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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7odx
タイトルCyanophage S-2L Succinoaminodeoxyadenylate synthetase (PurZ) bound to dGMP and dATP as an energy donor
要素Succinoaminodeoxyadenylate synthetase (PurZ)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / S-2L / Succinoaminodeoxyadenylate synthetase / PurZ
機能・相同性2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Cyanophage S-2L (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69617086092 Å
データ登録者Czernecki, D. / Delarue, M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Characterization of a triad of genes in cyanophage S-2L sufficient to replace adenine by 2-aminoadenine in bacterial DNA.
著者: Czernecki, D. / Bonhomme, F. / Kaminski, P.A. / Delarue, M.
履歴
登録2021年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Succinoaminodeoxyadenylate synthetase (PurZ)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7363
ポリマ－39,8971
非ポリマー8382
水7,098394
1
A: Succinoaminodeoxyadenylate synthetase (PurZ)
ヘテロ分子

A: Succinoaminodeoxyadenylate synthetase (PurZ)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,4716
ポリマ－79,7942
非ポリマー1,6774
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_455-x+y-1,y,-z1
Buried area8220 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area24600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.180, 108.180, 142.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Space group name HallP622(x,y,z+1/3)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/3
#3: y,-x+y,z+2/3
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+2/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-817-

HOH

21A-838-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Succinoaminodeoxyadenylate synthetase (PurZ)


分子量: 39897.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cyanophage S-2L (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-DGP / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / dGMP / デオキシグアノシン一リン酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP / デオキシアデノシン三リン酸


分子量: 491.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.18 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15% v/v Tacsimate; 2% w/v PEG 3350; 100 mM HEPES pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98013 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月14日 / 詳細: KB Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98013 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69617086092→44.5 Å / Num. obs: 54836 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 39.6 % / Biso Wilson estimate: 28.6904003452 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 34.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 39.4 % / Rmerge(I) obs: 2.661 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3903 / CC1/2: 0.694 / Rpim(I) all: 0.419 / Rrim(I) all: 2.695 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FM1

6fm1


解像度: 1.69617086092→44.4954227156 Å / SU ML: 0.258644893723 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33794450571 / 位相誤差: 17.7125464286
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.17601031371 2738 4.99990869414 %
Rwork0.159386977715 52023 -
obs0.160215360219 54761 99.7104879825 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.2959699757 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69617086092→44.4954227156 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2691 0 53 394 3138
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009595542072832821
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.004368890563856
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0678462690405431
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00535924337827530
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.45795681021061
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6962-1.72540.3981345575561290.4243336783142462X-RAY DIFFRACTION96.6791044776
1.7254-1.75680.4614288927911350.39715954312561X-RAY DIFFRACTION99.5568685377
1.7568-1.79060.3916394871611340.3429898577942548X-RAY DIFFRACTION99.7026022305
1.7906-1.82710.323829459331350.2706121337492562X-RAY DIFFRACTION99.667405765
1.8271-1.86690.2276862988221350.2207429998812561X-RAY DIFFRACTION99.8518518519
1.8669-1.91030.1829118020071340.188470254642549X-RAY DIFFRACTION99.6286669142
1.9103-1.95810.2219544129891360.1739875732232574X-RAY DIFFRACTION99.8526160648
1.9581-2.0110.1677604207071360.1673067547242581X-RAY DIFFRACTION99.8897058824
2.011-2.07020.1705219791191340.1735928611282553X-RAY DIFFRACTION99.8513563731
2.0702-2.1370.1850936948871360.1660561643042584X-RAY DIFFRACTION100
2.137-2.21340.1810900853141370.1514347317192596X-RAY DIFFRACTION99.9268738574
2.2134-2.3020.1875831623321360.1439759730052588X-RAY DIFFRACTION99.9266324285
2.302-2.40680.1911205281281370.1516780833792599X-RAY DIFFRACTION100
2.4068-2.53360.1733006666091370.1529072603942599X-RAY DIFFRACTION100
2.5336-2.69240.182525438121370.1557032695242605X-RAY DIFFRACTION100
2.6924-2.90020.1737993941681380.1577637192272624X-RAY DIFFRACTION99.9638074557
2.9002-3.1920.1689218737361390.1533431177582650X-RAY DIFFRACTION99.9641577061
3.192-3.65370.1463466961271400.137494848182657X-RAY DIFFRACTION100
3.6537-4.60250.1454933492331420.1267623647132703X-RAY DIFFRACTION99.9648629656
4.6025-44.49542271560.1592325229791510.1571579086212867X-RAY DIFFRACTION99.7026759167
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -38.8667272725 Å / Origin y: 22.2396766755 Å / Origin z: 4.48387363243 Å
111213212223313233
T0.149412169561 Å2-0.00771247897798 Å2-0.0066770729049 Å2-0.212181028262 Å2-0.0114184993924 Å2--0.204513653481 Å2
L0.454222695706 °2-0.103249180312 °2-0.00448418941085 °2-0.481764405197 °2-0.13562387487 °2--1.21950126864 °2
S0.00505194620226 Å °-0.023595824819 Å °0.019088831861 Å °0.0373330694 Å °0.00709769341036 Å °-0.113682898502 Å °-0.016416008882 Å °0.184857715382 Å °-0.00774499303787 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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