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- PDB-7ohi: FCHO1-peptide-AP2 alpha ear complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ohi
タイトルFCHO1-peptide-AP2 alpha ear complex
要素
  • AP-2 complex subunit alpha-2
  • F-BAR domain only protein 1
キーワードENDOCYTOSIS / clathrin-mediated endocytosis (CME) / protein recycling / plasma membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Retrograde neurotrophin signalling / AP-2 adaptor complex binding / VLDLR internalisation and degradation / Recycling pathway of L1 / AP-2 adaptor complex / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization ...LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Retrograde neurotrophin signalling / AP-2 adaptor complex binding / VLDLR internalisation and degradation / Recycling pathway of L1 / AP-2 adaptor complex / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / clathrin coat assembly / clathrin adaptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / membrane coat / clathrin-dependent endocytosis / MHC class II antigen presentation / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / protein serine/threonine kinase binding / clathrin-coated pit / vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / phosphatidylinositol binding / secretory granule / intracellular protein transport / cytoplasmic side of plasma membrane / kinase binding / disordered domain specific binding / synaptic vesicle / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of T cell activation / Clathrin-mediated endocytosis / T cell receptor signaling pathway / cytoplasmic vesicle / postsynapse / protein domain specific binding / protein-containing complex binding / protein kinase binding / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
F-BAR domain only protein 1 / FCHo1, F-BAR domain / Muniscin C-terminal / Muniscin C-terminal mu homology domain / Clathrin adaptor, alpha-adaptin, appendage, C-terminal subdomain / Adaptor protein complex AP-2, alpha subunit / Alpha adaptin AP2, C-terminal domain / Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain ...F-BAR domain only protein 1 / FCHo1, F-BAR domain / Muniscin C-terminal / Muniscin C-terminal mu homology domain / Clathrin adaptor, alpha-adaptin, appendage, C-terminal subdomain / Adaptor protein complex AP-2, alpha subunit / Alpha adaptin AP2, C-terminal domain / Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / AH/BAR domain superfamily / TBP domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
F-BAR domain only protein 1 / AP-2 complex subunit alpha-2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Zaccai, N.R. / Kelly, B.T. / Evans, P.R. / Owen, D.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust207455/Z/17/Z 英国
引用
ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: FCHO controls AP2's initiating role in endocytosis through a PtdIns(4,5)P-dependent switch.
著者: Nathan R Zaccai / Zuzana Kadlecova / Veronica Kane Dickson / Kseniya Korobchevskaya / Jan Kamenicky / Oleksiy Kovtun / Perunthottathu K Umasankar / Antoni G Wrobel / Jonathan G G Kaufman / ...著者: Nathan R Zaccai / Zuzana Kadlecova / Veronica Kane Dickson / Kseniya Korobchevskaya / Jan Kamenicky / Oleksiy Kovtun / Perunthottathu K Umasankar / Antoni G Wrobel / Jonathan G G Kaufman / Sally R Gray / Kun Qu / Philip R Evans / Marco Fritzsche / Filip Sroubek / Stefan Höning / John A G Briggs / Bernard T Kelly / David J Owen / Linton M Traub /
要旨: Clathrin-mediated endocytosis (CME) is the main mechanism by which mammalian cells control their cell surface proteome. Proper operation of the pivotal CME cargo adaptor AP2 requires membrane- ...Clathrin-mediated endocytosis (CME) is the main mechanism by which mammalian cells control their cell surface proteome. Proper operation of the pivotal CME cargo adaptor AP2 requires membrane-localized Fer/Cip4 homology domain-only proteins (FCHO). Here, live-cell enhanced total internal reflection fluorescence-structured illumination microscopy shows that FCHO marks sites of clathrin-coated pit (CCP) initiation, which mature into uniform-sized CCPs comprising a central patch of AP2 and clathrin corralled by an FCHO/Epidermal growth factor potential receptor substrate number 15 (Eps15) ring. We dissect the network of interactions between the FCHO interdomain linker and AP2, which concentrates, orients, tethers, and partially destabilizes closed AP2 at the plasma membrane. AP2's subsequent membrane deposition drives its opening, which triggers FCHO displacement through steric competition with phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate, clathrin, cargo, and CME accessory factors. FCHO can now relocate toward a CCP's outer edge to engage and activate further AP2s to drive CCP growth/maturation.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V.
履歴
登録2021年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AP-2 complex subunit alpha-2
B: F-BAR domain only protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3298
ポリマ－30,6542
非ポリマー6766
水3,639202
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1900 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area13780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.168, 145.487, 88.808
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1004-

