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- PDB-7ogz: Plant peptide hormone receptor complex H1L3S1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ogz
タイトルPlant peptide hormone receptor complex H1L3S1
要素
  • Peptide hormone IDL3
  • Receptor-like protein kinase HSL1
  • Somatic embryogenesis receptor kinase 1
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Plant receptor LRR pepide hormone / PEPTIDE BINDING PROTEIN Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


microsporogenesis / floral organ abscission / pollen maturation / brassinosteroid mediated signaling pathway / embryo development ending in seed dormancy / apoplast / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / receptor serine/threonine kinase binding / Golgi organization / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity ...microsporogenesis / floral organ abscission / pollen maturation / brassinosteroid mediated signaling pathway / embryo development ending in seed dormancy / apoplast / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / receptor serine/threonine kinase binding / Golgi organization / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / receptor protein-tyrosine kinase / protein autophosphorylation / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / signaling receptor binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protein IDA-like / : / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase ...Protein IDA-like / : / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein IDA-LIKE 3 / Somatic embryogenesis receptor kinase 1 / Receptor-like protein kinase HSL1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Roman, A.O. / Jimenez-Sandoval, P. / Santiago, J.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_173101 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: HSL1 and BAM1/2 impact epidermal cell development by sensing distinct signaling peptides.
著者: Roman, A.O. / Jimenez-Sandoval, P. / Augustin, S. / Broyart, C. / Hothorn, L.A. / Santiago, J.
履歴
登録2021年5月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AAA: Receptor-like protein kinase HSL1
BBB: Somatic embryogenesis receptor kinase 1
CCC: Peptide hormone IDL3
DDD: Receptor-like protein kinase HSL1
EEE: Somatic embryogenesis receptor kinase 1
FFF: Peptide hormone IDL3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,72623
ポリマ－179,2036
非ポリマー6,52317
水41423
1
AAA: Receptor-like protein kinase HSL1
BBB: Somatic embryogenesis receptor kinase 1
CCC: Peptide hormone IDL3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,54911
ポリマ－89,6023
非ポリマー2,9488
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6950 Å2
ΔGint32 kcal/mol
Surface area30880 Å2
手法PISA
2
DDD: Receptor-like protein kinase HSL1
EEE: Somatic embryogenesis receptor kinase 1
FFF: Peptide hormone IDL3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,17712
ポリマ－89,6023
非ポリマー3,5759
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7470 Å2
ΔGint37 kcal/mol
Surface area31620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.838, 144.501, 168.432
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11AAA
21DDD
32BBB
42EEE
53CCC
63FFF

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETCYSCYSAAAA15 - 6064 - 595
211METMETCYSCYSDDDD15 - 6064 - 595
322ASNASNPROPROBBBB27 - 2118 - 192
422ASNASNPROPROEEEE27 - 2118 - 192
533PROPROASNASNCCCC79 - 901 - 12
633PROPROASNASNFFFF79 - 901 - 12

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Local NCS retraints between domains: 1 2
2Local NCS retraints between domains: 3 4
3Local NCS retraints between domains: 5 6

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 AAADDDBBBEEE

#1: タンパク質 Receptor-like protein kinase HSL1 / Protein HAESA-LIKE1


分子量: 66569.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HSL1, At1g28440, F3M18.12 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q9SGP2, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Somatic embryogenesis receptor kinase 1 / AtSERK1 / Somatic embryogenesis receptor-like kinase 1


分子量: 21736.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SERK1, At1g71830, F14O23.21, F14O23_24 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q94AG2, receptor protein-tyrosine kinase, non-specific serine/threonine protein kinase

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 25分子 CCCFFF

#3: タンパク質・ペプチド Peptide hormone IDL3 / Peptide from protein IDA-LIKE 3


分子量: 1295.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: IDL3, At5g09805, F17I14, MYH9 / 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: Q6DUW7
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 3種, 17分子

#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.2 M magnesium chloride 0.1 M HEPES pH 7.5 25 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.000029 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月11日
放射モノクロメーター: DCCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000029 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→48.17 Å / Num. obs: 60957 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.316 / Rpim(I) all: 0.149 / Rrim(I) all: 0.35 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 1.965 / Num. unique obs: 4464 / CC1/2: 0.821 / Rpim(I) all: 0.9 / Rrim(I) all: 2.164

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
xia2データ削減
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IXO

5ixo


解像度: 2.7→47.657 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.865 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.855 / SU B: 39.798 / SU ML: 0.705 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.087 / ESU R Free: 0.465 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3708 3065 5.036 %
Rwork0.3526 57798 -
all0.354 --
obs-60863 99.82 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 48.532 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.128 Å2-0 Å20 Å2
2---0.13 Å2-0 Å2
3----6.998 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→47.657 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11587 0 428 23 12038
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01312306
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01711199
X-RAY DIFFRACTIONr_ext_dist_refined_d0.0760.1201165
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3661.67516854
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3271.61325866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5835.0351719
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_1_deg20.382043
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.96325.349501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.42615.2581878
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0041529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.21712
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214049
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022511
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1830.22392
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1920.211124
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1590.26239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0830.25670
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0550.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1620.215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2350.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1270.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7465.2676298
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7475.2686297
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0317.8957862
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0317.8957863
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5735.5016008
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5735.5016008
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5998.2068992
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5998.2068992
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.455198.339202039
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.455198.34202034
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0730.0517791
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.070.055648
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.0560.05201
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.073380.05008
12DDDX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.073380.05008
23BBBX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.070130.05009
24EEEX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.070130.05009
35CCCX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.056280.05009
36FFFX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.056280.05009
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.77-2.8460.4822050.4454097X-RAY DIFFRACTION99.8144
2.846-2.9280.4532040.4383991X-RAY DIFFRACTION99.8334
2.928-3.0180.462160.4393881X-RAY DIFFRACTION99.8294
3.018-3.1160.4431970.4233781X-RAY DIFFRACTION99.8243
3.116-3.2250.4571820.4143639X-RAY DIFFRACTION99.8693
3.225-3.3460.4331790.4043538X-RAY DIFFRACTION99.9194
3.346-3.4820.4011950.3873388X-RAY DIFFRACTION99.9442
3.482-3.6360.3981720.3543254X-RAY DIFFRACTION99.9125
3.636-3.8120.3591740.3493116X-RAY DIFFRACTION99.9089
3.812-4.0170.3951510.3412991X-RAY DIFFRACTION99.746
4.017-4.2590.3181550.3092830X-RAY DIFFRACTION99.766
4.259-4.5510.3061360.2872660X-RAY DIFFRACTION99.9642
4.551-4.9120.321440.2762472X-RAY DIFFRACTION99.8473
4.912-5.3750.3211370.2892282X-RAY DIFFRACTION99.7937
5.375-60.3251190.3182112X-RAY DIFFRACTION99.9552
6-6.910.3071030.281851X-RAY DIFFRACTION99.7448
6.91-8.420.3860.2841600X-RAY DIFFRACTION99.8224
8.42-11.730.31660.2811275X-RAY DIFFRACTION99.8511

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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