PDB-7oc6: Selenomethionine derivative of alpha-humulene synthase AsR6 from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oc6

タイトル

Selenomethionine derivative of alpha-humulene synthase AsR6 from Sarocladium schorii

要素

Alpha-humulene synthase asR6

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / cyclase / terpene cyclase / 2E-humulene / alpha-humulene / humulene / xenovulene / tropolone sesquiterpenoid

機能・相同性

alpha-humulene synthase / alpha-humulene synthase activity / terpenoid biosynthetic process / Alpha-humulene synthase asR6

機能・相同性情報

生物種

Sarocladium schorii (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Schotte, C. / Lukat, P. / Deuschmann, A. / Blankenfeldt, W. / Cox, R.J.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Understanding and Engineering the Stereoselectivity of Humulene Synthase.
著者: Schotte, C. / Lukat, P. / Deuschmann, A. / Blankenfeldt, W. / Cox, R.J.

履歴

登録	2021年4月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oc6.cif.gz	234.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oc6.ent.gz	199.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oc6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/7oc6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/7oc6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7oc4C 7oc5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7oc5-d 6xmm-d 7oc4-d 3fg1-2 6xmh-d 3fg3-4 5xas-d 4df9-1 3fg4-1 3qm3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-humulene synthase asR6

ヘテロ分子

54.2 kDa, 1 ポリマー
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1

A: Alpha-humulene synthase asR6

ヘテロ分子

A: Alpha-humulene synthase asR6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
108 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.248, 59.117, 80.758
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 131.520, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1192- HOH

#1: タンパク質	Alpha-humulene synthase asR6 / Xenovulene A biosynthesis cluster protein R6 分子量: 53704.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Selenomethionine derivate of AsR6 / 由来: (組換発現) Sarocladium schorii (菌類) / 遺伝子: asR6 / プラスミド: pET100/D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2U8U2L5, alpha-humulene synthase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.4 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 25 % (w/v) PEG 6000, 162 mM lithium acetate, 300 mM ammonium sulfate, 5 % (v/v) glycerol, 0.1 M BIS-TRIS, Cryo: 10 % (v/v) (R,R)-2,3-butanediol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, DESY

/ ビームライン: P11 / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.01→57.49 Å / Num. obs: 27249 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / B_iso Wilson estimate: 33.37 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.135 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 15.1 / Num. measured all: 353822 / Scaling rejects: 1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.01-2.12	12.3	0.891	48765	3958	0.907	0.262	0.93	2.7	100
6.36-57.49	11.9	0.084	10855	911	0.998	0.024	0.087	44.1	99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHENIX	1.19rc5	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.01→57.49 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1952	1321	4.85 %
R_work	0.1646	25911	-
obs	0.1661	27232	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 144.49 Å² / B_iso mean: 48.4788 Å² / B_iso min: 23.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.01→57.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3001	0	30	168	3199
B_iso mean	-	-	65.25	43.45	-
残基数	-	-	-	-	381

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.01-2.09	0.2684	139	0.2409	2883	3022
2.09-2.19	0.2501	176	0.206	2816	2992
2.19-2.3	0.229	152	0.1863	2839	2991
2.3-2.45	0.2249	178	0.1816	2830	3008
2.45-2.63	0.2264	154	0.1739	2864	3018
2.63-2.9	0.2088	93	0.1623	2922	3015
2.9-3.32	0.1878	110	0.1702	2913	3023
3.32-4.18	0.177	161	0.1435	2902	3063
4.18-57.49	0.1675	158	0.1533	2942	3100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7979	0.1616	1.5691	0.7386	-0.3784	5.9804	0.0339	0.5541	0.0193	-0.2161	0.1391	-0.0048	0.2458	-0.5541	-0.1616	0.3277	-0.0207	-0.0352	0.5565	-0.0142	0.3107	-3.481	13.4852	9.2453
2	3.7417	-0.4616	0.0031	0.2115	0.0498	0.6163	0.0104	-0.5546	-0.0801	0.0524	0.0072	0.0008	0.021	-0.121	-0.0374	0.3256	-0.0362	0.0185	0.3039	0.0169	0.3124	16.4159	13.2291	38.3494
3	3.867	1.3996	-1.0779	2.7875	-1.3993	2.6201	-0.0373	0.4293	0.587	-0.067	-0.095	0.0539	-0.1894	-0.2967	0.1307	0.3377	0.0646	-0.0432	0.3119	0.0228	0.4085	0.6248	27.6672	18.863
4	3.093	-0.0713	0.9654	1.0965	-0.0178	2.2358	0.1073	1.166	0.3713	-0.2389	-0.1747	-0.0295	-0.0413	0.0856	0.0245	0.293	0.078	0.023	0.5199	0.0998	0.2497	17.1251	19.4867	9.3233
5	3.5893	-1.7776	-0.4656	3.4822	0.9899	2.049	0.0947	0.3536	0.0751	-0.0971	-0.1034	0.144	-0.0965	-0.0891	0.0197	0.2677	0.0227	-0.0086	0.2956	0.0301	0.2581	4.0488	20.5333	21.208
6	6.1342	0.0513	0.2602	0.1077	0.0096	4.5112	0.0433	0.2142	-0.2004	-0.2047	-0.0355	-0.0618	-0.0661	-0.2858	0.0088	0.2631	-0.0032	-0.0092	0.2479	0.0193	0.2514	17.2053	11.6642	24.7084
7	4.4467	-0.0734	-0.2938	4.0854	1.1375	3.5857	0.0906	-0.2845	0.6996	0.1541	-0.0858	0.1416	-0.4011	-0.3235	0.0352	0.3027	-0.0315	0.0231	0.2941	-0.0325	0.3848	15.3215	21.6275	37.8315
8	2.0468	-0.2601	0.5638	1.5111	-0.6067	1.3406	0.0269	0.8614	0.6237	-0.2186	-0.1473	-0.2251	-0.1404	0.1704	0.063	0.2933	0.0317	0.0535	0.4498	0.2043	0.4335	25.5705	24.782	14.4146

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 25 )	A	5 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 86 )	A	26 - 86
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 87 through 123 )	A	87 - 123
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 124 through 198 )	A	124 - 198
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 199 through 244 )	A	199 - 244
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 245 through 292 )	A	245 - 292
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 293 through 327 )	A	293 - 327
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 328 through 391 )	A	328 - 391

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