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- PDB-7ob0: Structure of RsLOV d2 variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ob0
タイトルStructure of RsLOV d2 variant
要素LOV protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Photoreceptor / light-oxygen-voltage / flavin / Per-arnt-sim
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PAS domain / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / LOV protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Moeglich, A. / Krafft, T.G.A. / Weyand, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Alexander von Humboldt FoundationSofja Kovalevskaya Award ドイツ
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: A Light-Oxygen-Voltage Receptor Integrates Light and Temperature.
著者: Dietler, J. / Schubert, R. / Krafft, T.G.A. / Meiler, S. / Kainrath, S. / Richter, F. / Schweimer, K. / Weyand, M. / Janovjak, H. / Moglich, A.
履歴
登録2021年4月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LOV protein
B: LOV protein
C: LOV protein
D: LOV protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,43415
ポリマ－78,3044
非ポリマー2,13011
水9,782543
1
A: LOV protein
D: LOV protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1646
ポリマ－39,1522
非ポリマー1,0124
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: LOV protein
ヘテロ分子

C: LOV protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2709
ポリマ－39,1522
非ポリマー1,1187
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.057, 77.168, 155.002
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
LOV protein


分子量: 19576.096 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17025 / ATH 2.4.3) (バクテリア)
株: ATCC 17025 / ATH 2.4.3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: M1E1F8

-
非ポリマー , 6種, 554分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Imidazole pH 8.0, 22 %(w/v) PEG 1000, 0,2 M Calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER IMUS MICROFOCUS / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 55587 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.93 % / Biso Wilson estimate: 22.95 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.057 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 17.67
反射 シェル解像度: 1.9→2.01 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.53 / Num. unique obs: 8900 / CC1/2: 0.961 / Rrim(I) all: 0.254 / Rsym value: 0.253

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
XDSデータ削減
pointless1.12.2データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HIA

4hia


解像度: 1.9→42.93 Å / SU ML: 0.1948 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.0844
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2181 2101 3.78 %
Rwork0.176 53479 -
obs0.1776 55580 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5377 0 140 543 6060
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00615789
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91847881
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0497836
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00891063
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0588860
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.940.28581370.22313471X-RAY DIFFRACTION98.07
1.94-1.990.2591380.21273511X-RAY DIFFRACTION99.73
1.99-2.050.24041380.19053513X-RAY DIFFRACTION99.78
2.05-2.110.2321380.17673516X-RAY DIFFRACTION99.67
2.11-2.170.24311390.17913542X-RAY DIFFRACTION99.65
2.17-2.250.25711390.17743540X-RAY DIFFRACTION99.57
2.25-2.340.21121380.17653526X-RAY DIFFRACTION99.78
2.34-2.450.26921390.18173538X-RAY DIFFRACTION99.92
2.45-2.580.2281400.18833571X-RAY DIFFRACTION99.87
2.58-2.740.23061400.19013556X-RAY DIFFRACTION99.84
2.74-2.950.25111400.18773572X-RAY DIFFRACTION99.62
2.95-3.250.26771410.18883596X-RAY DIFFRACTION99.65
3.25-3.720.19811410.16573592X-RAY DIFFRACTION99.36
3.72-4.680.16221430.14473621X-RAY DIFFRACTION99.45
4.68-42.930.18471500.17193814X-RAY DIFFRACTION99.42
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.90233165851-0.12244109995-0.4307283055480.838205422729-0.06373216924261.74316419773-0.0472657432425-0.07130770237610.1105011723820.02530813444450.07111865101870.0786374629503-0.224843017675-0.3203021479530.04002606203370.1538560113140.0506886224145-0.02060994274130.153743179848-0.02916285245530.15528551232-18.98155504929.07702297247-18.7859855205
20.999385273221-0.51685789997-0.3616471485341.48372122569-0.02898164045691.259604571020.1427643025710.107239829162-0.318069527082-0.0782549290117-0.043583902686-0.2100427387910.1214726010260.4617491293010.1435912135010.07832652049220.0657232256886-0.01400418163740.197743040366-0.04938771043390.160553156291-39.8355091813-4.89152693913-2.36354143796
31.972326359190.745809953672-0.980569033681.32678509669-1.095189737662.233173228840.253102349862-0.1884581459820.1424468117570.4085587258030.1335271334380.388216095358-0.648515933025-0.5013852783040.9582981746420.2171228509860.06407086293940.05682917043410.276562342758-0.00577049964550.126020580947-14.00678736796.108448348118.7945656083
41.11876599711-0.6492558466070.3483841327192.669336126860.7729152899891.190256780490.193855670940.49131315172-0.152645743859-0.460901315126-0.126836515311-0.3068029274270.4438042730670.673059235361-0.01120660401350.3182321288720.1017528105570.02250145034120.0635766744887-0.05822279916130.121640019688.15433520226-13.1718995315-38.6219400426
50.854428272208-0.226087446222-0.03364179772260.873612484718-0.001891595982960.279415812751-0.08640801448430.1216884791660.17385772816-0.213886644527-0.0497372360065-0.0889051077137-0.0400548516510.104985485396-0.08691559511810.141569084751-0.0250987930779-0.007208029020610.0682100085664-0.02964821302010.150329813588-6.220339334915.79654269367-29.551310308
61.15541511949-0.519145349365-0.4160211632040.6413768694030.3355001245940.7711856970710.0352327404717-0.2974723416650.1109704313790.120646421023-0.0491010861423-0.154804304597-0.1329418352090.1448276819450.005411676962510.112013236007-0.0139129351988-0.004412875201730.152732057367-0.0219637254170.136469277396-49.59932286745.254459329127.14624186175
71.08948665887-0.262896690631-0.5642249584290.448145249348-0.03099221793760.9012752724590.003841525958870.072031693509-0.00757763821877-0.11197320303-0.07789944377920.0748527130847-0.0610497056993-0.188281463168-0.01960956398140.110161933378-0.003516370313820.003535398290.157143455783-0.01649663568580.106861267438-3.995452810465.012613680015.45354975187
80.77302198627-0.302082181005-0.1632392981621.018025360790.4943020343740.815518755024-0.162257466311-0.3317040250090.01756144521610.04242229484160.0396423989023-0.02867430331870.1961787369140.268175668659-0.07281667377750.1516245320230.006040093265950.00147945194010.0568057139272-0.03839435296320.1299287373812.68688867388-2.76285244439-26.4502986037
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 20 through 120)AA20 - 12020 - 120
22(chain 'B' and resid 20 through 120)BB20 - 12020 - 120
33(chain 'C' and resid 20 through 120)CC20 - 12020 - 120
44(chain 'D' and resid 20 through 120)DD20 - 12020 - 120
55(chain 'A' and resid 128 through 174)AA128 - 174128 - 174
66(chain 'B' and resid 128 through 174)BB128 - 174128 - 174
77(chain 'C' and resid 128 through 174)CC128 - 174128 - 174
88(chain 'D' and resid 128 through 174)DD128 - 174128 - 174

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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