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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ob0 | ||||||
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Title | Structure of RsLOV d2 variant | ||||||
![]() | LOV protein | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / Photoreceptor / light-oxygen-voltage / flavin / Per-arnt-sim | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Moeglich, A. / Krafft, T.G.A. / Weyand, M. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: A Light-Oxygen-Voltage Receptor Integrates Light and Temperature. Authors: Dietler, J. / Schubert, R. / Krafft, T.G.A. / Meiler, S. / Kainrath, S. / Richter, F. / Schweimer, K. / Weyand, M. / Janovjak, H. / Moglich, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 337.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 227.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 34.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 48.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7obzC ![]() 4hiaS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
| ||||||||||||
2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 19576.096 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 17025 / ATH 2.4.3 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 554 molecules ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-FMN / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-MG / | #6: Chemical | ChemComp-NA / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.52 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 8 Details: 0.1 M Imidazole pH 8.0, 22 %(w/v) PEG 1000, 0,2 M Calcium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SEALED TUBE / Type: BRUKER IMUS MICROFOCUS / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Nov 27, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 55587 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 3.93 % / Biso Wilson estimate: 22.95 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.057 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 17.67 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2.01 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.53 / Num. unique obs: 8900 / CC1/2: 0.961 / Rrim(I) all: 0.254 / Rsym value: 0.253 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4HIA Resolution: 1.9→42.93 Å / SU ML: 0.1948 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 21.0844 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.25 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→42.93 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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