+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ok7 | ||||||
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Title | Crystal structure of the UNC119B ARL3 complex | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN TRANSPORT / Complex / g-protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information Trafficking of myristoylated proteins to the cilium / Trafficking of myristoylated proteins to the cilium / photoreceptor cell development / protein localization to ciliary membrane / ciliary transition zone / intraciliary transport / post-Golgi vesicle-mediated transport / photoreceptor connecting cilium / Golgi to plasma membrane transport / protein localization to cilium ...Trafficking of myristoylated proteins to the cilium / Trafficking of myristoylated proteins to the cilium / photoreceptor cell development / protein localization to ciliary membrane / ciliary transition zone / intraciliary transport / post-Golgi vesicle-mediated transport / photoreceptor connecting cilium / Golgi to plasma membrane transport / protein localization to cilium / lipoprotein transport / smoothened signaling pathway / small GTPase-mediated signal transduction / axoneme / mitotic cytokinesis / cilium assembly / cytoplasmic microtubule / ciliary basal body / kidney development / spindle microtubule / cilium / GDP binding / microtubule cytoskeleton / protein transport / nervous system development / midbody / microtubule binding / Golgi membrane / GTPase activity / centrosome / lipid binding / GTP binding / Golgi apparatus / magnesium ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.15 Å | ||||||
Authors | Yelland, T. / Ismail, S. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2021 Title: The Structural and Biochemical Characterization of UNC119B Cargo Binding and Release Mechanisms. Authors: Yelland, T. / Garcia, E. / Samarakoon, Y. / Ismail, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7ok7.cif.gz | 868.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7ok7.ent.gz | 731 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7ok7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/7ok7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/7ok7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7ok6C 4gojS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
-Components
-Protein , 2 types, 12 molecules ABCDEFGHIJKL
#1: Protein | Mass: 20728.662 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: ARL3 small g-protein / Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Arl3 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9WUL7 #2: Protein | Mass: 21610.197 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: UNC119B / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A6NIH7 |
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-Non-polymers , 6 types, 45 molecules
#3: Chemical | ChemComp-GNP / #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | ChemComp-PO4 / #6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.98 Å3/Da / Density % sol: 58.75 % |
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Crystal grow | Temperature: 279 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 1.00 M Ammonium di-hydrogen phosphate, 0.1M Tris PH7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.91587 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 24, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91587 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.15→74.82 Å / Num. obs: 50733 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.7 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 0.114 |
Reflection shell | Resolution: 3.15→3.23 Å / Num. unique obs: 3702 / CC1/2: 0.782 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4goj Resolution: 3.15→74.82 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 27.2 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.15→74.82 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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