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- PDB-7ohf: Cryo-EM structure of pyrococcus furiosus apoferritin in nanofluid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ohf
タイトルCryo-EM structure of pyrococcus furiosus apoferritin in nanofluidic channels
要素Ferritin
キーワードMETAL TRANSPORT / Iron Storage
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ferritin, prokaryotic-type / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Huber, S.T. / Sarajlic, E. / Huijink, R. / Evers, W.H. / Jakobi, A.J.
資金援助European Union, オランダ, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)852880European Union
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)NWO.STU.018-2.007 オランダ
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Nanofluidic chips for cryo-EM structure determination from picoliter sample volumes.
著者: Stefan T Huber / Edin Sarajlic / Roeland Huijink / Felix Weis / Wiel H Evers / Arjen J Jakobi /
要旨: Cryogenic electron microscopy has become an essential tool for structure determination of biological macromolecules. In practice, the difficulty to reliably prepare samples with uniform ice thickness ...Cryogenic electron microscopy has become an essential tool for structure determination of biological macromolecules. In practice, the difficulty to reliably prepare samples with uniform ice thickness still represents a barrier for routine high-resolution imaging and limits the current throughput of the technique. We show that a nanofluidic sample support with well-defined geometry can be used to prepare cryo-EM specimens with reproducible ice thickness from picoliter sample volumes. The sample solution is contained in electron-transparent nanochannels that provide uniform thickness gradients without further optimisation and eliminate the potentially destructive air-water interface. We demonstrate the possibility to perform high-resolution structure determination with three standard protein specimens. Nanofabricated sample supports bear potential to automate the cryo-EM workflow, and to explore new frontiers for cryo-EM applications such as time-resolved imaging and high-throughput screening.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Nanofluidic chips for cryo-EM structure determination from picoliter sample volumes
著者: Huber, S.T. / Sarajlic, E. / Huijink, R. / Weis, F. / Evers, W.H. / Jakobi, A.J.
履歴
登録2021年5月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年7月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN / _em_3d_fitting_list.accession_code ..._citation.journal_id_ISSN / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - author_defined_assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-12901
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12901
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5351
ポリマ－20,5351
非ポリマー00
水00
1
A: Ferritin
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)492,84924
ポリマ－492,84924
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation23

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要素

#1: タンパク質 Ferritin


分子量: 20535.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌) / 遺伝子: PFC_02870 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I6V0I9

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 24-mer of pyrococcus furiosus apoferritin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.492 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMsodium chlorideNaCl1
220 mMtris(hydroxymethyl)aminomethaneTris1
試料濃度: 3.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: The sample was filled into nanofluidic channels.
試料支持グリッドの材料: SILICON NITRIDE / グリッドのタイプ: Homemade
急速凍結装置: LEICA PLUNGER / 凍結剤: ETHANE
詳細: The sample was filled into cryoChips through the cantilever and then transferred within ~10 seconds to the Leica plunger for freezing.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: -2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 63 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 948
画像スキャン動画フレーム数/画像: 90

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC3.1CTF補正
7UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
10cryoSPARC3.1最終オイラー角割当
11cryoSPARC3.1分類
12cryoSPARC3.1３次元再構成
13PHENIX1.13モデル精密化
14Coot0.8.9.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21238 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 2X17

2x17


Accession code: 2X17 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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