photoreceptor connecting cilium / Golgi to plasma membrane transport / lipoprotein transport ...Trafficking of myristoylated proteins to the cilium / Trafficking of myristoylated proteins to the cilium / photoreceptor cell development / protein localization to ciliary membrane / intraciliary transport / post-Golgi vesicle-mediated transport / ciliary transition zone / photoreceptor connecting cilium / Golgi to plasma membrane transport / lipoprotein transport / smoothened signaling pathway / small GTPase-mediated signal transduction / cytoplasmic microtubule / axoneme / mitotic cytokinesis / cilium assembly / ciliary basal body / kidney development / spindle microtubule / cilium / GDP binding / microtubule cytoskeleton / protein transport / nervous system development / midbody / microtubule binding / Golgi membrane / GTPase activity / centrosome / lipid binding / GTP binding / Golgi apparatus / magnesium ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yelland, T. / Ismail, S. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: The Structural and Biochemical Characterization of UNC119B Cargo Binding and Release Mechanisms. Authors: Yelland, T. / Garcia, E. / Samarakoon, Y. / Ismail, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Download
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-Validation report
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Data in XML | ![]() | 76.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 96.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7ok6C ![]() 4gojS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
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Components
-Protein , 2 types, 12 molecules ABCDEFGHIJKL
#1: Protein | Mass: 20728.662 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: ARL3 small g-protein / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 21610.197 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 45 molecules ![](data/chem/img/GNP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
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![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-GNP / #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | ChemComp-PO4 / #6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.98 Å3/Da / Density % sol: 58.75 % |
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Crystal grow | Temperature: 279 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 1.00 M Ammonium di-hydrogen phosphate, 0.1M Tris PH7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 24, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91587 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.15→74.82 Å / Num. obs: 50733 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.7 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 0.114 |
Reflection shell | Resolution: 3.15→3.23 Å / Num. unique obs: 3702 / CC1/2: 0.782 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4goj Resolution: 3.15→74.82 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 27.2 / Stereochemistry target values: ML
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.15→74.82 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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