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万見
- PDB-7og7: Crystal structure of the copper chaperone NosL from Shewanella de... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7og7
タイトルCrystal structure of the copper chaperone NosL from Shewanella denitrificans
要素NosL
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / copper chaperone
機能・相同性Nitrous oxide reductase accessory protein NosL / NosL / metal ion binding / ACETONITRILE / COPPER (I) ION / NosL
機能・相同性情報
生物種Shewanella denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Prasser, B. / Schoener, L. / Zhang, L. / Einsle, O.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)310656 ドイツ
German Research Foundation (DFG)235777276 ドイツ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: The Copper Chaperone NosL Forms a Heterometal Site for Cu Delivery to Nitrous Oxide Reductase.
著者: Prasser, B. / Schoner, L. / Zhang, L. / Einsle, O.
履歴
登録2021年5月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NosL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6548
ポリマ－20,3201
非ポリマー3347
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area840 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area7370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.066, 179.066, 179.066
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number210
Space group name H-MF4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-389-

HOH

21A-394-

HOH

31A-398-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 NosL


分子量: 20320.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella denitrificans (strain OS217 / ATCC BAA-1090 / DSM 15013) (バクテリア)
株: OS217 / ATCC BAA-1090 / DSM 15013 / 遺伝子: Sden_2215 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q12M31
#2: 化合物 ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CCN / ACETONITRILE


分子量: 41.052 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3N
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES buffer at pH 7.5 and 1.4 M trisodium citrate tribasic dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.28096 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28096 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→44.77 Å / Num. obs: 21586 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 76.6 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 35.3
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / Num. unique obs: 1322 / CC1/2: 0.431

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→44.767 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 20.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2216 1947 4.91 %
Rwork0.1941 37670 -
obs0.1954 21586 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 77.79 Å2 / Biso mean: 35.9209 Å2 / Biso min: 20.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→44.767 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1063 0 32 102 1197
Biso mean--54.46 41.64 -
残基数----134
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.8501-1.89630.29531300.32612662
1.8963-1.94760.32531750.29312699
1.9476-2.00490.27591530.27742654
2.0049-2.06960.26911350.25022701
2.0696-2.14360.26061340.22392705
2.1436-2.22940.22841180.20812691
2.2294-2.33090.24061280.19922696
2.3309-2.45380.19851310.19412692
2.4538-2.60750.27971270.19182689
2.6075-2.80880.21561430.20252713
2.8088-3.09140.20761610.21132666
3.0914-3.53860.23351480.1922690
3.5386-4.45760.16241250.14882697
4.4576-44.760.21231390.17252715

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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