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万見
- PDB-7oiu: Inner Membrane Complex (IMC) protomer structure (TrwM/VirB3, TrwK... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oiu
タイトルInner Membrane Complex (IMC) protomer structure (TrwM/VirB3, TrwK/VirB4, TrwG/VirB8tails) from the fully-assembled R388 type IV secretion system determined by cryo-EM.
要素
  • TrwG protein
  • TrwK protein
  • TrwM protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / type IV secretion system / type 4 secretion system / T4SS / IMC / inner membrane complex / inner membrane / arches / periplasmic / R388 plasmid / conjugation / bacterial secretion / secretion / secretion system / protein complex / VirB3 / VirB4 / VirB8 / TrwM / TrwK / TrwG
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type IV secretion system / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Type IV secretion system, VirB3 / TrbD / AvhB / Type IV secretory pathway, VirB3-like protein / CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system, central domain / CagE, TrbE, VirB family, component of type IV transporter system / CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system / TraG, P-loop domain / TraG P-loop domain / Type IV secretion system protein VirB8/PtlE / Bacterial virulence protein VirB8 / VirB8 protein ...Type IV secretion system, VirB3 / TrbD / AvhB / Type IV secretory pathway, VirB3-like protein / CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system, central domain / CagE, TrbE, VirB family, component of type IV transporter system / CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system / TraG, P-loop domain / TraG P-loop domain / Type IV secretion system protein VirB8/PtlE / Bacterial virulence protein VirB8 / VirB8 protein / NTF2-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
TrwM protein / Type IV secretion system protein virB4 / TrwG protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Mace, K. / Vadakkepat, A.K. / Lukoyanova, N. / Waksman, G.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Wellcome Trust098302 英国
Wellcome Trust217089 英国
Wellcome Trust202679/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust206166/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of a type IV secretion system.
著者: Kévin Macé / Abhinav K Vadakkepat / Adam Redzej / Natalya Lukoyanova / Clasien Oomen / Nathalie Braun / Marta Ukleja / Fang Lu / Tiago R D Costa / Elena V Orlova / David Baker / Qian Cong / ...著者: Kévin Macé / Abhinav K Vadakkepat / Adam Redzej / Natalya Lukoyanova / Clasien Oomen / Nathalie Braun / Marta Ukleja / Fang Lu / Tiago R D Costa / Elena V Orlova / David Baker / Qian Cong / Gabriel Waksman /
要旨: Bacterial conjugation is the fundamental process of unidirectional transfer of DNAs, often plasmid DNAs, from a donor cell to a recipient cell. It is the primary means by which antibiotic resistance ...Bacterial conjugation is the fundamental process of unidirectional transfer of DNAs, often plasmid DNAs, from a donor cell to a recipient cell. It is the primary means by which antibiotic resistance genes spread among bacterial populations. In Gram-negative bacteria, conjugation is mediated by a large transport apparatus-the conjugative type IV secretion system (T4SS)-produced by the donor cell and embedded in both its outer and inner membranes. The T4SS also elaborates a long extracellular filament-the conjugative pilus-that is essential for DNA transfer. Here we present a high-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of a 2.8 megadalton T4SS complex composed of 92 polypeptides representing 8 of the 10 essential T4SS components involved in pilus biogenesis. We added the two remaining components to the structural model using co-evolution analysis of protein interfaces, to enable the reconstitution of the entire system including the pilus. This structure describes the exceptionally large protein-protein interaction network required to assemble the many components that constitute a T4SS and provides insights on the unique mechanism by which they elaborate pili.
履歴
登録2021年5月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: TrwM protein
A: TrwK protein
B: TrwK protein
D: TrwG protein
E: TrwG protein
F: TrwG protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)277,2326
ポリマ－277,2326
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area15540 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area77270 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 TrwM protein


分子量: 12292.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: R388 plasmid / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trwM
プラスミド: pBADM11_trwN/virB1-trwE/virB10Strep_rbstrwD/virB11_rbsHistrwB/virD4
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O50329
#2: タンパク質 TrwK protein


分子量: 93769.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: R388 plasmid / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trwK
プラスミド: pBADM11_trwN/virB1-trwE/virB10Strep_rbstrwD/virB11_rbsHistrwB/virD4
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O50330
#3: タンパク質 TrwG protein


分子量: 25799.994 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: R388 plasmid / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trwG
プラスミド: pBADM11_trwN/virB1-trwE/virB10Strep_rbstrwD/virB11_rbsHistrwB/virD4
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O50335

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Type IV secretion system complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 2.808 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: R388 plasmid
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
プラスミド: pBADM11_trwN/virB1-trwE/virB10Strep_rbstrwD/virB11_rbsHistrwB /virD4
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER
撮影電子線照射量: 57.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 566815 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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