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Yorodumi- PDB-3m8y: Phosphopentomutase from Bacillus cereus after glucose-1,6-bisphos... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3m8y | ||||||
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Title | Phosphopentomutase from Bacillus cereus after glucose-1,6-bisphosphate activation | ||||||
Components | Phosphopentomutase | ||||||
Keywords | ISOMERASE / alkaline phosphatase like core domain / di-metallo catalytic center / manganese binding / manganese / metal-binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information phosphopentomutase / phosphopentomutase activity / cellular metabolic compound salvage / 5-phosphoribose 1-diphosphate biosynthetic process / deoxyribonucleotide catabolic process / manganese ion binding / magnesium ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus cereus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Panosian, T.D. / Nannemann, D.P. / Watkins, G. / Wadzinski, B. / Bachmann, B.O. / Iverson, T.M. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2011 Title: Bacillus cereus Phosphopentomutase Is an Alkaline Phosphatase Family Member That Exhibits an Altered Entry Point into the Catalytic Cycle. Authors: Panosian, T.D. / Nannemann, D.P. / Watkins, G.R. / Phelan, V.V. / McDonald, W.H. / Wadzinski, B.E. / Bachmann, B.O. / Iverson, T.M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3m8y.cif.gz | 491.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3m8y.ent.gz | 420.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3m8y.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/3m8y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/3m8y | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3m8wC 3m8zC 3ot9C 3m90 C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 44591.305 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus cereus (bacteria) / Strain: ATCC 14579 / Gene: BC_4087, deoB / Plasmid: pET28(+) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: Q818Z9, phosphopentomutase |
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-Non-polymers , 5 types, 778 molecules
#2: Chemical | ChemComp-MN / #3: Chemical | ChemComp-ACT / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.27 % |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. all: 82224 / Num. obs: 75463 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 16.5 Å2 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 14.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.18 Å / Redundancy: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 5869 / Rsym value: 0.257 / % possible all: 71.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 8.536 / SU ML: 0.105 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.166 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 96.05 Å2 / Biso mean: 32.2849 Å2 / Biso min: 10 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Xplor file |
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