SO4

21A-1004-

SO4

31A-1171-

HOH

41A-1293-

HOH

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要素

#1: タンパク質 AP-2 complex subunit alpha-2 / 100 kDa coated vesicle protein C / Adaptor protein complex AP-2 subunit alpha-2 / Adaptor-related ...100 kDa coated vesicle protein C / Adaptor protein complex AP-2 subunit alpha-2 / Adaptor-related protein complex 2 subunit alpha-2 / Alpha-adaptin C / Alpha2-adaptin / Clathrin assembly protein complex 2 alpha-C large chain / Plasma membrane adaptor HA2/AP2 adaptin alpha C subunit


分子量: 28048.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ap2a2, Adtab / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (plysS) / 参照: UniProt: P17427
#2: タンパク質・ペプチド F-BAR domain only protein 1


分子量: 2605.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14526
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.1 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6M Magnesium sulfate heptahydrate 0.1M MES pH 6.5. The crystal were subsequently cryo-protected with ~20% glycerol final.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→47.6 Å / Num. obs: 73320 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 18.81 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.41→1.43 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 2.81 / Mean I/σ(I) obs: 0.2 / Num. unique obs: 2558 / CC1/2: 0.253 / Rpim(I) all: 1.157 / Rrim(I) all: 3.054 / % possible all: 63.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
PHENIX1.19rc1_4016精密化
DIALS2.2.4データ削減
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1b9k

1b9k


解像度: 1.41→44.4 Å / SU ML: 0.2342 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.9259
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2154 3608 5.06 %
Rwork0.1965 67757 -
obs0.1975 71365 93.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.41→44.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2084 0 37 202 2323
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00612180
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90532959
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0732328
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064388
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.47290
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.41-1.430.4299570.48231079X-RAY DIFFRACTION39
1.43-1.450.4311660.49651441X-RAY DIFFRACTION52.11
1.45-1.470.44611060.44471897X-RAY DIFFRACTION69.19
1.47-1.490.4541290.44892201X-RAY DIFFRACTION79.9
1.49-1.510.38551660.38612464X-RAY DIFFRACTION90.66
1.51-1.540.35891540.34392642X-RAY DIFFRACTION95.43
1.54-1.570.30361440.31412752X-RAY DIFFRACTION99.01
1.57-1.590.29911390.27042743X-RAY DIFFRACTION99.65
1.59-1.620.26761440.24222779X-RAY DIFFRACTION99.9
1.62-1.660.24621400.2352767X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.690.26161640.23042776X-RAY DIFFRACTION100
1.69-1.730.22881460.22182755X-RAY DIFFRACTION100
1.73-1.780.26411300.21982812X-RAY DIFFRACTION99.9
1.78-1.820.25081550.23072757X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.880.25231590.2272762X-RAY DIFFRACTION100
1.88-1.940.23071540.21762779X-RAY DIFFRACTION99.97
1.94-2.010.18451410.18962794X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.090.21681480.18972802X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.180.19021390.18782804X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.30.20261320.1962813X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.440.24351590.19682805X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.630.19491610.19112804X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.90.19971530.18822819X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.310.24231160.19392860X-RAY DIFFRACTION100
3.32-4.180.16241370.15482893X-RAY DIFFRACTION100
4.18-44.40.19051690.17142957X-RAY DIFFRACTION99.52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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