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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7ok7 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of the UNC119B ARL3 complex | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN TRANSPORT / Complex / g-protein | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationTrafficking of myristoylated proteins to the cilium / Trafficking of myristoylated proteins to the cilium / photoreceptor cell development / protein localization to ciliary membrane / intraciliary transport / post-Golgi vesicle-mediated transport / ciliary transition zone / photoreceptor connecting cilium / Golgi to plasma membrane transport / lipoprotein transport ...Trafficking of myristoylated proteins to the cilium / Trafficking of myristoylated proteins to the cilium / photoreceptor cell development / protein localization to ciliary membrane / intraciliary transport / post-Golgi vesicle-mediated transport / ciliary transition zone / photoreceptor connecting cilium / Golgi to plasma membrane transport / lipoprotein transport / smoothened signaling pathway / small GTPase-mediated signal transduction / mitotic cytokinesis / axoneme / cilium assembly / cytoplasmic microtubule / spindle microtubule / kidney development / GDP binding / nervous system development / protein transport / midbody / microtubule binding / cilium / ciliary basal body / Golgi membrane / GTPase activity / lipid binding / centrosome / GTP binding / magnesium ion binding / Golgi apparatus / nucleoplasm / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.15 Å | ||||||
Authors | Yelland, T. / Ismail, S. | ||||||
| Funding support | 1items
| ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2021Title: The Structural and Biochemical Characterization of UNC119B Cargo Binding and Release Mechanisms. Authors: Yelland, T. / Garcia, E. / Samarakoon, Y. / Ismail, S. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7ok7.cif.gz | 868.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7ok7.ent.gz | 731 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7ok7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7ok7_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7ok7_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | |
| Data in XML | 7ok7_validation.xml.gz | 76.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 7ok7_validation.cif.gz | 96.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/7ok7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/7ok7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7ok6C ![]() 4gojS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
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Components
-Protein , 2 types, 12 molecules ABCDEFGHIJKL
| #1: Protein | Mass: 20728.662 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: ARL3 small g-protein / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 21610.197 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: UNC119B / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 6 types, 45 molecules 










| #3: Chemical | ChemComp-GNP / #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | ChemComp-PO4 / #6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.98 Å3/Da / Density % sol: 58.75 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 279 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 1.00 M Ammonium di-hydrogen phosphate, 0.1M Tris PH7.5 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.91587 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 24, 2019 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.91587 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.15→74.82 Å / Num. obs: 50733 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.7 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 0.114 |
| Reflection shell | Resolution: 3.15→3.23 Å / Num. unique obs: 3702 / CC1/2: 0.782 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4goj Resolution: 3.15→74.82 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 27.2 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.15→74.82 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
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PDBj












