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- PDB-7ofp: Apo Structure of Mu2 Adaptin Subunit (Ap50) Of AP2 Clathrin Adaptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ofp
タイトルApo Structure of Mu2 Adaptin Subunit (Ap50) Of AP2 Clathrin Adaptor
要素AP-2 complex subunit mu
キーワードENDOCYTOSIS / clathrin-mediated endocytosis (CME) / YxxPhi motif / Pi(4 / 5)P2 / protein recycling / plasma membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / Retrograde neurotrophin signalling / VLDLR internalisation and degradation / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / MHC class II antigen presentation / AP-2 adaptor complex ...Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / Retrograde neurotrophin signalling / VLDLR internalisation and degradation / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / MHC class II antigen presentation / AP-2 adaptor complex / regulation of vesicle size / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / Recycling pathway of L1 / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin adaptor activity / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / vesicle budding from membrane / clathrin-dependent endocytosis / signal sequence binding / low-density lipoprotein particle receptor binding / positive regulation of receptor internalization / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / synaptic vesicle endocytosis / negative regulation of protein localization to plasma membrane / clathrin-coated pit / intracellular protein transport / terminal bouton / receptor internalization / disordered domain specific binding / synaptic vesicle / cytoplasmic vesicle / protein-containing complex assembly / postsynapse / transmembrane transporter binding / lipid binding / glutamatergic synapse / synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mu2, C-terminal domain / AP-2 complex subunit mu, N-terminal / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / : / Adaptor complexes medium subunit family / AP complex, mu/sigma subunit / Clathrin adaptor complex small chain ...Mu2, C-terminal domain / AP-2 complex subunit mu, N-terminal / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / : / Adaptor complexes medium subunit family / AP complex, mu/sigma subunit / Clathrin adaptor complex small chain / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Longin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / AP-2 complex subunit mu
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Zaccai, N.R. / Kelly, B.T. / Evans, P.R. / Owen, D.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust207455/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: FCHO controls AP2's initiating role in endocytosis through a PtdIns(4,5)P-dependent switch.
著者: Nathan R Zaccai / Zuzana Kadlecova / Veronica Kane Dickson / Kseniya Korobchevskaya / Jan Kamenicky / Oleksiy Kovtun / Perunthottathu K Umasankar / Antoni G Wrobel / Jonathan G G Kaufman / ...著者: Nathan R Zaccai / Zuzana Kadlecova / Veronica Kane Dickson / Kseniya Korobchevskaya / Jan Kamenicky / Oleksiy Kovtun / Perunthottathu K Umasankar / Antoni G Wrobel / Jonathan G G Kaufman / Sally R Gray / Kun Qu / Philip R Evans / Marco Fritzsche / Filip Sroubek / Stefan Höning / John A G Briggs / Bernard T Kelly / David J Owen / Linton M Traub /
要旨: Clathrin-mediated endocytosis (CME) is the main mechanism by which mammalian cells control their cell surface proteome. Proper operation of the pivotal CME cargo adaptor AP2 requires membrane- ...Clathrin-mediated endocytosis (CME) is the main mechanism by which mammalian cells control their cell surface proteome. Proper operation of the pivotal CME cargo adaptor AP2 requires membrane-localized Fer/Cip4 homology domain-only proteins (FCHO). Here, live-cell enhanced total internal reflection fluorescence-structured illumination microscopy shows that FCHO marks sites of clathrin-coated pit (CCP) initiation, which mature into uniform-sized CCPs comprising a central patch of AP2 and clathrin corralled by an FCHO/Epidermal growth factor potential receptor substrate number 15 (Eps15) ring. We dissect the network of interactions between the FCHO interdomain linker and AP2, which concentrates, orients, tethers, and partially destabilizes closed AP2 at the plasma membrane. AP2's subsequent membrane deposition drives its opening, which triggers FCHO displacement through steric competition with phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate, clathrin, cargo, and CME accessory factors. FCHO can now relocate toward a CCP's outer edge to engage and activate further AP2s to drive CCP growth/maturation.
履歴
登録2021年5月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AP-2 complex subunit mu
B: AP-2 complex subunit mu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,53812
ポリマ－65,5172
非ポリマー1,02110
水4,900272
1
A: AP-2 complex subunit mu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5038
ポリマ－32,7581
非ポリマー7457
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: AP-2 complex subunit mu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0354
ポリマ－32,7581
非ポリマー2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.830, 123.830, 112.668
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 AP-2 complex subunit mu / AP-2 mu chain / Adaptor protein complex AP-2 subunit mu / Adaptor-related protein complex 2 subunit ...AP-2 mu chain / Adaptor protein complex AP-2 subunit mu / Adaptor-related protein complex 2 subunit mu / Clathrin assembly protein complex 2 mu medium chain / Clathrin coat assembly protein AP50 / Clathrin coat-associated protein AP50 / Mu2-adaptin / Plasma membrane adaptor AP-2 50 kDa protein


