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- PDB-7oj6: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa LpxA in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oj6
タイトルCrystal structure of Pseudomonas aeruginosa LpxA in complex with compound 1
要素Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
キーワードTRANSFERASE / ACYLTRANSFERASE / FATTY ACIDS / LIPID A / LEFT-HANDED PARALLEL BETA-HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase activity / lipid A biosynthetic process / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP N-acetylglucosamine O-acyltransferase, C-terminal / UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase, C-terminal domain superfamily / Udp N-acetylglucosamine O-acyltransferase; Domain 2 / Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-VFE / Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Ryan, M.D. / Parkes, A.L. / Southey, M. / Andersen, O.A. / Zahn, M. / Barker, J. / DeJonge, B.L.M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of Novel UDP- N -Acetylglucosamine Acyltransferase (LpxA) Inhibitors with Activity against Pseudomonas aeruginosa .
著者: Ryan, M.D. / Parkes, A.L. / Corbett, D. / Dickie, A.P. / Southey, M. / Andersen, O.A. / Stein, D.B. / Barbeau, O.R. / Sanzone, A. / Thommes, P. / Barker, J. / Cain, R. / Compper, C. / Dejob, ...著者: Ryan, M.D. / Parkes, A.L. / Corbett, D. / Dickie, A.P. / Southey, M. / Andersen, O.A. / Stein, D.B. / Barbeau, O.R. / Sanzone, A. / Thommes, P. / Barker, J. / Cain, R. / Compper, C. / Dejob, M. / Dorali, A. / Etheridge, D. / Evans, S. / Faulkner, A. / Gadouleau, E. / Gorman, T. / Haase, D. / Holbrow-Wilshaw, M. / Krulle, T. / Li, X. / Lumley, C. / Mertins, B. / Napier, S. / Odedra, R. / Papadopoulos, K. / Roumpelakis, V. / Spear, K. / Trimby, E. / Williams, J. / Zahn, M. / Keefe, A.D. / Zhang, Y. / Soutter, H.T. / Centrella, P.A. / Clark, M.A. / Cuozzo, J.W. / Dumelin, C.E. / Deng, B. / Hunt, A. / Sigel, E.A. / Troast, D.M. / DeJonge, B.L.M.
履歴
登録2021年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
B: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
C: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,24031
ポリマ－84,9933
非ポリマー2,24728
水9,782543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9400 Å2
ΔGint-261 kcal/mol
Surface area30490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.170, 167.170, 98.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 258 / Label seq-ID: 4 - 261

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13BB
23CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine acyltransferase


分子量: 28331.010 Da / 分子数: 3 / 断片: full-length protein / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain PA7) (バクテリア)
株: PA7 / 遺伝子: lpxA, PSPA7_1495 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS
参照: UniProt: A6V1E4, acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-VFE / 2-[2-(2-chlorophenyl)sulfanylethanoyl-[[4-(1,2,4-triazol-1-yl)phenyl]methyl]amino]-N-methyl-ethanamide


分子量: 429.923 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H20ClN5O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.6 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 1.5 M NH4Cl, 0.1 M Na Acetate pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→59.52 Å / Num. obs: 114341 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 29.032 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 1.84→1.87 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.718 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4717 / CC1/2: 0.593 / Rpim(I) all: 0.564 / Rrim(I) all: 0.921 / % possible all: 80.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DEM

5dem


解像度: 1.84→59.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 5.022 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1975 5793 5.1 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.1724 108534 97.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 143.78 Å2 / Biso mean: 45.042 Å2 / Biso min: 23.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.11 Å2-0 Å20 Å2
2---1.11 Å20 Å2
3---2.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.84→59.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5922 0 121 543 6586
Biso mean--39.61 45.96 -
残基数----774
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0340.0196205
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0150.025905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6891.9468413
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.132313496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8585783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.14522.491281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.79215979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5331559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1770.2924
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.027262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.021542
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A312240.07
12B312240.07
21A310540.08
22C310540.08
31B309520.08
32C309520.08
LS精密化 シェル解像度: 1.84→1.888 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 329 -
Rwork0.366 6777 -
all-7106 -
obs--82.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5620.9773-0.9341.42660.03951.33820.035-0.1878-0.41020.144-0.0313-0.05910.15560.0113-0.00370.0349-0-0.03250.0231-0.01350.21941.4424.44324.867
23.20410.0182-1.50091.4598-0.19241.8709-0.01650.3931-0.0162-0.095900.2225-0.0123-0.37130.01650.02770.0135-0.0330.0849-0.0280.1821-13.11351.74321.862
33.40921.1235-1.04682.0399-0.76941.83780.0678-0.40070.01370.5294-0.0930.0582-0.1298-0.06440.02520.17330.0111-0.03470.0757-0.03420.1556.81347.0445.267
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 258
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 258
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 258

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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