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- PDB-7obm: Crystal structure of the human Prolyl Endopeptidase-Like protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7obm
タイトルCrystal structure of the human Prolyl Endopeptidase-Like protein short form (residues 90-727)
要素Prolyl endopeptidase-like
キーワードHYDROLASE / esterase mitochondrial beta-propeller / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Mitochondrial Protein Partnership / MPP
機能・相同性
機能・相同性情報


Golgi to plasma membrane protein transport / retrograde transport, endosome to Golgi / regulation of synaptic vesicle exocytosis / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / trans-Golgi network / peptidase activity / cytoskeleton / serine-type endopeptidase activity / Golgi apparatus / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peptidase S9A, prolyl oligopeptidase / Peptidase S9A, N-terminal domain / Prolyl oligopeptidase, N-terminal beta-propeller domain / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Prolyl endopeptidase-like
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Rosier, K. / McDevitt, M.T. / Brendan, J.F. / Marcaida, M.J. / Bingman, C.A. / Pagliarini, D.J. / Creemers, J.W.M. / Smith, R.W. / Mitochondrial Protein Partnership (MPP)
資金援助 米国, ベルギー, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54 GM074901 米国
Research Foundation - Flanders (FWO)G0B9119N ベルギー
KU LeuvenC14/16/070 ベルギー
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2021
タイトル: Prolyl endopeptidase-like is a (thio)esterase involved in mitochondrial respiratory chain function.
著者: Rosier, K. / McDevitt, M.T. / Smet, J. / Floyd, B.J. / Verschoore, M. / Marcaida, M.J. / Bingman, C.A. / Lemmens, I. / Dal Peraro, M. / Tavernier, J. / Cravatt, B.F. / Gounko, N.V. / Vints, K. ...著者: Rosier, K. / McDevitt, M.T. / Smet, J. / Floyd, B.J. / Verschoore, M. / Marcaida, M.J. / Bingman, C.A. / Lemmens, I. / Dal Peraro, M. / Tavernier, J. / Cravatt, B.F. / Gounko, N.V. / Vints, K. / Monnens, Y. / Bhalla, K. / Aerts, L. / Rashan, E.H. / Vanlander, A.V. / Van Coster, R. / Regal, L. / Pagliarini, D.J. / Creemers, J.W.M.
履歴
登録2021年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prolyl endopeptidase-like


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5761
ポリマ－73,5761
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area29380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.920, 150.880, 220.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Prolyl endopeptidase-like / Prolylendopeptidase-like


分子量: 73575.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PREPL, KIAA0436 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834
参照: UniProt: Q4J6C6, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 200 nL of protein and 200 nL of reservoir were combined in a MRC SD2 crystallization plate by a Mosquito crystallization robot. The reservoir solution consisted of 2M ammonium sulfate and 0.1 ...詳細: 200 nL of protein and 200 nL of reservoir were combined in a MRC SD2 crystallization plate by a Mosquito crystallization robot. The reservoir solution consisted of 2M ammonium sulfate and 0.1 M NaHEPES buffer, pH 7.5. The protein solution was 9.1mg/ml Nd88 PREPL, 5 mM HEPES, pH 7.5, 50 mM NaCL, 0.3 mM TCEP. Crystals were observed after one year incubation in the cold room.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→48.67 Å / Num. obs: 37971 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.927 % / Biso Wilson estimate: 104.69 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 2.09 / Net I/σ(I): 11.53 / Num. measured all: 149099 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.1-3.183.9211.2950.9910966279927970.4281.50499.9
3.18-3.273.9270.9451.3910807275627520.5921.09599.9
3.27-3.363.9250.6921.9110374264526430.7160.80299.9
3.36-3.473.9320.4942.6910137257925780.8360.573100
3.47-3.583.9370.3563.649925252125210.90.413100
3.58-3.713.9320.2794.729460240924060.940.32399.9
3.71-3.853.9380.2166.129357237823760.9570.2599.9
3.85-43.9350.1797.188744222222220.970.208100
4-4.183.9350.1319.478567217821770.9860.152100
4.18-4.383.9370.09413.048083205320530.9910.11100
4.38-4.623.9290.07416.067733196819680.9940.086100
4.62-4.93.9290.06119.387366187518750.9950.071100
4.9-5.243.9480.06219.476815172617260.9960.072100
5.24-5.663.9320.06419.046397162716270.9950.074100
5.66-6.23.9260.05920.375928151015100.9960.068100
6.2-6.933.9240.05223.615293135113490.9960.0699.9
6.93-83.9140.03929.014642118711860.9980.04599.9
8-9.83.8920.02938.53943101410130.9990.03399.9
9.8-13.863.8880.02444.3530177767760.9990.027100
13.86-48.673.7140.02642.7915454314160.9990.0396.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19_4092精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.1→48.67 Å / SU ML: 0.66 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.1 / 位相誤差: 34.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2821 1925 5.07 %
Rwork0.245 36032 -
obs0.2469 37957 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 314.82 Å2 / Biso mean: 125.9233 Å2 / Biso min: 49.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→48.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5016 0 0 0 5016
残基数----624
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.1-3.180.55551130.505725582671
3.18-3.260.5491190.424626162735
3.26-3.360.38131380.357825642702
3.36-3.470.4166980.313726102708
3.47-3.590.3111430.302625752718
3.59-3.740.41521390.279125522691
3.74-3.910.31121590.295725782737
3.91-4.110.28651320.237325672699
4.11-4.370.22941420.215525812723
4.37-4.70.22691450.1825772722
4.71-5.180.18941670.19725352702
5.18-5.930.33381490.22925712720
5.93-7.460.26731430.257725722715
7.46-48.670.25941380.211225762714
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.20993.2728-0.96727.307-0.34611.74950.1298-0.1453-0.12780.3307-0.19220.41010.2022-0.110.05060.41510.0205-0.02360.7082-0.04440.828418.064918.793656.4664
24.06531.16764.11592.19730.67289.698-0.7003-0.37390.3846-0.9743-0.0579-0.0724-0.782-1.16580.04120.89290.1391-0.11350.7283-0.11280.701216.993325.632126.2602
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 90 through 333 )A90 - 333
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 334 through 720 )A334 - 720

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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