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- EMDB-12950: Cryo-EM structure of undecameric SlyB from Escherichia coli K12 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12950
タイトルCryo-EM structure of undecameric SlyB from Escherichia coli K12
マップデータ
試料
  • 複合体: Outer membrane lipoprotein SlyB
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane lipoprotein slyB
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: GLYCEROL
  • リガンド: (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(~{E},3~{R})-3-dodecanoyloxytetradec-5-enoyl]amino]-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-3-oxidanyl-5-[[(~{E},3~{R})-3-oxidanyltetradec-11-enoyl]amino]-4-[(~{E},3~{R})-3-oxidanyltetradec-5-enoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-3-phosphonooxy-4-[(~{E},3~{R})-3-tetradecanoyloxytetradec-7-enoyl]oxy-oxan-2-yl]methoxy]-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid
  • リガンド: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE
キーワードOUTER MEMBRANE CHAPERONE / 2TM GLYCINE ZIPPER / OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN SLYB / LPS-LP BINDING PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性: / Glycine zipper 2TM domain / Glycine zipper 2TM domain / outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Outer membrane lipoprotein slyB
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Nguyen VS / Remaut H
資金援助 ベルギー, 4件
OrganizationGrant number国
Research Foundation - Flanders (FWO)G0G0818N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G0H5916N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)FWOTM903 ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)12ZM421N ベルギー
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: SlyB encapsulates outer membrane proteins in stress-induced lipid nanodomains
著者: Janssens A / Nguyen VS / Cecil AJ / Van der Verren SE / Timmerman E / Deghelt M / Pak AJ / Collet JF / Impens F / Remaut H
履歴
登録2021年5月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月3日-
マップ公開2022年8月3日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_12950.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12950.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.78 Å/pix.
x 288 pix.
= 225.792 Å		0.78 Å/pix.
x 288 pix.
= 225.792 Å		0.78 Å/pix.
x 288 pix.
= 225.792 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.784 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0085
最小 - 最大-0.025585115 - 0.04726879
平均 (標準偏差)0.00013731938 (±0.0019468331)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 225.79199 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Outer membrane lipoprotein SlyB

全体名称: Outer membrane lipoprotein SlyB
要素
  • 複合体: Outer membrane lipoprotein SlyB
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane lipoprotein slyB
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: GLYCEROL
  • リガンド: (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(~{E},3~{R})-3-dodecanoyloxytetradec-5-enoyl]amino]-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-3-oxidanyl-5-[[(~{E},3~{R})-3-oxidanyltetradec-11-enoyl]amino]-4-[(~{E},3~{R})-3-oxidanyltetradec-5-enoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-3-phosphonooxy-4-[(~{E},3~{R})-3-tetradecanoyloxytetradec-7-enoyl]oxy-oxan-2-yl]methoxy]-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid
  • リガンド: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE

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超分子 #1: Outer membrane lipoprotein SlyB

超分子名称: Outer membrane lipoprotein SlyB / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Undecameric SlyB was purified from overexpression of SlyB-TEV-HIS in E. coli using using 2-step Ni-IMAC purification.
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 細胞中の位置: Outer membrane
分子量理論値: 200 KDa

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分子 #1: Outer membrane lipoprotein slyB

分子名称: Outer membrane lipoprotein slyB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 株: 2002017
分子量理論値: 15.613606 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MIKRVLVVSM VGLSLVGCVN NDTLSGDVYT ASEAKQVQNV SYGTIVNVRP VQIQGGDDSN VIGAIGGAVL GGFLGNTVGG GTGRSLATA AGAVAGGVAG QGVQSAMNKT QGVELEIRKD DGNTIMVVQK QGNTRFSPGQ RVVLASNGSQ VTVSPR

UniProtKB: Outer membrane lipoprotein slyB

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分子 #2: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 33 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

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分子 #3: GLYCEROL

分子名称: GLYCEROL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 11 / 式: GOL
分子量理論値: 92.094 Da
Chemical component information

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

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分子 #4: (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[[...

分子名称: (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(~{E},3~{R})-3-dodecanoyloxytetradec-5-enoyl]amino]-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-3- ...名称: (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(~{E},3~{R})-3-dodecanoyloxytetradec-5-enoyl]amino]-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-3-oxidanyl-5-[[(~{E},3~{R})-3-oxidanyltetradec-11-enoyl]amino]-4-[(~{E},3~{R})-3-oxidanyltetradec-5-enoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-3-phosphonooxy-4-[(~{E},3~{R})-3-tetradecanoyloxytetradec-7-enoyl]oxy-oxan-2-yl]methoxy]-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 11 / 式: L8Z
分子量理論値: 2.010478 KDa
Chemical component information

ChemComp-L8Z:
(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(~{E},3~{R})-3-dodecanoyloxytetradec-5-enoyl]amino]-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-3-oxidanyl-5-[[(~{E},3~{R})-3-oxidanyltetradec-11-enoyl]amino]-4-[(~{E},3~{R})-3-oxidanyltetradec-5-enoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-3-phosphonooxy-4-[(~{E},3~{R})-3-tetradecanoyloxytetradec-7-enoyl]oxy-oxan-2-yl]methoxy]-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid

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分子 #5: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE

分子名称: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 11 / 式: LPP
分子量理論値: 648.891 Da
Chemical component information

ChemComp-LPP:
2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE / ジパルミトイルホスファチジン酸 / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.04 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMTristris(hydroxymethyl)aminomethane
0.03 %DDMN-Dodecyl-beta-Maltoside
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: Back-blotting for 4 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6352 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 61.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.55 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: AB INITIO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C11 (11回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 145472
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 35
得られたモデル

PDB-7ojg:
CRYO-EM STRUCTURE OF UNDECAMERIC SLYB FROM ESCHERICHIA COLI K12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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