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- PDB-5gqr: Crystal structure of PXY-CLE41-SERK2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gqr
タイトルCrystal structure of PXY-CLE41-SERK2
要素
  • Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase TDR
  • Somatic embryogenesis receptor kinase 2
  • TDIF
キーワードTRANSFERASE / Meristem cell proliferation / SERK / CLE peptides / leucine rich repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


procambium histogenesis / phloem development / xylem development / cell-cell signaling involved in cell fate commitment / axillary shoot meristem initiation / maintenance of root meristem identity / microsporogenesis / pollen maturation / phloem or xylem histogenesis / secondary shoot formation ...procambium histogenesis / phloem development / xylem development / cell-cell signaling involved in cell fate commitment / axillary shoot meristem initiation / maintenance of root meristem identity / microsporogenesis / pollen maturation / phloem or xylem histogenesis / secondary shoot formation / brassinosteroid mediated signaling pathway / apoplast / receptor serine/threonine kinase binding / regulation of cell differentiation / non-specific serine/threonine protein kinase / signaling receptor binding / cell division / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / lipid binding / ATP binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CLAVATA3/ESR (CLE)-related protein 41/42/44 / : / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / : / Leucine-rich repeat region / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe ...CLAVATA3/ESR (CLE)-related protein 41/42/44 / : / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / : / Leucine-rich repeat region / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CLAVATA3/ESR (CLE)-related protein 44 / Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase TDR / Somatic embryogenesis receptor kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Arabideae (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Chai, J.J. / Zhang, H.Q.
引用ジャーナル: Mol Plant / 年: 2016
タイトル: SERK Family Receptor-like Kinases Function as Co-receptors with PXY for Plant Vascular Development
著者: Zhang, H.Q. / Lin, X.Y. / Han, Z.F. / Wang, J. / Qu, L.J. / Chai, J.J.
履歴
登録2016年8月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase TDR
C: TDIF
K: Somatic embryogenesis receptor kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,1947
ポリマ－87,3093
非ポリマー8854
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4250 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area31270 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)162.422, 162.422, 187.234
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase TDR / Protein PHLOEM INTERCALATED WITH XYLEM


分子量: 65853.289 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 32-629 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: TDR
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9FII5, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド TDIF


分子量: 1264.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Arabideae (植物) / 参照: UniProt: Q941C5*PLUS
#3: タンパク質 Somatic embryogenesis receptor kinase 2 / SERK2


分子量: 20191.816 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 30-214 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SERK2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9XIC7, non-specific serine/threonine protein kinase
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.06 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Potassium chloride, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 18060 / % possible obs: 95.13 % / 冗長度: 4.3 % / Rsym value: 0.144 / Net I/σ(I): 6.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MN8

4mn8


解像度: 3.5→40.472 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2759 926 5.14 %
Rwork0.219 --
obs0.2219 18033 95.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→40.472 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6104 0 56 0 6160
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016364
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6298663
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3052311
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.124996
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081118
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5002-3.68460.38861480.31462400X-RAY DIFFRACTION96
3.6846-3.91530.29331230.25612440X-RAY DIFFRACTION97
3.9153-4.21730.24251410.20722430X-RAY DIFFRACTION97
4.2173-4.64110.26281480.18572430X-RAY DIFFRACTION96
4.6411-5.31140.22221290.18182428X-RAY DIFFRACTION95
5.3114-6.6870.3391250.23562467X-RAY DIFFRACTION94
6.687-40.47430.2521120.21322512X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 58.0206 Å / Origin y: -31.857 Å / Origin z: 14.2508 Å
111213212223313233
T1.1368 Å2-0.0167 Å2-0.0932 Å2-0.4522 Å2-0.037 Å2--0.4786 Å2
L1.1001 °20.9227 °20.7969 °2-1.0532 °20.6576 °2--0.8501 °2
S-0.4574 Å °0.011 Å °0.2322 Å °-0.5223 Å °0.2445 Å °0.1644 Å °-0.3409 Å °-0.0719 Å °0.2108 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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