PDB-7oer: C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH N-(2,2-diphenylethyl)-1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oer

タイトル

C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH N-(2,2-diphenylethyl)-1,5-dimethyl-N-(2-(methylamino)-2-oxoethyl)-6-oxo-1,6-dihydropyridine-3-carboxamide

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD2 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 2 / ANTAGONIST

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.602 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of a Highly Selective BET BD2 Inhibitor from a DNA-Encoded Library Technology Screening Hit.
著者: Rianjongdee, F. / Atkinson, S.J. / Chung, C.W. / Grandi, P. / Gray, J.R.J. / Kaushansky, L.J. / Medeiros, P. / Messenger, C. / Phillipou, A. / Preston, A. / Prinjha, R.K. / Rioja, I. / Satz, ...

履歴

登録	2021年5月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oer.cif.gz	45.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oer.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oer.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7oer_validation.pdf.gz	781.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7oer_full_validation.pdf.gz	781.8 KB	表示
XML形式データ	7oer_validation.xml.gz	8.5 KB	表示
CIF形式データ	7oer_validation.cif.gz	11.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/7oer ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/7oer	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7oeoC 7oepC 7oesC 7oetC 7oe0 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7nqj-d 2yem-1 2dvv-d 5a7c-1 5o3g-1 5o3i-d 6e6j-5 5o39-d 3o6u-5 5o38-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.101, 52.536, 32.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 13432.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-VBH / N-(2,2-diphenylethyl)-1,5-dimethyl-N-[2-(methylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]-6-oxidanylidene-pyridine-3-carboxamide / N-(2,2-diphenylethyl)-1,5-dimethyl-N-(2-(methylamino)-2-oxoethyl)-6-oxo-1,6-dihydropyridine-3-carboxamide 分子量: 417.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₇N₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→52.54 Å / Num. obs: 15685 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 2.8 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.023 / Net I/σ(I): 26.9
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.155 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique obs: 1773 / CC_1/2: 0.629 / % possible all: 75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: in house structure

解像度: 1.602→29.725 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 1.557 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.179	772	4.969 %
R_work	0.1548	14764	-
all	0.156	-	-
obs	-	15536	93.326 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.415 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.111 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.384 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.273 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.602→29.725 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	910	0	35	179	1124

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	997
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	915
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.166	1.645	1345
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.242	1.63	2125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.783	5	115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.297	22.037	54
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.066	15	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.377	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	223
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	206
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.164	0.2	797
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	480
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	353
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.114	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.123	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.175	2.424	455
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.174	2.424	456
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.985	5.424	572
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.983	5.425	573
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.884	2.796	542
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.883	2.803	543
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.169	6.063	773
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.167	6.073	774
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.779	24.093	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.504	22.628	1164

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.602-1.643	0.264	39	0.228	762	0.229	1194	0.897	0.906	67.0854	0.193
1.643-1.688	0.259	49	0.233	917	0.234	1191	0.904	0.904	81.1083	0.189
1.688-1.737	0.202	62	0.191	930	0.192	1107	0.922	0.928	89.6116	0.154
1.737-1.79	0.173	62	0.182	1023	0.182	1131	0.951	0.949	95.9328	0.147
1.79-1.849	0.219	40	0.163	1027	0.165	1081	0.914	0.952	98.7049	0.133
1.849-1.913	0.239	63	0.172	953	0.176	1030	0.898	0.925	98.6408	0.145
1.913-1.985	0.238	29	0.161	980	0.163	1022	0.897	0.945	98.728	0.136
1.985-2.066	0.174	50	0.148	917	0.149	974	0.957	0.968	99.2813	0.126
2.066-2.157	0.176	47	0.14	886	0.142	943	0.956	0.973	98.9396	0.124
2.157-2.262	0.175	34	0.133	726	0.135	900	0.971	0.974	84.4444	0.114
2.262-2.384	0.147	48	0.135	796	0.136	855	0.973	0.974	98.7135	0.117
2.384-2.527	0.16	35	0.139	759	0.14	801	0.964	0.973	99.1261	0.122
2.527-2.7	0.145	37	0.129	739	0.13	786	0.973	0.976	98.7277	0.113
2.7-2.915	0.173	40	0.143	673	0.144	725	0.967	0.974	98.3448	0.128
2.915-3.19	0.156	39	0.147	612	0.148	660	0.971	0.973	98.6364	0.135
3.19-3.561	0.176	24	0.143	575	0.144	611	0.97	0.979	98.036	0.14
3.561-4.102	0.166	31	0.145	499	0.146	546	0.975	0.98	97.0696	0.148
4.102-5	0.186	16	0.151	435	0.152	463	0.969	0.979	97.4082	0.16
5-6.974	0.147	14	0.189	345	0.187	380	0.977	0.969	94.4737	0.193
6.974-29.725	0.188	13	0.186	210	0.186	244	0.96	0.969	91.3934	0.192

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)