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万見
- PDB-7oh2: Crystal structure of FMNH2-dependent monooxygenase for oxidative ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oh2
タイトルCrystal structure of FMNH2-dependent monooxygenase for oxidative desulfurization of sulfoquinovose
要素Alkanesulfonate monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Flavin-dependent / monooxygenase / native
機能・相同性alkanesulfonate monooxygenase activity / : / alkanesulfonate catabolic process / Luciferase-like domain / Luciferase-like monooxygenase / Luciferase-like domain superfamily / Alkanesulfonate monooxygenase
機能・相同性情報
生物種Rhizobium oryzae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sharma, M. / Davies, G.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Leverhulme TrustRPG-2017-190 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Oxidative desulfurization pathway for complete catabolism of sulfoquinovose by bacteria.
著者: Sharma, M. / Lingford, J.P. / Petricevic, M. / Snow, A.J.D. / Zhang, Y. / Jarva, M.A. / Mui, J.W. / Scott, N.E. / Saunders, E.C. / Mao, R. / Epa, R. / da Silva, B.M. / Pires, D.E.V. / Ascher, ...著者: Sharma, M. / Lingford, J.P. / Petricevic, M. / Snow, A.J.D. / Zhang, Y. / Jarva, M.A. / Mui, J.W. / Scott, N.E. / Saunders, E.C. / Mao, R. / Epa, R. / da Silva, B.M. / Pires, D.E.V. / Ascher, D.B. / McConville, M.J. / Davies, G.J. / Williams, S.J. / Goddard-Borger, E.D.
履歴
登録2021年5月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkanesulfonate monooxygenase
B: Alkanesulfonate monooxygenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,9552
ポリマ－87,9552
非ポリマー00
水8,845491
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SEC MALS confirmed this enzyme exist as dimer in solution
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area25600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.164, 100.401, 104.653
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 385 / Label seq-ID: 1 - 385

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Alkanesulfonate monooxygenase / FMNH2 dependent monooxygenase


分子量: 43977.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium oryzae (バクテリア) / 遺伝子: SAMN02982989_5106 / プラスミド: pET29a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X7D696
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M NaNO3, 20% PEG 3350k, protein to mother liquor ratio 1:2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9119 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9119 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→72.45 Å / Num. obs: 59830 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.175 / Net I/σ(I): 12.7 / Num. measured all: 800731 / Scaling rejects: 833
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
1.9-1.9413.81.775199237740.8770.4981.843.6
9.11-72.4512.50.0879326370.9970.0240.08430.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: D_1292115543

解像度: 1.9→71.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 2.853 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1961 2773 4.6 %RANDOM
Rwork0.1673 ---
obs0.1686 56981 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.51 Å2 / Biso mean: 23.722 Å2 / Biso min: 15.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.49 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.96 Å20 Å2
3---2.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→71.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5550 0 0 491 6041
Biso mean---31.05 -
残基数----726
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0135687
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0175226
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5791.6447733
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4721.57412001
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5525726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.09620.845296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.59615878
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2731546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2745
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.026510
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021326
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 11571 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 208 -
Rwork0.217 4118 -
all-4326 -
obs--99.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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