分子量: 32758.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ap2m1 / プラスミド: pmW / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (plysS) / 参照: UniProt: P84092
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.68 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein (10 mg/ml) and peptide (DVDEEGYSIKPETNQNDTKENHFYSS) (2mg/ml) were equilibrated against 1.5M Ammonium Sulphate 0.1M Hepes pH 7.0. Crystals were cryo-protected by soaking in mother ...詳細: Protein (10 mg/ml) and peptide (DVDEEGYSIKPETNQNDTKENHFYSS) (2mg/ml) were equilibrated against 1.5M Ammonium Sulphate 0.1M Hepes pH 7.0. Crystals were cryo-protected by soaking in mother liquor supplemented with 20% glycerol and peptide (peptide did not crystallise).
Temp details: Room Temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→77.68 Å / Num. obs: 74711 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 17.7 % / Biso Wilson estimate: 30.59 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.223 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.23 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.92→1.95 Å / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 6.379 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3642 / CC1/2: 0.44 / Rpim(I) all: 1.912 / Rrim(I) all: 6.664 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC1.19rc1_4016精密化
PHENIX1.19rc1_4016精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
STARANISOdata processing
autoPROCdata processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BXX

1bxx


解像度: 1.92→77.68 Å / SU ML: 0.2223 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.21 / 位相誤差: 23.7951
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2105 7527 5.11 %
Rwork0.188 139851 -
obs0.1892 74655 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→77.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4252 0 67 272 4591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01834404
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25415910
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0854647
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0116738
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.8311605
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.92-1.940.35042300.32634572X-RAY DIFFRACTION96.83
1.94-1.960.34843020.31664572X-RAY DIFFRACTION99.9
1.96-1.990.31872460.30294669X-RAY DIFFRACTION99.31
1.99-2.010.31532360.28714687X-RAY DIFFRACTION99.96
2.01-2.040.28132460.27584680X-RAY DIFFRACTION99.9
2.04-2.070.30682620.26914635X-RAY DIFFRACTION99.98
2.07-2.10.28652820.25774639X-RAY DIFFRACTION99.94
2.1-2.130.28423060.25024609X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.160.26512300.24834708X-RAY DIFFRACTION99.96
2.16-2.20.24972810.22994590X-RAY DIFFRACTION99.96
2.2-2.240.29312160.21724734X-RAY DIFFRACTION99.88
2.24-2.280.23412700.20684620X-RAY DIFFRACTION99.96
2.28-2.320.24292450.20224653X-RAY DIFFRACTION99.96
2.32-2.370.22611960.20754750X-RAY DIFFRACTION99.9
2.37-2.420.20073040.19394597X-RAY DIFFRACTION99.98
2.42-2.480.20142760.19834662X-RAY DIFFRACTION99.98
2.48-2.540.23052380.1854684X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.610.21521680.19124744X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.680.22062860.18874652X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.770.22462180.20144684X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.870.20452400.18154680X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.980.21212780.18214652X-RAY DIFFRACTION99.98
2.98-3.120.22512580.17844646X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.280.19582400.16894696X-RAY DIFFRACTION99.98
3.28-3.490.18212410.17074694X-RAY DIFFRACTION100
3.49-3.760.20241920.15654721X-RAY DIFFRACTION100
3.76-4.140.17652700.14974661X-RAY DIFFRACTION100
4.14-4.730.15912960.13734600X-RAY DIFFRACTION99.92
4.73-5.960.16542370.15984703X-RAY DIFFRACTION100
5.97-77.680.22052370.21974657X-RAY DIFFRACTION99.84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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