PDB-7oep: C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 5-(1-(1,3-dimethoxyprop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oep

タイトル

C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 5-(1-(1,3-dimethoxypropan-2-yl)-5-morpholino-1H-benzo[d]imidazol-2-yl)-1,3-dimethylpyridin-2(1H)-one

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD2 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 2 / ANTAGONIST

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / : / histone reader activity / neural tube closure / nucleosome assembly / spermatogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.801 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of a Highly Selective BET BD2 Inhibitor from a DNA-Encoded Library Technology Screening Hit.
著者: Rianjongdee, F. / Atkinson, S.J. / Chung, C.W. / Grandi, P. / Gray, J.R.J. / Kaushansky, L.J. / Medeiros, P. / Messenger, C. / Phillipou, A. / Preston, A. / Prinjha, R.K. / Rioja, I. / Satz, ...

履歴

登録	2021年5月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oep.cif.gz	64.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oep.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oep.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7oep_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7oep_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7oep_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	7oep_validation.cif.gz	13.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/7oep ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/7oep	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7oeoC 7oerC 7oesC 7oetC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mqg-1 5mqg-2 3p1c-1 6alc-1 2r5x-1 6ffg-d 5w0q-d 7kpy-2 4kv4-d 3iwd-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

14.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.735, 53.152, 32.046
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 13432.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-NV2 / 5-[1-(1,3-dimethoxypropan-2-yl)-5-morpholin-4-yl-benzimidazol-2-yl]-1,3-dimethyl-pyridin-2-one / 5-(1-(1,3-dimethoxypropan-2-yl)-5-morpholino-1H-benzo[d]imidazol-2-yl)-1,3-dimethylpyridin-2(1H)-one 分子量: 426.509 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₃₀N₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→26.58 Å / Num. obs: 11665 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 2.9 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 20.2
反射シェル	解像度: 1.8→1.97 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.179 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 2773 / CC_1/2: 0.765 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: in house structure

解像度: 1.801→26.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.879 / SU B: 4.627 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.148 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.237	570	4.969 %
R_work	0.1734	10901	-
all	0.176	-	-
obs	-	11471	96.419 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.987 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.326 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.312 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.014 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.801→26.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	931	0	67	222	1220

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	977
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.346	1.656	1390
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.255	1.631	2272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.146	5	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.363	21.607	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.884	15	178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.699	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	221
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	227
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	878
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	495
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	393
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	131
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.228	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.96	1.703	461
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.956	1.695	460
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.675	3.805	578
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.676	3.819	579
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.317	2.07	580
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.316	2.07	581
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.199	4.394	812
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.197	4.394	813
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.848	17.911	1297
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.846	17.914	1298

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.801-1.847	0.231	42	0.128	806	X-RAY DIFFRACTION	98.6047
1.847-1.898	0.248	49	0.198	782	X-RAY DIFFRACTION	97.4209
1.898-1.953	0.233	27	0.2	747	X-RAY DIFFRACTION	97.604
1.953-2.013	0.407	51	0.221	744	X-RAY DIFFRACTION	98.513
2.013-2.078	0.221	37	0.215	704	X-RAY DIFFRACTION	96.9895
2.078-2.151	0.271	39	0.19	688	X-RAY DIFFRACTION	98.5095
2.151-2.232	0.206	40	0.174	659	X-RAY DIFFRACTION	97.7622
2.232-2.323	0.23	36	0.166	650	X-RAY DIFFRACTION	98
2.323-2.426	0.176	22	0.168	626	X-RAY DIFFRACTION	97.5904
2.426-2.544	0.323	29	0.161	603	X-RAY DIFFRACTION	96.9325
2.544-2.681	0.255	36	0.168	567	X-RAY DIFFRACTION	97.5728
2.681-2.843	0.293	32	0.167	524	X-RAY DIFFRACTION	97.0332
2.843-3.038	0.192	24	0.169	507	X-RAY DIFFRACTION	97.7901
3.038-3.281	0.207	21	0.154	489	X-RAY DIFFRACTION	96.5909
3.281-3.592	0.199	25	0.153	429	X-RAY DIFFRACTION	94.9791
3.592-4.012	0.175	21	0.149	382	X-RAY DIFFRACTION	91.3832
4.012-4.626	0.198	15	0.155	344	X-RAY DIFFRACTION	91.5816
4.626-5.649	0.24	11	0.184	293	X-RAY DIFFRACTION	91.018
5.649-7.92	0.293	10	0.201	225	X-RAY DIFFRACTION	86.3971
7.92-26	0.1	3	0.1	132	X-RAY DIFFRACTION	78.9474

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 32.7222 Å / Origin y: 10.0162 Å / Origin z: 0.5002 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0101 Å²	-0.0047 Å²	-0.0036 Å²	-	0.0411 Å²	-0.0033 Å²	-	-	0.0058 Å²
L	0.5649 °²	0.0465 °²	0.0989 °²	-	0.4558 °²	-0.0165 °²	-	-	0.0302 °²
S	0.0202 Å °	0.0059 Å °	-0.0138 Å °	-0.0166 Å °	-0.0097 Å °	0.0067 Å °	0.0106 Å °	-0.0007 Å °	-0.0105 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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