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万見
- PDB-7odv: Plant peptide hormone receptor complex H1LS1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7odv
タイトルPlant peptide hormone receptor complex H1LS1
要素
  • Protein IDA
  • Receptor-like protein kinase HSL1
  • Somatic embryogenesis receptor kinase 1
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Plant receptor LRR pepide hormone / PEPTIDE BINDING PROTEIN Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lateral root morphogenesis / regulation of cell diameter / microsporogenesis / floral organ abscission / pollen maturation / leaf abscission / response to ethylene / brassinosteroid mediated signaling pathway / pectin catabolic process / embryo development ending in seed dormancy ...lateral root morphogenesis / regulation of cell diameter / microsporogenesis / floral organ abscission / pollen maturation / leaf abscission / response to ethylene / brassinosteroid mediated signaling pathway / pectin catabolic process / embryo development ending in seed dormancy / apoplast / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / receptor serine/threonine kinase binding / Golgi organization / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / receptor protein-tyrosine kinase / regulation of gene expression / protein autophosphorylation / defense response to Gram-negative bacterium / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / signaling receptor binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protein IDA-like / : / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase ...Protein IDA-like / : / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein IDA / Somatic embryogenesis receptor kinase 1 / Receptor-like protein kinase HSL1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Roman, A.O. / Jimenez-Sandoval, P. / Santiago, J.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_173101 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: HSL1 and BAM1/2 impact epidermal cell development by sensing distinct signaling peptides.
著者: Roman, A.O. / Jimenez-Sandoval, P. / Augustin, S. / Broyart, C. / Hothorn, L.A. / Santiago, J.
履歴
登録2021年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Receptor-like protein kinase HSL1
BBB: Somatic embryogenesis receptor kinase 1
CCC: Protein IDA
DDD: Receptor-like protein kinase HSL1
EEE: Somatic embryogenesis receptor kinase 1
FFF: Protein IDA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,87740
ポリマ－180,2616
非ポリマー9,61634
水6,521362
1
AAA: Receptor-like protein kinase HSL1
BBB: Somatic embryogenesis receptor kinase 1
CCC: Protein IDA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,84220
ポリマ－90,1303
非ポリマー4,71217
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
DDD: Receptor-like protein kinase HSL1
EEE: Somatic embryogenesis receptor kinase 1
FFF: Protein IDA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,03420
ポリマ－90,1303
非ポリマー4,90417
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.332, 145.878, 169.539
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11AAA
21DDD
32BBB
42EEE
53CCC
63FFF

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERLEULEUAAAA13 - 6052 - 594
211SERSERLEULEUDDDD13 - 6052 - 594
322ASNASNPROPROBBBB27 - 2118 - 192
422ASNASNPROPROEEEE27 - 2118 - 192
533TYRTYRASNASNCCCC56 - 691 - 14
633TYRTYRASNASNFFFF56 - 691 - 14

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Local NCS retraints between domains: 1 2
2Local NCS retraints between domains: 3 4
3Local NCS retraints between domains: 5 6

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 AAADDDBBBEEE

#1: タンパク質 Receptor-like protein kinase HSL1 / Protein HAESA-LIKE1


分子量: 66569.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HSL1, At1g28440, F3M18.12 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q9SGP2, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Somatic embryogenesis receptor kinase 1 / AtSERK1 / Somatic embryogenesis receptor-like kinase 1


分子量: 21978.709 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SERK1, At1g71830, F14O23.21, F14O23_24 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q94AG2, receptor protein-tyrosine kinase, non-specific serine/threonine protein kinase

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CCCFFF

#3: タンパク質・ペプチド Protein IDA / Protein INFLORESCENCE DEFICIENT IN ABSCISSION


分子量: 1581.793 Da / 分子数: 2 / Fragment: unp RESIDUES 56-69 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: IDA, At1g68765, F14K14 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8LAD7

-
糖 , 4種, 27分子

#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 369分子

#8: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mg
#9: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Na
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.2 M K/Na tartrate 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月7日
放射モノクロメーター: DCCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→110.604 Å / Num. obs: 106364 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.319 / Rpim(I) all: 0.09 / Rrim(I) all: 0.332 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
12.65-110.5822.50.077710.9980.020.072
2.31-2.3526.73.51851460.7030.9813.652

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IXO

5ixo


解像度: 2.31→110.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 11.916 / SU ML: 0.245 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.304 / ESU R Free: 0.23 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 5326 5.013 %
Rwork0.2546 100921 -
all0.256 --
obs-106247 99.984 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 42.702 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.324 Å2-0 Å20 Å2
2---2.049 Å2-0 Å2
3----4.274 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→110.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11809 0 624 362 12795
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01312754
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01711664
X-RAY DIFFRACTIONr_ext_dist_refined_d0.1110.1191805
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.251.69617473
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.281.6327010
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2425.0171811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_1_deg17.1462059
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.44125.298521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.65315.3331997
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg4.957201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7091531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.21781
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022570
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1760.22271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1830.211144
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1550.26311
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0770.25905
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2416
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1790.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1550.216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1650.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2030.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1634.4116356
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1634.4116355
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.796.6197939
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.796.6187940
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8964.9996398
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8954.9996398
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9187.3649532
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.9187.3649532
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.16164.495194550
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.159164.508194525
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.060.0518107
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.0610.055763
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.1170.05297
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.060420.05009
12DDDX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.060420.05009
23BBBX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.061150.0501
24EEEX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.061150.0501
35CCCX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.116520.05005
36FFFX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.116520.05005
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.31-2.370.4543660.42973840.4377560.3350.3599.92260.401
2.37-2.4350.3923870.39672170.39676040.5170.5061000.362
2.435-2.5050.3693610.36569760.36673390.5310.52399.97270.335
2.505-2.5830.3883750.34667770.34871520.5550.6061000.318
2.583-2.6670.3553400.33265970.33369390.6710.69399.97120.303
2.667-2.7610.3173510.29663800.29867310.7880.7871000.268
2.761-2.8650.2913080.28262360.28265450.8460.84899.98470.251
2.865-2.9820.2853280.27559020.27662310.8570.86699.98390.247
2.982-3.1140.2922970.27457310.27560280.8570.8621000.244
3.114-3.2660.2773110.25454390.25557500.8870.9021000.228
3.266-3.4430.2762740.25152260.25355010.890.90799.98180.229
3.443-3.6510.2612930.2448890.24151820.9220.921000.224
3.651-3.9030.2462360.21846790.2249150.9330.9351000.203
3.903-4.2150.2332230.19343370.19545610.9390.95299.97810.181
4.215-4.6170.172010.1640300.1642320.9660.96899.97640.155
4.617-5.1610.1891750.16436630.16538380.9580.971000.163
5.161-5.9570.2371770.21432200.21533980.9420.95199.97060.206
5.957-7.2910.2091460.227580.20129040.9510.9541000.201
7.291-10.2880.261120.23121930.23323050.9280.941000.237
10.288-110.6040.25650.2612870.2613530.9620.94799.92610.276

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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