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- PDB-7ojg: CRYO-EM STRUCTURE OF UNDECAMERIC SLYB FROM ESCHERICHIA COLI K12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ojg
タイトルCRYO-EM STRUCTURE OF UNDECAMERIC SLYB FROM ESCHERICHIA COLI K12
要素Outer membrane lipoprotein slyB
キーワードMEMBRANE PROTEIN / OUTER MEMBRANE CHAPERONE / 2TM GLYCINE ZIPPER / OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN SLYB / LPS-LP BINDING PROTEIN
機能・相同性Glycine zipper 2TM domain / : / Glycine zipper 2TM domain / outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Chem-L8Z / Chem-LPP / PALMITIC ACID / Outer membrane lipoprotein slyB
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Nguyen, V.S. / Remaut, H.
資金援助 ベルギー, 4件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)G0G0818N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G0H5916N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)FWOTM903 ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)12ZM421N ベルギー
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: SlyB encapsulates outer membrane proteins in stress-induced lipid nanodomains
著者: Janssens, A. / Nguyen, V.S. / Cecil, A.J. / Van der Verren, S.E. / Timmerman, E. / Deghelt, M. / Pak, A.J. / Collet, J.F. / Impens, F. / Remaut, H.
履歴
登録2021年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane lipoprotein slyB
B: Outer membrane lipoprotein slyB
C: Outer membrane lipoprotein slyB
D: Outer membrane lipoprotein slyB
E: Outer membrane lipoprotein slyB
F: Outer membrane lipoprotein slyB
G: Outer membrane lipoprotein slyB
H: Outer membrane lipoprotein slyB
I: Outer membrane lipoprotein slyB
J: Outer membrane lipoprotein slyB
K: Outer membrane lipoprotein slyB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,47877
ポリマ－171,75011
非ポリマー38,72866
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
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d_7ens_1chain "G"
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d_9ens_1chain "I"
d_10ens_1chain "J"
d_11ens_1chain "K"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
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d_1116ens_1PO4PO4K
d_1117ens_1PEFPEFK

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要素

#1: タンパク質
Outer membrane lipoprotein slyB


分子量: 15613.606 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 株: 2002017 / 遺伝子: slyB, SFxv_1871 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2AGE2
#2: 化合物...
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID


分子量: 256.424 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-L8Z / (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(~{E},3~{R})-3-dodecanoyloxytetradec-5-enoyl]amino]-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-3-oxidanyl-5-[[(~{E},3~{R})-3-oxidanyltetradec-11-enoyl]amino]-4-[(~{E},3~{R})-3-oxidanyltetradec-5-enoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-3-phosphonooxy-4-[(~{E},3~{R})-3-tetradecanoyloxytetradec-7-enoyl]oxy-oxan-2-yl]methoxy]-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid


分子量: 2010.478 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C102H182N2O32P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-LPP / 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE / 1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / L-B,G-DIPALMITOYL-A-PHOSPHATIDIC ACID DISODIUM SALT / 3-SN-PHOSPHATIDIC ACID / 1,2-DIPALMITOYLDISODIUM SALT


分子量: 648.891 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H69O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Outer membrane lipoprotein SlyB / タイプ: COMPLEX
詳細: Undecameric SlyB was purified from overexpression of SlyB-TEV-HIS in E. coli using using 2-step Ni-IMAC purification.
Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.20 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 細胞内の位置: Outer membrane
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pASK-IBA
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
220 mMtris(hydroxymethyl)aminomethaneTris1
30.03 %N-Dodecyl-beta-MaltosideDDM1
試料濃度: 0.04 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 詳細: Back-blotting for 4 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.55 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 61 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6352

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1crYOLO1.7粒子像選択using a trained model
2SerialEM3.8.2画像取得
4RELION3.1CTF補正Particle extraction, 3D classification, and 3D reconstruction
5CTFFIND4CTF補正CTF estimation
6MotionCorr21.3CTF補正Motion correction
7PHENIXCTF補正Refinement, Auto_sharpen, geometry optimisation
8Coot0.8.9CTF補正Model building and editing
9UCSF Chimera1.15CTF補正Map manipulation and display
10PyMOL2.2CTF補正Display
11SerialEMCTF補正Image acquisition
14Cootモデルフィッティング
16PHENIXモデル精密化using phenix.real_space_refine
19RELION3.1分類
20RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C11 (11回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 145472 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 35 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
精密化最高解像度: 3.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 67.35 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.005513310
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.90217567
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05161925
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00452112
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.74943014
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2BELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000703917175021
ens_1d_3AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000696495008482
ens_1d_4DELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000711661665346
ens_1d_5EELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000712126139912
ens_1d_6FELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000703715699321
ens_1d_7GELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000710836961203
ens_1d_8HELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000713851392781
ens_1d_9IELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000719233127718
ens_1d_10JELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000710845295032
ens_1d_11KELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000709802556083

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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