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- PDB-7oc4: Alpha-humulene synthase AsR6 from Sarocladium schorii in complex ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7oc4 | ||||||
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Title | Alpha-humulene synthase AsR6 from Sarocladium schorii in complex with thiolodiphosphate and a cyclized reaction product. | ||||||
![]() | Alpha-humulene synthase AsR6 | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / cyclase / terpene cyclase / 2E-humulene / alpha-humulene / humulene / xenovulene / tropolone sesquiterpenoid | ||||||
Function / homology | alpha-humulene synthase / alpha-humulene synthase activity / terpenoid biosynthetic process / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / Chem-V8Z / Alpha-humulene synthase asR6![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schotte, C. / Lukat, P. / Deuschmann, A. / Blankenfeldt, W. / Cox, R.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Understanding and Engineering the Stereoselectivity of Humulene Synthase. Authors: Schotte, C. / Lukat, P. / Deuschmann, A. / Blankenfeldt, W. / Cox, R.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 458.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 380.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 48572.062 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 7 types, 428 molecules ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/PIS.gif)
![](data/chem/img/BU3.gif)
![](data/chem/img/V8Z.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PIS.gif)
![](data/chem/img/BU3.gif)
![](data/chem/img/V8Z.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-BU3 / ( | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-MES / | #7: Chemical | ChemComp-MG / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 40.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.4 Details: 15.25 % (v/v) ethanol, 88 mM Mg acetate, 23 % (w/v) PEG 2000 MME, 4 % PEG 200, 100 mM MES pH 6.4, 3 mM farnesyl thiopyrophosphate, Cryo: 10 % (v/v) (R,R)-2,3-butanediol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 13, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.03→72.5 Å / Num. obs: 51626 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 26.94 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 344665 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: SAD-phased structure from deposition D_1292115439 Resolution: 2.03→51.23 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.66 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 158.68 Å2 / Biso mean: 38.6334 Å2 / Biso min: 16.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.03→51.23 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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