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- PDB-7oc6: Selenomethionine derivative of alpha-humulene synthase AsR6 from ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7oc6 | ||||||
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Title | Selenomethionine derivative of alpha-humulene synthase AsR6 from Sarocladium schorii | ||||||
![]() | Alpha-humulene synthase asR6 | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / cyclase / terpene cyclase / 2E-humulene / alpha-humulene / humulene / xenovulene / tropolone sesquiterpenoid | ||||||
Function / homology | alpha-humulene synthase / alpha-humulene synthase activity / terpenoid biosynthetic process / Alpha-humulene synthase asR6![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schotte, C. / Lukat, P. / Deuschmann, A. / Blankenfeldt, W. / Cox, R.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Understanding and Engineering the Stereoselectivity of Humulene Synthase. Authors: Schotte, C. / Lukat, P. / Deuschmann, A. / Blankenfeldt, W. / Cox, R.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 234.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 199.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 53704.879 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Selenomethionine derivate of AsR6 / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: Chemical | ChemComp-GOL / | ||||||
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-ZN / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.96 Å3/Da / Density % sol: 37.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion Details: 25 % (w/v) PEG 6000, 162 mM lithium acetate, 300 mM ammonium sulfate, 5 % (v/v) glycerol, 0.1 M BIS-TRIS, Cryo: 10 % (v/v) (R,R)-2,3-butanediol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 28, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.01→57.49 Å / Num. obs: 27249 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13 % / Biso Wilson estimate: 33.37 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 15.1 / Num. measured all: 353822 / Scaling rejects: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 144.49 Å2 / Biso mean: 48.4788 Å2 / Biso min: 23.92 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.01→57.49 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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