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万見
- PDB-7od8: Hepatitis B core Protein mutant L60V + GSLLGRMKGA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7od8
タイトルHepatitis B core Protein mutant L60V + GSLLGRMKGA
要素
  • Capsid protein
  • peptide GSLLGRMKGA
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / low secretion phenotype / L60V / Hepatitis B core protein
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Hepatitis core antigen / Viral capsid core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Hepatitis B virus genotype D subtype ayw
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Bottcher, B. / Makbul, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)bo1150/17-1 ドイツ
引用ジャーナル: Microorganisms / 年: 2021
タイトル: Conformational Plasticity of Hepatitis B Core Protein Spikes Promotes Peptide Binding Independent of the Secretion Phenotype.
著者: Cihan Makbul / Vladimir Khayenko / Hans Michael Maric / Bettina Böttcher /
要旨: Hepatitis B virus is a major human pathogen, which forms enveloped virus particles. During viral maturation, membrane-bound hepatitis B surface proteins package hepatitis B core protein capsids. This ...Hepatitis B virus is a major human pathogen, which forms enveloped virus particles. During viral maturation, membrane-bound hepatitis B surface proteins package hepatitis B core protein capsids. This process is intercepted by certain peptides with an "LLGRMKG" motif that binds to the capsids at the tips of dimeric spikes. With microcalorimetry, electron cryo microscopy and peptide microarray-based screens, we have characterized the structural and thermodynamic properties of peptide binding to hepatitis B core protein capsids with different secretion phenotypes. The peptide "GSLLGRMKGA" binds weakly to hepatitis B core protein capsids and mutant capsids with a premature (F97L) or low-secretion phenotype (L60V and P5T). With electron cryo microscopy, we provide novel structures for L60V and P5T and demonstrate that binding occurs at the tips of the spikes at the dimer interface, splaying the helices apart independent of the secretion phenotype. Peptide array screening identifies "SLLGRM" as the core binding motif. This shortened motif binds only to one of the two spikes in the asymmetric unit of the capsid and induces a much smaller conformational change. Altogether, these comprehensive studies suggest that the tips of the spikes act as an autonomous binding platform that is unaffected by mutations that affect secretion phenotypes.
履歴
登録2021年4月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - author_defined_assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-12822
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12822
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Capsid protein
A: Capsid protein
C: Capsid protein
D: Capsid protein
E: peptide GSLLGRMKGA
F: peptide GSLLGRMKGA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,2136
ポリマ－88,2136
非ポリマー00
水00
1
B: Capsid protein
A: Capsid protein
C: Capsid protein
D: Capsid protein
E: peptide GSLLGRMKGA
F: peptide GSLLGRMKGA
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,292,796360
ポリマ－5,292,796360
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1
point symmetry operation59

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要素

#1: タンパク質
Capsid protein / Core antigen / Core protein / HBcAg / p21.5


分子量: 21132.189 Da / 分子数: 4 / 変異: L60V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis B virus genotype D subtype ayw (isolate France/Tiollais/1979) (ウイルス)
株: isolate France/Tiollais/1979 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03146
#2: タンパク質・ペプチド peptide GSLLGRMKGA


分子量: 1842.259 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide GSLLGRMKGA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Hepatitis B virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 4.8 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Homo sapiens
ウイルス殻名称: capsid / 直径: 360 nm / 三角数 (T数): 4
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
撮影平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 82 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2694

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
4CTFFINDCTF補正
7PHENIXモデルフィッティング
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
9Cootモデルフィッティング
11RELION3.1初期オイラー角割当
12RELION3.1最終オイラー角割当
14RELION3.1３次元再構成
15PHENIXモデル精密化
16Cootモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 244935
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 150699 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 153 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6HTX

6htx

拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0039517
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.55217219
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.5384129
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.035756
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041386

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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